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- EMDB-34224: SARS-CoV-2 BA.2.75 spike glycoprotein in complex with ACE2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34224
タイトルSARS-CoV-2 BA.2.75 spike glycoprotein in complex with ACE2
マップデータ0.0713
試料
  • 複合体: SARS-COV-2 BA.2.75 spike glycoprotein in complex with ACE2
    • 複合体: SARS-CoV-2 BA.2.75 spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 BA.2.75 spike glycoprotein
    • 複合体: human Angiotensin-converting enzyme 2アンジオテンシン変換酵素2
      • タンパク質・ペプチド: human Angiotensin-converting enzyme 2アンジオテンシン変換酵素2
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Anraku Y / Tabata-Sasaki K / Kita S / Fukuhara H / Maenaka K / Hashiguchi T
資金援助 日本, 6件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101093 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22ama121037 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR20H8 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JPJSCCA20190008 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H05773 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H05873 日本
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2022
タイトル: Virological characteristics of the SARS-CoV-2 Omicron BA.2.75 variant.
著者: Akatsuki Saito / Tomokazu Tamura / Jiri Zahradnik / Sayaka Deguchi / Koshiro Tabata / Yuki Anraku / Izumi Kimura / Jumpei Ito / Daichi Yamasoba / Hesham Nasser / Mako Toyoda / Kayoko Nagata / ...著者: Akatsuki Saito / Tomokazu Tamura / Jiri Zahradnik / Sayaka Deguchi / Koshiro Tabata / Yuki Anraku / Izumi Kimura / Jumpei Ito / Daichi Yamasoba / Hesham Nasser / Mako Toyoda / Kayoko Nagata / Keiya Uriu / Yusuke Kosugi / Shigeru Fujita / Maya Shofa / Mst Monira Begum / Ryo Shimizu / Yoshitaka Oda / Rigel Suzuki / Hayato Ito / Naganori Nao / Lei Wang / Masumi Tsuda / Kumiko Yoshimatsu / Jin Kuramochi / Shunsuke Kita / Kaori Sasaki-Tabata / Hideo Fukuhara / Katsumi Maenaka / Yuki Yamamoto / Tetsuharu Nagamoto / Hiroyuki Asakura / Mami Nagashima / Kenji Sadamasu / Kazuhisa Yoshimura / Takamasa Ueno / Gideon Schreiber / Akifumi Takaori-Kondo / / Kotaro Shirakawa / Hirofumi Sawa / Takashi Irie / Takao Hashiguchi / Kazuo Takayama / Keita Matsuno / Shinya Tanaka / Terumasa Ikeda / Takasuke Fukuhara / Kei Sato /
要旨: The SARS-CoV-2 Omicron BA.2.75 variant emerged in May 2022. BA.2.75 is a BA.2 descendant but is phylogenetically distinct from BA.5, the currently predominant BA.2 descendant. Here, we show that BA.2. ...The SARS-CoV-2 Omicron BA.2.75 variant emerged in May 2022. BA.2.75 is a BA.2 descendant but is phylogenetically distinct from BA.5, the currently predominant BA.2 descendant. Here, we show that BA.2.75 has a greater effective reproduction number and different immunogenicity profile than BA.5. We determined the sensitivity of BA.2.75 to vaccinee and convalescent sera as well as a panel of clinically available antiviral drugs and antibodies. Antiviral drugs largely retained potency, but antibody sensitivity varied depending on several key BA.2.75-specific substitutions. The BA.2.75 spike exhibited a profoundly higher affinity for its human receptor, ACE2. Additionally, the fusogenicity, growth efficiency in human alveolar epithelial cells, and intrinsic pathogenicity in hamsters of BA.2.75 were greater than those of BA.2. Our multilevel investigations suggest that BA.2.75 acquired virological properties independent of BA.5, and the potential risk of BA.2.75 to global health is greater than that of BA.5.
履歴
登録2022年9月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月26日-
マップ公開2022年10月26日-
更新2023年3月29日-
現状2023年3月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34224.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34224.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈0.0713
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.173 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0713
最小 - 最大-0.34281754 - 0.8280909
平均 (標準偏差)-0.0007715968 (±0.017168537)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 450.432 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: 0.025

ファイルemd_34224_half_map_1.map
注釈0.025
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: 0.25

ファイルemd_34224_half_map_2.map
注釈0.25
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-COV-2 BA.2.75 spike glycoprotein in complex with ACE2

全体名称: SARS-COV-2 BA.2.75 spike glycoprotein in complex with ACE2
要素
  • 複合体: SARS-COV-2 BA.2.75 spike glycoprotein in complex with ACE2
    • 複合体: SARS-CoV-2 BA.2.75 spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 BA.2.75 spike glycoprotein
    • 複合体: human Angiotensin-converting enzyme 2アンジオテンシン変換酵素2
      • タンパク質・ペプチド: human Angiotensin-converting enzyme 2アンジオテンシン変換酵素2

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超分子 #1: SARS-COV-2 BA.2.75 spike glycoprotein in complex with ACE2

超分子名称: SARS-COV-2 BA.2.75 spike glycoprotein in complex with ACE2
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 500 KDa

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超分子 #2: SARS-CoV-2 BA.2.75 spike glycoprotein

超分子名称: SARS-CoV-2 BA.2.75 spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 420 KDa

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超分子 #3: human Angiotensin-converting enzyme 2

超分子名称: human Angiotensin-converting enzyme 2 / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80 KDa

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分子 #1: SARS-CoV-2 BA.2.75 spike glycoprotein

