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検索サービス

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PDBエントリー検索(PDBj Mine)

Mine Summary page

PDBj Mine は、PDB ID やキーワードなどを指定してPDBエントリーを検索するツールです。使い方については 基本的な使い方 もご覧下さい。

Mine search results

URL: http://pdbj.org/mine/

詳細検索(PDBj Mine)

Mine Advanced search

詳細条件検索では、様々な条件を組み合わせて指定して、検索することができます。

URL: http://pdbj.org/advancedSearch

NMRデータ検索(BMRB Search)

BMRB entry page

生体分子のNMRデータベース BMRB のデータを検索します。

URL: http://bmrb.pdbj.org/search/

Sequence Navigator

Sequence Superposition

Sequence Navigator は、似た配列を持つ分子を検索するツールです。

URL: http://pdbj.org/seqnavix/

Structure Navigator

Structure Navigator Alignment

Structure Navigator は、似た立体構造を持つ分子を検索するツールです。

Structure Navigator results

URL: http://pdbj.org/stnavix/

EM Navigator

EM Navigator entry page

EM Navigatorは電子顕微鏡によって解かれた分子の立体構造を見るためのウェブサービスです。

より詳しい文書が万見文書にあります。

EM Navigator top page

URL: http://pdbj.org/emnavi/

Omokage検索(Omokage Search)

Omokage Search Top

生体超分子の形状類似性検索サービスです。細部を無視した全体の形状のみの比較により、類似データを検索します。

より詳しい文書が万見文書にあります。

URL: http://pdbj.org/emnavi/omo-search.php?lang=ja

wwPDB/RDF

PDB/RDF

wwPDB/RDF は Resource Description Framework(RDF)形式で書かれたPDBデータの集まりです。RDF形式による記述はセマンティックウェブの標準書式です。 ウェブオントロジー言語(Web Ontology Language、OWL)で定義されるオントロジーもPDB/RDFで提供していますが、これはPDB mmCIF Exchange DictionaryをそのままRDF形式に書き直したものです。

URL:
http://rdf.wwpdb.org/pdb (PDB/RDF)
http://rdf.wwpdb.org/cc (chem_comp/RDF)

SeSAW

SeSAW Alignment

SeSAWSe quence-Derived S tructural A lignment W eights)は、蛋白質に含まれる保存された配列や構造モチーフを識別し、機能に関する情報を提供します。 SeSAW Tutorial も合わせてご覧下さい。

SeSAW results

URL: http://pdbj.org/sesaw/

Ligand Binding Sites (GIRAF)

GIRAF top page

GIRAF は似たリガンド結合部位を持つ構造を検索するサービスです。 PDB ID を指定するか、PDBフォーマットファイルをアップロードして条件指定を行います。

このサービスは現在開発中です。

URL: http://pdbj.org/giraf/

未公開エントリーのステータス検索(Status Search)

status search results

PDBに登録し、まだ公開されていないエントリーの状況を検索できます。

URL: http://pdbj.org/status-search


作成日: 2017-08-28 (最終更新日: more than 1 year ago)2017-08-29

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件を2024-03-13に公開中

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