検索サービス

PDBエントリー検索（PDBj Mine）

PDBj Mine は、PDB ID やキーワードなどを指定してPDBエントリーを検索するツールです。使い方については 基本的な使い方 もご覧下さい。

URL: http://pdbj.org/mine/

詳細検索（PDBj Mine）

詳細条件検索では、様々な条件を組み合わせて指定して、検索することができます。

URL: http://pdbj.org/advancedSearch

Chemie search（化合物の検索）

Chemie search では、蛋白質や核酸以外の化合物を検索することができ、 またその化合物を含むPDBエントリーを検索することもできます。

サービストップ / ヘルプ

URL: http://pdbj.org/chemie-search

NMRデータ検索（BMRB Search）

生体分子のNMRデータベース BMRB のデータを検索します。

URL: http://bmrb.pdbj.org/search/

Sequence Navigator

Sequence Navigator は、似た配列を持つ分子を検索するツールです。

URL: http://pdbj.org/seqnavix/

Structure Navigator

Structure Navigator は、似た立体構造を持つ分子を検索するツールです。

URL: http://pdbj.org/stnavix/

EM Navigator

EM Navigatorは電子顕微鏡によって解かれた分子の立体構造を見るためのウェブサービスです。

より詳しい文書が万見文書にあります。

URL: http://pdbj.org/emnavi/

Omokage検索（Omokage Search）

生体超分子の形状類似性検索サービスです。細部を無視した全体の形状のみの比較により、類似データを検索します。

より詳しい文書が万見文書にあります。

URL: http://pdbj.org/emnavi/omo-search.php?lang=ja

wwPDB/RDF

wwPDB/RDF は Resource Description Framework（RDF）形式で書かれたPDBデータの集まりです。RDF形式による記述はセマンティックウェブの標準書式です。 ウェブオントロジー言語（Web Ontology Language、OWL）で定義されるオントロジーもPDB/RDFで提供していますが、これはPDB mmCIF Exchange DictionaryをそのままRDF形式に書き直したものです。

URL:
http://rdf.wwpdb.org/pdb (PDB/RDF)
http://rdf.wwpdb.org/cc (chem_comp/RDF)

SeSAW

SeSAW （ Se quence-Derived S tructural A lignment W eights）は、蛋白質に含まれる保存された配列や構造モチーフを識別し、機能に関する情報を提供します。 SeSAW Tutorial も合わせてご覧下さい。

URL: http://pdbj.org/sesaw/

Ligand Binding Sites (GIRAF)

GIRAF は似たリガンド結合部位を持つ構造を検索するサービスです。 PDB ID を指定するか、PDBフォーマットファイルをアップロードして条件指定を行います。

このサービスは現在開発中です。

URL： http://pdbj.org/giraf/

未公開エントリーのステータス検索（Status Search）

PDBに登録し、まだ公開されていないエントリーの状況を検索できます。

URL: http://pdbj.org/status-search