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万見生物種
- EMDB/PDB/SASBDBの生物種情報 -

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生物種情報

和名 *1ダニオ・レリオ
名称 *2Danio rerio
画像 *3

ゼブラフィッシュ, Danio rerio, zebrafish

その他の名称 *2一般名: leopard danio / zebra danio / zebra fish / GenBank一般名: zebrafish / 別称: Brachydanio rerio frankei / Brachydanio rerio ...Brachydanio rerio frankei / Brachydanio rerio / Cyprinus rerio / Danio frankei / Danio rerio frankei / その他: Cyprinus rerio Hamilton, 1822 / Danio rerio (Hamilton, 1822)
構造データでの名称Brachydanio rerio
NCBI Taxonomy ID7955
系統 *2細胞生物 > 真核生物 > オピストコンタ > 動物 > 真正後生動物 > 左右相称動物 > 後口動物 > 脊索動物 > 有頭動物 > 脊椎動物 > 顎口上綱 > Teleostomi > Euteleostomi > 条鰭類 > Actinopteri > 新鰭類 > 真骨類 > 真骨類 > 真骨類 > Otomorpha > 骨鰾上目 > 骨鰾上目 > コイ目 > コイ目 > コイ目 > Danionidae > ダニオ亜科 > Danio
ウィキペディアウィキペディア - ゼブラフィッシュ: ゼブラフィッシュまたはゼブラ・ダニオ（学名: Danio rerio）は、インド原産の体長5センチメートル（cm）ほどの小型の魚である。和名はシマヒメハヤ...
コメントゼブラフィッシュ / 魚類
出典*1: DBCLSメタ用語集-翻訳用テーブル-学名と和名の対応 ライフサイエンス統合データベースプロジェクト
*2: NCBI Taxonomy
*3: 生物アイコン (c) ライフサイエンス統合データベースセンター licensed under CC表示2.1 日本

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EMDB エントリ (140)

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PDB エントリ (596)

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SASBDB エントリ (6)

全6件を表示しています

SASDBV2:
Zebrafish Arpin (Zebrafish (Danio rerio) Arpin, Arpin)

SASDBW2:
Zebrafish (Danio rerio) Arpin truncated C-terminal mutant (delta-C 16).

SASDBX2:
Zebrafish Arpin in complex with the ankyrin repeat domains of human Tankyrase 2 (489-469)

SASDFT9:
Adhesion G-protein coupled receptor G6 - zfGpr126 S2 (-ss) ECR

SASDFU9:
Adhesion G-protein coupled receptor G6 - zfGpr126 S1 (+ss) ECR

SASDFV9:
Adhesion G-protein coupled receptor G6 - zfGpr126 S2 (-ss) D134A/F135A ECR

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万見生物種について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見生物種

EMDB/PDB/SASBDBの生物種情報

EMDB/PDB/SASBDBの構造データの試料情報、由来する生物種に関するデータベース

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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