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万見
- PDB-8xej: Cryo-EM structure of human XKR8-basigin complex in lipid nanodisc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xej
タイトルCryo-EM structure of human XKR8-basigin complex in lipid nanodisc
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
  • Isoform 2 of Basigin
  • XK-related protein 8
キーワードLIPID TRANSPORT / scramblase / apoptosis / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLC16A1 causes symptomatic deficiency in lactate transport (SDLT) / Proton-coupled monocarboxylate transport / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / tolerance induction to self antigen / engulfment of apoptotic cell / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / acrosomal membrane / dendrite self-avoidance / neutrophil clearance / phospholipid scramblase activity ...Defective SLC16A1 causes symptomatic deficiency in lactate transport (SDLT) / Proton-coupled monocarboxylate transport / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / tolerance induction to self antigen / engulfment of apoptotic cell / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / acrosomal membrane / dendrite self-avoidance / neutrophil clearance / phospholipid scramblase activity / cell-cell adhesion mediator activity / response to mercury ion / endothelial tube morphogenesis / neural retina development / apoptotic process involved in development / photoreceptor cell maintenance / Basigin interactions / Aspirin ADME / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / D-mannose binding / odontogenesis of dentin-containing tooth / decidualization / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / photoreceptor outer segment / Integrin cell surface interactions / positive regulation of myoblast differentiation / response to cAMP / Degradation of the extracellular matrix / photoreceptor inner segment / neutrophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell migration / embryo implantation / axon guidance / protein localization to plasma membrane / establishment of localization in cell / sarcolemma / response to peptide hormone / positive regulation of interleukin-6 production / melanosome / signaling receptor activity / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / angiogenesis / positive regulation of viral entry into host cell / cell surface receptor signaling pathway / endosome / cadherin binding / axon / Golgi membrane / focal adhesion / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
XK-related protein / : / XK-related protein / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...XK-related protein / : / XK-related protein / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DILINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Basigin / XK-related protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.66 Å
データ登録者Sakuragi, T.S. / Kanai, R.K. / Kikkawa, M.K. / Toyoshima, C.T. / Nagata, S.N.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22K06102 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)A21H04770 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23ama121002 日本
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2024
タイトル: The role of the C-terminal tail region as a plug to regulate XKR8 lipid scramblase.
著者: Takaharu Sakuragi / Ryuta Kanai / Mayumi Otani / Masahide Kikkawa / Chikashi Toyoshima / Shigekazu Nagata /
要旨: XK-related 8 (XKR8), in complex with the transmembrane glycoprotein basigin, functions as a phospholipid scramblase activated by the caspase-mediated cleavage or phosphorylation of its C-terminal ...XK-related 8 (XKR8), in complex with the transmembrane glycoprotein basigin, functions as a phospholipid scramblase activated by the caspase-mediated cleavage or phosphorylation of its C-terminal tail. It carries a putative phospholipid translocation path of multiple hydrophobic and charged residues in the transmembrane region. It also has a crucial tryptophan at the exoplasmic end of the path that regulates its scrambling activity. We herein investigated the tertiary structure of the human XKR8-basigin complex embedded in lipid nanodiscs at an overall resolution of 3.66 Å. We found that the C-terminal tail engaged in intricate polar and van der Waals interactions with a groove at the cytoplasmic surface of XKR8. These interactions maintained the inactive state of XKR8. Point mutations to disrupt these interactions strongly enhanced the scrambling activity of XKR8, suggesting that the activation of XKR8 is mediated by releasing the C-terminal tail from the cytoplasmic groove. We speculate that the cytoplasmic tail region of XKR8 functions as a plug to prevent the scrambling of phospholipids.
履歴
登録2023年12月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Isoform 2 of Basigin
X: XK-related protein 8
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,4825
ポリマ－111,7004
非ポリマー7821
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, Co-immunoprecipitation assay confirmed the assembly
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of Basigin / 5F7 / Collagenase stimulatory factor / Extracellular matrix metalloproteinase inducer / EMMPRIN / ...5F7 / Collagenase stimulatory factor / Extracellular matrix metalloproteinase inducer / EMMPRIN / Hepatoma-associated antigen / HAb18G / Leukocyte activation antigen M6 / OK blood group antigen / Tumor cell-derived collagenase stimulatory factor / TCSF


分子量: 19592.814 Da / 分子数: 1 / 変異: N152Q, N186Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BSG
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P35613
#2: タンパク質 XK-related protein 8 / hXkr8


分子量: 45975.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XKR8, XRG8
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9H6D3
#3: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 22869.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Fab light chain


分子量: 23261.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 化合物 ChemComp-DLP / 1,2-DILINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / DI-LINOLEOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 782.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H80NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1human XKR8-basigin complex bound to Fab fragment in lipid nanodiscCOMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2human XKR8-basigin complexCOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3Fab fragmentCOMPLEX#3-#41RECOMBINANT
分子量値: 0.11 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
23Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 162528 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0047343
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.78910011
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.4012587
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0441140
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0082146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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