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PDBエントリー検索(PDBj Mine)

Mine Summary page

PDBj Mine は、PDB ID やキーワードなどを指定してPDBエントリーを検索するツールです。使い方については 基本的な使い方 もご覧下さい。

Mine search results

URL: http://pdbj.org/mine/

詳細検索(PDBj Mine)

Mine Advanced search

詳細条件検索では、様々な条件を組み合わせて指定して、検索することができます。

URL: http://pdbj.org/advancedSearch

NMRデータ検索(BMRB Search)

BMRB entry page

生体分子のNMRデータベース BMRB のデータを検索します。

URL: http://bmrb.pdbj.org/search/

Sequence Navigator

Sequence Superposition

Sequence Navigator は、似た配列を持つ分子を検索するツールです。

URL: http://pdbj.org/seqnavix/

Structure Navigator

Structure Navigator Alignment

Structure Navigator は、似た立体構造を持つ分子を検索するツールです。

Structure Navigator results

URL: http://pdbj.org/stnavix/

EM Navigator

EM Navigator entry page

EM Navigator は、 電子顕微鏡による分子の立体構造を閲覧するためのツールです。

EM Navigator top page

URL: http://pdbj.org/emnavi/

Omokage検索(Omokage Search)

Omokage Search Top

生体超分子の形状類似性検索サービスです。細部を無視した全体の形状のみの比較により、類似データを検索します。

URL: http://pdbj.org/emnavi/omo-search.php?lang=ja

wwPDB/RDF

PDB/RDF

wwPDB/RDF は Resource Description Framework(RDF)形式で書かれたPDBデータの集まりです。RDF形式による記述はセマンティックウェブの標準書式です。 ウェブオントロジー言語(Web Ontology Language、OWL)で定義されるオントロジーもPDB/RDFで提供していますが、これはPDB mmCIF Exchange DictionaryをそのままRDF形式に書き直したものです。

URL:
http://rdf.wwpdb.org/pdb (PDB/RDF)
http://rdf.wwpdb.org/cc (chem_comp/RDF)

SeSAW

SeSAW Alignment

SeSAWSe quence-Derived S tructural A lignment Weights)は、蛋白質に含まれる保存された配列や構造モチーフを識別し、機能に関する情報を提供します。 SeSAW Tutorialも合わせてご覧下さい。

SeSAW results

URL: http://pdbj.org/sesaw/

Ligand Binding Sites (GIRAF)

GIRAF top page

GIRAF は似たリガンド結合部位を持つ構造を検索するサービスです。 PDB ID を指定するか、PDBフォーマットファイルをアップロードして条件指定を行います。

このサービスは現在開発中です。

URL: http://pdbj.org/giraf/

未公開エントリーのステータス検索(Status Search)

status search results

PDBに登録し、まだ公開されていないエントリーの状況を検索できます。

URL: http://pdbj.org/status-search

2012-07-11 (last edited: 1 month ago)2017-05-17
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