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検索結果

検索 (著者・登録者: nagata & s)の結果108件中、1から50件目までを表示しています

EMDB-61136:
Cryo-EM structure of ferric ion importer, FbpBC, from Thermus thermophilus
手法: 単粒子 / : Lu P, Nagata K, Kise Y, Nureki O

PDB-9j4r:
Cryo-EM structure of ferric ion importer, FbpBC, from Thermus thermophilus
手法: 単粒子 / : Lu P, Nagata K, Kise Y, Nureki O

EMDB-60251:
mouse TMEM63b in LMNG-CHS micelle with YN9303-24 Fab
手法: 単粒子 / : Miyata Y, Takahashi K, Lee Y, Sultan CS, Kuribayashi R, Takahashi M, Hata K, Bamba T, Izumi Y, Liu K, Uemura T, Nomura N, Iwata S, Nagata S, Nishizawa T, Segawa K

EMDB-19884:
Cryo-EM Structure of Jumping Spider Rhodopsin-1 bound to a Gi heterotrimer
手法: 単粒子 / : Tejero O, Pamula F, Koyanagi M, Nagata T, Afanasyev P, Das I, Deupi X, Sheves M, Terakita A, Schertler GFX, Rodrigues MJ, Tsai CJ

PDB-9epr:
Cryo-EM Structure of Jumping Spider Rhodopsin-1 bound to a Gi heterotrimer
手法: 単粒子 / : Tejero O, Pamula F, Koyanagi M, Nagata T, Afanasyev P, Das I, Deupi X, Sheves M, Terakita A, Schertler GFX, Rodrigues MJ, Tsai CJ

EMDB-19882:
Cryo-EM Structure of Jumping Spider Rhodopsin-1 bound to a Giq heterotrimer
手法: 単粒子 / : Tejero O, Pamula F, Koyanagi M, Nagata T, Afanasyev P, Das I, Deupi X, Sheves M, Terakita A, Schertler GFX, Rodrigues MJ, Tsai CJ

EMDB-19883:
Cryo-EM Structure of Jumping Spider Rhodopsin-1 bound to a Giq heterotrimer
手法: 単粒子 / : Tejero O, Pamula F, Koyanagi M, Nagata T, Afanasyev P, Das I, Deupi X, Sheves M, Terakita A, Schertler GFX, Rodrigues MJ, Tsai CJ

PDB-9epp:
Cryo-EM Structure of Jumping Spider Rhodopsin-1 bound to a Giq heterotrimer
手法: 単粒子 / : Tejero O, Pamula F, Koyanagi M, Nagata T, Afanasyev P, Das I, Deupi X, Sheves M, Terakita A, Schertler GFX, Rodrigues MJ, Tsai CJ

PDB-9epq:
Cryo-EM Structure of Jumping Spider Rhodopsin-1 bound to a Giq heterotrimer
手法: 単粒子 / : Tejero O, Pamula F, Koyanagi M, Nagata T, Afanasyev P, Das I, Deupi X, Sheves M, Terakita A, Schertler GFX, Rodrigues MJ, Tsai CJ

EMDB-37502:
mouse TMEM63b in DDM-CHS micelle with YN9303-24 Fab
手法: 単粒子 / : Miyata Y, Takahashi K, Lee Y, Sultan CS, Kuribayashi R, Takahashi M, Hata K, Bamba T, Izumi Y, Liu K, Uemura T, Nomura N, Iwata S, Nagata S, Nishizawa T, Segawa K

PDB-8wg3:
mouse TMEM63b in LMNG-CHS micelle
手法: 単粒子 / : Miyata Y, Takahashi K, Lee Y, Sultan CS, Kuribayashi R, Takahashi M, Hata K, Bamba T, Izumi Y, Liu K, Uemura T, Nomura N, Iwata S, Nagata S, Nishizawa T, Segawa K

PDB-8wg4:
mouse TMEM63b in DDM-CHS micelle with YN9303-24 Fab
手法: 単粒子 / : Miyata Y, Takahashi K, Lee Y, Sultan CS, Kuribayashi R, Takahashi M, Hata K, Bamba T, Izumi Y, Liu K, Uemura T, Nomura N, Iwata S, Nagata S, Nishizawa T, Segawa K

EMDB-38291:
Cryo-EM structure of human XKR8-basigin complex in lipid nanodisc
手法: 単粒子 / : Sakuragi TS, Kanai RK, Kikkawa MK, Toyoshima CT, Nagata SN

PDB-8xej:
Cryo-EM structure of human XKR8-basigin complex in lipid nanodisc
手法: 単粒子 / : Sakuragi TS, Kanai RK, Kikkawa MK, Toyoshima CT, Nagata SN

