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- PDB-7egf: TFIID lobe A subcomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7egf
タイトルTFIID lobe A subcomplex
要素
  • (Transcription initiation factor TFIID subunit ...) x 9
  • TATA-box-binding protein
キーワードTRANSCRIPTION / TFIID / preinitiation complex / core promoter / transcription initiation
機能・相同性
機能・相同性情報


SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / allantois development / pre-snoRNP complex / transcription factor TFTC complex / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / SLIK (SAGA-like) complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / hepatocyte differentiation ...SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / allantois development / pre-snoRNP complex / transcription factor TFTC complex / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / SLIK (SAGA-like) complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / hepatocyte differentiation / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / positive regulation of response to cytokine stimulus / maintenance of protein location in nucleus / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / C2H2 zinc finger domain binding / male pronucleus / female pronucleus / positive regulation by host of viral transcription / transcription regulator inhibitor activity / nuclear vitamin D receptor binding / RNA polymerase binding / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / limb development / box C/D snoRNP assembly / nuclear thyroid hormone receptor binding / SAGA complex / transcription preinitiation complex / RNA Polymerase I Transcription Termination / response to L-glutamate / embryonic placenta development / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase I Transcription Initiation / regulation of RNA splicing / aryl hydrocarbon receptor binding / transcription by RNA polymerase III / TFIIB-class transcription factor binding / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / MLL1 complex / negative regulation of cell cycle / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / male germ cell nucleus / somitogenesis / regulation of DNA repair / core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / ovarian follicle development / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / response to interleukin-1 / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / DNA-templated transcription initiation / mRNA transcription by RNA polymerase II / RNA Polymerase I Promoter Escape / promoter-specific chromatin binding / nuclear estrogen receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / euchromatin / multicellular organism growth / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / G1/S transition of mitotic cell cycle / p53 binding / actin cytoskeleton / ATPase binding / HATs acetylate histones / nuclear membrane / DNA-binding transcription factor binding / spermatogenesis / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / transcription by RNA polymerase II / chromatin remodeling / protein stabilization / Ub-specific processing proteases / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
TAFII28-like protein domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 11-like / hTAFII28-like protein conserved region / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 family / Transcription initiation factor TFIID component TAF4, C-terminal / Transcription initiation factor IID, subunit 13 / Transcription initiation factor IID, 18kD subunit / TAFH/NHR1 domain superfamily / NHR1 homology to TAF ...TAFII28-like protein domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 11-like / hTAFII28-like protein conserved region / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 family / Transcription initiation factor TFIID component TAF4, C-terminal / Transcription initiation factor IID, subunit 13 / Transcription initiation factor IID, 18kD subunit / TAFH/NHR1 domain superfamily / NHR1 homology to TAF / TAFH/NHR1 domain profile. / TAF homology / TAFH/NHR1 / : / Bromodomain associated / Bromodomain transcription factors and PHD domain containing proteins / Bromodomain associated domain / Transcription initiation factor IID, 31kD subunit / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit A / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain superfamily / WD40 associated region in TFIID subunit, NTD2 domain / Transcription initiation factor TAFII31 / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain superfamily / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 domain / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / TAF6 C-terminal HEAT repeat domain / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain / Transcription initiation factor TFIID 23-30kDa subunit / Transcription initiation factor TFIID, 23-30kDa subunit / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone-fold / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription initiation factor TFIID subunit 4 / TATA-box-binding protein / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / Transcription initiation factor TFIID subunit 5 / Transcription initiation factor TFIID subunit 13 / Transcription initiation factor TFIID subunit 11 / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit 9 / Transcription initiation factor TFIID subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Chen, X. / Wu, Z. / Li, J. / Zhao, D. / Xu, Y.
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Structural insights into preinitiation complex assembly on core promoters.
著者: Xizi Chen / Yilun Qi / Zihan Wu / Xinxin Wang / Jiabei Li / Dan Zhao / Haifeng Hou / Yan Li / Zishuo Yu / Weida Liu / Mo Wang / Yulei Ren / Ze Li / Huirong Yang / Yanhui Xu /
要旨: Transcription factor IID (TFIID) recognizes core promoters and supports preinitiation complex (PIC) assembly for RNA polymerase II (Pol II)-mediated eukaryotic transcription. We determined the ...Transcription factor IID (TFIID) recognizes core promoters and supports preinitiation complex (PIC) assembly for RNA polymerase II (Pol II)-mediated eukaryotic transcription. We determined the structures of human TFIID-based PIC in three stepwise assembly states and revealed two-track PIC assembly: stepwise promoter deposition to Pol II and extensive modular reorganization on track I (on TATA-TFIID-binding element promoters) versus direct promoter deposition on track II (on TATA-only and TATA-less promoters). The two tracks converge at an ~50-subunit holo PIC in identical conformation, whereby TFIID stabilizes PIC organization and supports loading of cyclin-dependent kinase (CDK)-activating kinase (CAK) onto Pol II and CAK-mediated phosphorylation of the Pol II carboxyl-terminal domain. Unexpectedly, TBP of TFIID similarly bends TATA box and TATA-less promoters in PIC. Our study provides structural visualization of stepwise PIC assembly on highly diversified promoters.
履歴
登録2021年3月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31115
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: TATA-box-binding protein
c: Transcription initiation factor TFIID subunit 3
d: Transcription initiation factor TFIID subunit 4
e: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
f: Transcription initiation factor TFIID subunit 6
i: Transcription initiation factor TFIID subunit 9
j: Transcription initiation factor TFIID subunit 10
k: Transcription initiation factor TFIID subunit 11
l: Transcription initiation factor TFIID subunit 12
m: Transcription initiation factor TFIID subunit 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)517,73610
ポリマ－517,73610
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 P