分子名称: SARS-CoV-2 BA.2.75 spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LLMGCVAETG SSQCVNLITR TQSYTNSFTR GVYYPDKVFR SSVLHSTQDL FLPFFSNVTW FHAIHVSGTN GTKRFDNPVL PFNDGVYFAS TEKSNIIRGW IFGTTLDSKT QSLLIVNNAT NVVIKVCEFQ FCNDPFLDVY YHENNKSRME SELRVYSSAN NCTFEYVSQP ...文字列:
LLMGCVAETG SSQCVNLITR TQSYTNSFTR GVYYPDKVFR SSVLHSTQDL FLPFFSNVTW FHAIHVSGTN GTKRFDNPVL PFNDGVYFAS TEKSNIIRGW IFGTTLDSKT QSLLIVNNAT NVVIKVCEFQ FCNDPFLDVY YHENNKSRME SELRVYSSAN NCTFEYVSQP FLMDLEGKQG NFKNLREFVF KNIDGYFKIY SKHTPVNLGR DLPQGFSALE PLVDLPIGIN ITRFQTLLAL HRSYLTPGDS SSSWTAGAAA YYVGYLQPRT FLLKYNENGT ITDAVDCALD PLSETKCTLK SFTVEKGIYQ TSNFRVQPTE SIVRFPNITN LCPFHEVFNA TRFASVYAWN RKRISNCVAD YSVLYNFAPF FAFKCYGVSP TKLNDLCFTN VYADSFVIRG NEVSQIAPGQ TGNIADYNYK LPDDFTGCVI AWNSNKLDSK VSGNYNYLYR LFRKSKLKPF ERDISTEIYQ AGNKPCNGVA GFNCYFPLQS YGFRPTYGVG HQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFLPFQQ FGRDIADTTD AVRDPQTLEI LDITPCSFGG VSVITPGTNT SNQVAVLYQG VNCTEVPVAI HADQLTPTWR VYSTGSNVFQ TRAGCLIGAE YVNNSYECDI PIGAGICASY QTQTKSHGSA GSVASQSIIA YTMSLGAENS VAYSNNSIAI PTNFTISVTT EILPVSMTKT SVDCTMYICG DSTECSNLLL QYGSFCTQLK RALTGIAVEQ DKNTQEVFAQ VKQIYKTPPI KYFGGFNFSQ ILSDPSKPSK RSPIEDLLFN KVTLADAGFI KQYGDCLGDI AARDLICAQK FKGLTVLPPL LTDEMIAQYT SALLAGTITS GWTFGAGPAL QIPFPMQMAY RFNGIGVTQN VLYENQKLIA NQFNSAIGKI QDSLSSTPSA LGKLQDVVNH NAQALNTLVK QLSSKFGAIS SVLNDIFSRL DPPEAEVQID RLITGRLQSL QTYVTQQLIR AAEIRASANL AATKMSECVL GQSKRVDFCG KGYHLMSFPQ SAPHGVVFLH VTYVPAQEKN FTTAPAICHD GKAHFPREGV FVSNGTHWFV TQRNFYEPQI ITTDNTFVSG NCDVVIGIVN NTVYDPLQPE LDSFKEELDK YFKNHTSPDV DLGDISGINA SVVNIQKEID RLNEVAKNLN ESLIDLQELG KYEQYIASSG YIPEAPRDGQ AYVRKDGEWV LLSTFLEGTK HHHHHH

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分子 #2: human Angiotensin-converting enzyme 2

分子名称: human Angiotensin-converting enzyme 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ETGSTIEEQA KTFLDKFNHE AEDLFYQSSL ASWNYNTNIT EENVQNMNNA GDKWSAFLKE QSTLAQMYPL QEIQNLTVKL QLQALQQNGS SVLSEDKSKR LNTILNTMST IYSTGKVCNP DNPQECLLLE PGLNEIMANS LDYNERLWAW ESWRSEVGKQ LRPLYEEYVV ...文字列:
ETGSTIEEQA KTFLDKFNHE AEDLFYQSSL ASWNYNTNIT EENVQNMNNA GDKWSAFLKE QSTLAQMYPL QEIQNLTVKL QLQALQQNGS SVLSEDKSKR LNTILNTMST IYSTGKVCNP DNPQECLLLE PGLNEIMANS LDYNERLWAW ESWRSEVGKQ LRPLYEEYVV LKNEMARANH YEDYGDYWRG DYEVNGVDGY DYSRGQLIED VEHTFEEIKP LYEHLHAYVR AKLMNAYPSY ISPIGCLPAH LLGDMWGRFW TNLYSLTVPF GQKPNIDVTD AMVDQAWDAQ RIFKEAEKFF VSVGLPNMTQ GFWENSMLTD PGNVQKAVCH PTAWDLGKGD FRILMCTKVT MDDFLTAHHE MGHIQYDMAY AAQPFLLRNG ANEGFHEAVG EIMSLSAATP KHLKSIGLLS PDFQEDNETE INFLLKQALT IVGTLPFTYM LEKWRWMVFK GEIPKDQWMK KWWEMKREIV GVVEPVPHDE TYCDPASLFH VSNDYSFIRY YTRTLYQFQF QEALCQAAKH EGPLHKCDIS NSTEAGQKLF NMLRLGKSEP WTLALENVVG AKNMNVRPLL NYFEPLFTWL KDQNKNSFVG WSTDWSPYAD QSGTKHHHHH H

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: Octyl glucoside solution was added to PBS solution to a final concentration of 0.01%
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blotting time 5 s and blotting force 5..

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 3248 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 682973
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

22891

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 38745
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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