EMDB-34871:
Cryo-EM structure of biparatopic antibody Bp109-92 in complex with TNFR2
手法: 単粒子 / : Akiba H, Fujita J, Ise T, Nishiyama K, Miyata T, Kato T, Namba K, Ohno H, Kamada H, Nagata S, Tsumoto K

PDB-8hlb:
Cryo-EM structure of biparatopic antibody Bp109-92 in complex with TNFR2
手法: 単粒子 / : Akiba H, Fujita J, Ise T, Nishiyama K, Miyata T, Kato T, Namba K, Ohno H, Kamada H, Nagata S, Tsumoto K

EMDB-34530:
Membrane protein A
手法: 単粒子 / : Tajima S, Kim Y, Yamashita K, Fukuda M, Deisseroth K, Kato HE

EMDB-34531:
Membrane protein B
手法: 単粒子 / : Tajima S, Kim Y, Yamashita K, Fukuda M, Deisseroth K, Kato HE

EMDB-35713:
Cryo-EM structure of the potassium-selective channelrhodopsin HcKCR1 H225F mutant in lipid nanodisc
手法: 単粒子 / : Tajima S, Kim Y, Nakamura S, Yamashita K, Fukuda M, Deisseroth K, Kato HE

PDB-8h86:
Cryo-EM structure of the potassium-selective channelrhodopsin HcKCR1 in lipid nanodisc
手法: 単粒子 / : Tajima S, Kim Y, Yamashita K, Fukuda M, Deisseroth K, Kato HE

PDB-8h87:
Cryo-EM structure of the potassium-selective channelrhodopsin HcKCR2 in lipid nanodisc
手法: 単粒子 / : Tajima S, Kim Y, Yamashita K, Fukuda M, Deisseroth K, Kato HE

PDB-8iu0:
Cryo-EM structure of the potassium-selective channelrhodopsin HcKCR1 H225F mutant in lipid nanodisc
手法: 単粒子 / : Tajima S, Kim Y, Nakamura S, Yamashita K, Fukuda M, Deisseroth K, Kato HE

EMDB-27703:
Structure of RBD directed antibody DH1047 in complex with SARS-CoV-2 spike: Local refinement of RBD-Fab interace
手法: 単粒子 / : May AJ, Manne K, Acharya P

PDB-8dtk:
Structure of RBD directed antibody DH1047 in complex with SARS-CoV-2 spike: Local refinement of RBD-Fab interace
手法: 単粒子 / : May AJ, Manne K, Acharya P

EMDB-35143:
Cryo-EM structure of the zeaxanthin-bound kin4B8
手法: 単粒子 / : Murakoshi S, Chazan A, Shihoya W, Beja O, Nureki O

PDB-8i2z:
Cryo-EM structure of the zeaxanthin-bound kin4B8
手法: 単粒子 / : Murakoshi S, Chazan A, Shihoya W, Beja O, Nureki O

EMDB-34221:
SARS-CoV-2 BA.2.75 spike glycoprotein (closed state 1)
手法: 単粒子 / : Anraku Y, Sasaki-Tabata K, Kita S, Fukuhara H, Maenaka K, Hashiguchi T

EMDB-34222:
SARS-CoV-2 BA.2.75 spike glycoprotein (closed state 2)
手法: 単粒子 / : Anraku Y, Tabata-Sasaki K, Kita S, Fukuhara H, Maenaka K, Hashiguchi T

EMDB-34223:
SARS-CoV-2 BA.2.75 spike glycoprotein (1-up state)
手法: 単粒子 / : Anraku Y, Tabata-Sasaki K, Kita S, Fukuhara H, Maenaka K, Hashiguchi T

EMDB-34224:
SARS-CoV-2 BA.2.75 spike glycoprotein in complex with ACE2
手法: 単粒子 / : Anraku Y, Tabata-Sasaki K, Kita S, Fukuhara H, Maenaka K, Hashiguchi T

PDB-8gs6:
Structure of the SARS-CoV-2 BA.2.75 spike glycoprotein (closed state 1)
手法: 単粒子 / : Anraku Y, Tabata-Sasaki K, Kita S, Fukuhara H, Maenaka K, Hashiguchi T

EMDB-32078:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike protein (2-up RBD) bound to neutralizing nanobodies P86
手法: 単粒子 / : Maeda R, Fujita J

