PDB-2xb5: Tet repressor (class D) in complex with 7-Iodotetracycline

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xb5

タイトル

Tet repressor (class D) in complex with 7-Iodotetracycline

要素

TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D

キーワード

TRANSCRIPTION / ANTIBIOTIC RESISTANCE / METAL-BINDING / TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Kisker, C. / Saenger, W. / Hinrichs, W.

引用

ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: Structure of the Tet repressor-tetracycline complex and regulation of antibiotic resistance.
著者: Hinrichs, W. / Kisker, C. / Duvel, M. / Muller, A. / Tovar, K. / Hillen, W. / Saenger, W.

履歴

登録	2010年4月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年3月7日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.4	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.5	2019年7月24日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.6	2019年10月9日	Group: Data collection / Database references / Other / カテゴリ: citation / pdbx_database_status Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.7	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xb5.cif.gz	98.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xb5.ent.gz	77 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xb5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/2xb5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/2xb5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2trtC 1a6i 1bjz 1ork 1qpi 2tct 2vke 2vkv 2x6o 2x9d 4v2f 4v2g C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2fj1-1 6rbm-1 2xrl-1 4aux-1 5fkk-d 6rbl-1 6rgx-d 4v2g-d 2trt-1 6rcr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D

ヘテロ分子

23.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D

ヘテロ分子

A: TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.860, 68.860, 180.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質	TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D / TET REPRESSOR CLASS D 分子量: 23272.334 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-208 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 7-IODOTETRACYCLINE, MG-COMPLEX / 由来: (組換発現) Escherichia coli / プラスミド: PWH904 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 / Variant (発現宿主): DELTA H1 DELTA TRP / 参照: UniProt: P0ACT4
#2: 化合物	ChemComp-I7T / 7-IODOTETRACYCLINE / 7-ヨ-ドサンサイクリン分子量: 540.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₁IN₂O₇
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 10MICROL PROTEIN (0.2MM TETR, 1MM IODOTC, 5MM MGCL2), 5MICROL RESERVOIR (35% AMMONIUM SULPHATE, TRIS-HCL PH 7.2) VAPOUR DIFFUSSION HANGING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 277 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.08
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年4月1日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→64.55 Å / Num. obs: 7120 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 41.55 Å² / R_merge(I) obs: 0.06

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.5→64.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 18.906 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.059 / ESU R Free: 0.293 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23018	777	9.8 %	RANDOM
R_work	0.16163	-	-	-
obs	0.16847	7120	99.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.88 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→64.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1640	0	33	40	1713

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.612	1.993	2317
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.037	3	2773
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.53	5	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.29	23.69	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.354	15	289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.872	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	262
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	346
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.72	1.5	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.127	1.5	418
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.398	2	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.22	3	673
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.704	4.5	671
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	55	-
R_work	0.225	515	-
obs	-	-	99.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6302	-0.8766	6.9529	1.09	-0.0353	12.2205	0.147	0.3048	0.0085	-0.033	-0.0981	-0.0574	0.2055	0.3847	-0.0489	0.0333	-0.0045	-0.0243	0.1216	-0.0243	0.0928	18.9987	28.78	13.654
2	1.575	-0.5348	-0.3913	1.2632	-0.2839	7.3478	0.062	0.0766	-0.1986	-0.0129	-0.0722	0.1649	0.5272	-0.0518	0.0102	0.0564	-0.0004	-0.0228	0.0853	-0.019	0.1077	23.0964	28.6942	35.7755
3	4.2122	-0.2258	0.5467	0.9446	-0.8112	1.543	0.1207	0.1839	-0.2588	-0.0805	-0.1314	0.1131	0.0543	-0.0448	0.0108	0.118	0.0265	0.0027	0.064	-0.0375	0.0862	32.8239	31.4872	39.5294
4	21.6706	12.8966	-15.6355	43.0192	-6.8997	19.8341	-0.5045	0.0311	-0.0318	0.3527	-0.1048	-0.4507	0.0064	-0.9041	0.6093	0.0586	0.0438	-0.0331	0.1443	0.0093	0.1489	21.2131	36.5557	35.1159

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 45
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	46 - 64
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	65 - 93
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	94 - 100
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	101 - 106
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	156 - 165
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	166 - 181
8	X-RAY DIFFRACTION	3	A	107 - 123
9	X-RAY DIFFRACTION	3	A	124 - 155
10	X-RAY DIFFRACTION	3	A	182 - 208
11	X-RAY DIFFRACTION	4	A	222

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)