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タイトルStructural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
ジャーナル・号・ページProteins, Vol. 83, Page 2124-2136, Year 2015
掲載日2011年9月9日 (構造データの登録日)
著者Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.
リンクProteins / PubMed:26033498
手法X線回折
解像度1.5 - 3.298 Å
構造データ

PDB-3tq8:
Structure of the dihydrofolate reductase (folA) from Coxiella burnetii in complex with trimethoprim
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-3tq9:
Structure of the dihydrofolate reductase (folA) from Coxiella burnetii in complex with methotrexate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-3tqa:
Structure of the dihydrofolate reductase (folA) from Coxiella burnetii in complex with NADPH
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-3tqb:
Structure of the dihydrofolate reductase (folA) from Coxiella burnetii in complex with folate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-3tqc:
Structure of the pantothenate kinase (coaA) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-3tqd:
Structure of the 3-deoxy-D-manno-octulosonate cytidylyltransferase (kdsB) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-3tqe:
Structure of the malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase (fabD) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-3tqf:
Structure of the Hpr(Ser) kinase/phosphatase from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-3tqg:
Structure of the 2-methylcitrate synthase (prpC) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-3tqh:
Structure of the quinone oxidoreductase from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.44 Å

PDB-3tqi:
Structure of the GMP synthase (guaA) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.84 Å

PDB-3tqj:
Structure of the superoxide dismutase (Fe) (sodB) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.004 Å

PDB-3tql:
Structure of the amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein from Coxiella burnetii.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.594 Å

PDB-3tqm:
Structure of an ribosomal subunit interface protein from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.45 Å

PDB-3tqn:
Structure of the transcriptional regulator of the GntR family, from Coxiella burnetii.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-3tqo:
Structure of the cysteinyl-tRNA synthetase (cysS) from Coxiella burnetii.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-3tqp:
Structure of an enolase (eno) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-3tqq:
Structure of the methionyl-tRNA formyltransferase (fmt) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-3tqr:
Structure of the phosphoribosylglycinamide formyltransferase (purN) in complex with CHES from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.97 Å

PDB-3tqs:
Structure of the dimethyladenosine transferase (ksgA) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.98 Å

PDB-3tqt:
Structure of the D-alanine-D-alanine ligase from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.88 Å

PDB-3tqu:
Structure of a HAM1 protein from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-3tqw:
Structure of a ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-3tqx:
Structure of the 2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase (kbl) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.304 Å

PDB-3tqy:
Structure of a single-stranded DNA-binding protein (ssb), from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6001 Å

PDB-3tqz:
Structure of a deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase (dut) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-3tr0:
Structure of guanylate kinase (gmk) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.851 Å

PDB-3tr1:
Structure of a 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase (aroA) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-3tr2:
Structure of a orotidine 5'-phosphate decarboxylase (pyrF) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.001 Å

PDB-3tr3:
Structure of a bolA protein homologue from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.456 Å

PDB-3tr4:
Structure of an inorganic pyrophosphatase (ppa) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-3tr5:
Structure of a peptide chain release factor 3 (prfC) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.11 Å

PDB-3tr6:
Structure of a O-methyltransferase from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-3tr7:
Structure of a uracil-DNA glycosylase (ung) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1958 Å

PDB-3tr8:
Structure of an oligoribonuclease (orn) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.503 Å

PDB-3tr9:
Structure of a dihydropteroate synthase (folP) in complex with pteroic acid from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.895 Å

PDB-3trb:
Structure of an addiction module antidote protein of a HigA (higA) family from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.001 Å

PDB-3trc:
Structure of the GAF domain from a phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase (ptsP) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-3trd:
Structure of an alpha-beta serine hydrolase homologue from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-3tre:
Structure of a translation elongation factor P (efp) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.899 Å

PDB-3trf:
Structure of a shikimate kinase (aroK) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6 Å

PDB-3trg:
Structure of an acylphosphatase from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.601 Å

PDB-3trh:
Structure of a phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit (purE) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.203 Å

PDB-3tri:
Structure of a pyrroline-5-carboxylate reductase (proC) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-3tth:
Structure of the spermidine N1-acetyltransferase (speG) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.298 Å

PDB-3ty2:
Structure of a 5'-nucleotidase (surE) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.885 Å

PDB-3uwc:
Structure of an aminotransferase (DegT-DnrJ-EryC1-StrS family) from Coxiella burnetii in complex with PMP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-4f3q:
Structure of a YebC family protein (CBU_1566) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-4f3r:
Structure of phosphopantetheine adenylyltransferase (CBU_0288) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.25 Å

PDB-4nbq:
Structure of the polynucleotide phosphorylase (CBU_0852) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.9138 Å

PDB-4ng4:
Structure of phosphoglycerate kinase (CBU_1782) from Coxiella burnetii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.78 Å

化合物

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH

ChemComp-TOP:
TRIMETHOPRIM / トリメトプリム / 抗生剤*YM

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-MTX:
METHOTREXATE / メトトレキサ-ト / 化学療法薬*YM

ChemComp-FOL:
FOLIC ACID / 葉酸

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-NI:
NICKEL (II) ION

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン

ChemComp-GLY:
GLYCINE / グリシン

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-FE2:
Unknown entry

ChemComp-ARG:
ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン

ChemComp-IMD:
IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-NHE:
2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸 / pH緩衝剤*YM

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-MET:
METHIONINE / メチオニン

ChemComp-PLP:
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / ピリドキサ-ル5′-りん酸

ChemComp-5GP:
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP

ChemComp-CO:
Unknown entry

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-SAH:
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン

ChemComp-PT1:
PTEROIC ACID / プテロイン酸

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-NAP:
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

ChemComp-TRS:
2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / pH緩衝剤*YM

ChemComp-DIO:
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン

ChemComp-PMP:
4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸

由来
  • coxiella burnetii (バクテリア)
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / dihydrofolate reductase / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex / OXIDOREDUCTASE / TRANSFERASE / Biosynthesis of cofactors / prosthetic groups / carriers / Cell envelope / Fatty acid/phospholipid metabolism / HYDROLASE / Energy metabolism / quinone oxidoreductase / LIGASE / GMP synthase / superoxide dismutase (Fe) / TRANSPORT PROTEIN / Transport and binding proteins / PROTEIN BINDING / Protein synthesis / TRANSCRIPTION / Regulatory functions / LYASE / Purines / pyrimidines / nucleosides / nucleotides / HAM1 protein / DNA replication / Amino acid biosynthesis / UNKNOWN FUNCTION / Cellular processes / stress-induced / Central intermediary metabolism / TRANSLATION / DNA metabolism / and carriers / DNA BINDING PROTEIN / Mobile and extrachromosomal element functions / Signal transduction / Fatty acid and phospholipid metabolism / survival protein / phosphatase / lipopolysaccharide biosynthesis / YebC family / phosphopantetheine adenylyltranferase / Phosphorylase / phosphoglycerate kinase

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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