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- PDB-1cwo: HUMAN CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH THR2, LEU5, D-HIV8, LEU10 CYCL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cwo
タイトルHUMAN CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH THR2, LEU5, D-HIV8, LEU10 CYCLOSPORIN
要素
  • CYCLOSPORIN C
  • PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE A
キーワードISOMERASE/IMMUNOSUPPRESSANT / ISOMERASE-IMMUNOSUPPRESSANT COMPLEX / CYCLOPHILIN-CYCLOSPORIN COMPLEX / CYCLOSPORIN C / IMMUNOSUPPRESSANT
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / negative regulation of viral life cycle / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / negative regulation of viral life cycle / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / activation of protein kinase B activity / endothelial cell activation / Basigin interactions / protein peptidyl-prolyl isomerization / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / negative regulation of protein phosphorylation / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / viral release from host cell / Calcineurin activates NFAT / Binding and entry of HIV virion / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of viral genome replication / neutrophil chemotaxis / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / : / positive regulation of protein secretion / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / platelet activation / positive regulation of protein phosphorylation / platelet aggregation / integrin binding / neuron differentiation / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / : / Platelet degranulation / protein folding / cellular response to oxidative stress / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of MAPK cascade / focal adhesion / apoptotic process / Neutrophil degranulation / protein-containing complex / : / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclosporin C variant (DAL 1 to VAD, MLE 3 to LEU, VAL 9 to LEU) / : / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
TOLYPOCLADIUM INFLATUM (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Mikol, V. / Kallen, J. / Taylor, P. / Walkinshaw, M.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Conformational Differences of an Immunosuppressant Peptolide in a Single Crystal and in a Crystal Complex with Human Cyclophilin A.
著者: Mikol, V. / Taylor, P. / Kallen, J. / Walkinshaw, M.D.
履歴
登録1998年6月5日処理サイト: BNL
改定 1.01998年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52013年6月26日Group: Other
改定 1.62018年4月18日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.72023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE A
C: CYCLOSPORIN C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3022
ポリマ－19,3022
非ポリマー00
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.410, 57.440, 71.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE A / PPIASE / ROTAMASE / CYCLOPHILIN A


分子量: 18036.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 遺伝子: CYCLOPHILIN / 遺伝子 (発現宿主): CYCLOPHILIN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P62937, peptidylprolyl isomerase
#2: タンパク質・ペプチド CYCLOSPORIN C / CYCLOSPORINE / CICLOSPORIN / CICLOSPORINE


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 免疫抑制剤 / 分子量: 1265.663 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 合成
詳細: DEAMINOHYDROXYVALINE AT POSITION 1, LEUCINE AT POSITIONS 3 AND 9, CYCLOSPORIN C IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. CYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI. CYCLOSPORIN C IS A ...詳細: DEAMINOHYDROXYVALINE AT POSITION 1, LEUCINE AT POSITIONS 3 AND 9, CYCLOSPORIN C IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. CYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI. CYCLOSPORIN C IS A NATURAL ANALOG OF CYCLOSPORIN A, OBTAINED FROM A DIFFERENT NUTRIENT BROTH AND DIFFERS FROM CYCLOSPORIN A IN RESIDUE 6 (ABA6THR). THIS IS A CYCLOSPORIN C VARIANT THAT DIFFERS AT 1, 3, AND 9 POSITIONS.
由来: (合成) TOLYPOCLADIUM INFLATUM (菌類)
参照: NOR: NOR00035, Cyclosporin C variant (DAL 1 to VAD, MLE 3 to LEU, VAL 9 to LEU)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. HERE, CYCLOSPORIN C IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.82 %
結晶化pH: 8.2 / 詳細: PH 8.2
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used to cross-seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mMTris-HCl1drop
210 %(w/v)PEG80001drop
32 %(v/v)DMSO1drop
40.02 %(w/v)1dropNaN3
50.5 mMCypA1drop
60.5 mMpeptolide1drop
7100 mMTris-HCl1reservoir
820 %PEG80001reservoir
95 %DMSO1reservoir
100.02 %1reservoirNaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1994年11月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 11317 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.077
反射
*PLUS
Num. measured all: 57971

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XENGENデータ削減
CCP4データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CWA

1cwa


解像度: 1.86→8 Å / Data cutoff high absF: 30000 / Data cutoff low absF: 0.1 / σ(F): 2 /
反射数%反射
obs12089 95.7 %
原子変位パラメータBiso mean: 15.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1354 0 0 216 1570
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.59
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.167 / Rfactor Rfree: 0.215
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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