EMDB-32079:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike protein (3-up RBD) bound to neutralizing nanobodies P86
手法: 単粒子 / : Maeda R, Fujita J, Konishi Y, Kazuma Y, Yamazaki H, Anzai I, Yamaguchi K, Kasai K, Nagata K, Yamaoka Y, Miyakawa K, Ryo A, Shirakawa K, Makino F, Matsuura Y, Inoue T, Imura A, Namba K, Takaori-Kondo A

EMDB-32080:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike protein (1-up RBD) bound to neutralizing nanobodies P17
手法: 単粒子 / : Maeda R, Fujita J, Konishi Y, Kazuma Y, Yamazaki H, Anzai I, Yamaguchi K, Kasai K, Nagata K, Yamaoka Y, Miyakawa K, Ryo A, Shirakawa K, Makino F, Matsuura Y, Inoue T, Imura A, Namba K, Takaori-Kondo A

EMDB-32081:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike protein (2-up RBD) bound to neutralizing nanobodies P17
手法: 単粒子 / : Maeda R, Fujita J, Konishi Y, Kazuma Y, Yamazaki H, Anzai I, Yamaguchi K, Kasai K, Nagata K, Yamaoka Y, Miyakawa K, Ryo A, Shirakawa K, Makino F, Matsuura Y, Inoue T, Imura A, Namba K, Takaori-Kondo A

PDB-7vq0:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike protein (2-up RBD) bound to neutralizing nanobodies P86
手法: 単粒子 / : Maeda R, Fujita J, Konishi Y, Kazuma Y, Yamazaki H, Anzai I, Yamaguchi K, Kasai K, Nagata K, Yamaoka Y, Miyakawa K, Ryo A, Shirakawa K, Makino F, Matsuura Y, Inoue T, Imura A, Namba K, Takaori-Kondo A

EMDB-13485:
Cryo-EM structure of Bestrhodopsin (rhodopsin-rhodopsin-bestrophin) complex
手法: 単粒子 / : Matzov D, Kaczmarczyk I

PDB-7pl9:
Cryo-EM structure of Bestrhodopsin (rhodopsin-rhodopsin-bestrophin) complex
手法: 単粒子 / : Matzov D, Kaczmarczyk I, Shalev-Benami M

EMDB-32377:
2.02 angstrom cryo-EM structure of the pump-like channelrhodopsin ChRmine
手法: 単粒子 / : Kishi KE, Kim Y, Fukuda M, Yamashita K, Deisseroth K, Kato HE

EMDB-32378:
2.12 angstrom cryo-EM map of the pump-like channelrhodopsin ChRmine with Fab antibody fragment
手法: 単粒子 / : Kishi KE, Kim Y, Fukuda M, Yamashita K, Deisseroth K, Kato HE

PDB-7w9w:
2.02 angstrom cryo-EM structure of the pump-like channelrhodopsin ChRmine
手法: 単粒子 / : Kishi KE, Kim Y, Fukuda M, Yamashita K, Deisseroth K, Kato HE

EMDB-30636:
Cryo-EM structure of human XKR8-basigin complex bound to Fab fragment
手法: 単粒子 / : Sakuragi T, Kanai R

PDB-7dce:
Cryo-EM structure of human XKR8-basigin complex bound to Fab fragment
手法: 単粒子 / : Sakuragi T, Kanai R, Tsutsumi A, Narita H, Onishi E, Miyazaki T, Baba T, Nakagawa A, Kikkawa M, Toyoshima C, Nagata S

EMDB-30937:
PolD-primase
手法: 単粒子 / : Oki K, Mayanagi K, Ishino Y

EMDB-23400:
SARS-CoV-2 Spike Protein Trimer bound to DH1043 fab
手法: 単粒子 / : Gobeil S, Acharya P

PDB-7ljr:
SARS-CoV-2 Spike Protein Trimer bound to DH1043 fab
手法: 単粒子 / : Gobeil S, Acharya P

EMDB-23246:
CryoEM map of SARS-CoV-2 S protein in complex with Receptor Binding Domain antibody DH1041
手法: 単粒子 / : Manne K, Acharya P

PDB-7laa:
Structure of SARS-CoV-2 S protein in complex with Receptor Binding Domain antibody DH1041
手法: 単粒子 / : Manne K, Acharya P

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EMN検索について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

EM Navigatorの以下のサービスのデータが、テキスト形式でダウンロードできるようになりました。ダウンロードしたデータをExcelなどで読み込むことができます。

ページデータフォーマット
EM Navigator 検索検索結果CSV, TSV, JSON
EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

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EMN検索

3次元電子顕微鏡データ検索

豊富な検索条件と表示条件で、EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリを検索できます。

関連情報:EMDB / PDB / EM Navigator / Q: EM Navigatorの情報源は? / 万見検索 / 2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

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