#1: タンパク質 TATA-box-binding protein / TATA sequence-binding protein / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription initiation ...TATA sequence-binding protein / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription initiation factor TFIID TBP subunit


分子量: 37729.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBP, GTF2D1, TF2D, TFIID / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20226

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Transcription initiation factor TFIID subunit ... , 9種, 9分子 cdefijklm

#2: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 3 / 140 kDa TATA box-binding protein-associated factor / TBP-associated factor 3 / Transcription ...140 kDa TATA box-binding protein-associated factor / TBP-associated factor 3 / Transcription initiation factor TFIID 140 kDa subunit / TAF(II)140 / TAF140 / TAFII-140 / TAFII140


分子量: 103769.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5VWG9
#3: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 4 / RNA polymerase II TBP-associated factor subunit C / TBP-associated factor 4 / Transcription ...RNA polymerase II TBP-associated factor subunit C / TBP-associated factor 4 / Transcription initiation factor TFIID 130 kDa subunit / TAF(II)130 / TAFII-130 / TAFII130 / Transcription initiation factor TFIID 135 kDa subunit / TAF(II)135 / TAFII-135 / TAFII135


分子量: 110221.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF4, TAF2C, TAF2C1, TAF4A, TAFII130, TAFII135 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00268
#4: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 5 / Transcription initiation factor TFIID 100 kDa subunit / TAF(II)100 / TAFII-100 / TAFII100


分子量: 86932.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF5, TAF2D / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15542
#5: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / RNA polymerase II TBP-associated factor subunit E / Transcription initiation factor TFIID 70 kDa ...RNA polymerase II TBP-associated factor subunit E / Transcription initiation factor TFIID 70 kDa subunit / TAF(II)70 / TAFII-70 / TAFII70 / Transcription initiation factor TFIID 80 kDa subunit / TAF(II)80 / TAFII-80 / TAFII80


分子量: 72749.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF6, TAF2E, TAFII70 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49848
#6: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 9 / RNA polymerase II TBP-associated factor subunit G / STAF31/32 / Transcription initiation factor ...RNA polymerase II TBP-associated factor subunit G / STAF31/32 / Transcription initiation factor TFIID 31 kDa subunit / TAFII-31 / TAFII31 / Transcription initiation factor TFIID 32 kDa subunit / TAFII-32 / TAFII32


分子量: 29006.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF9, TAF2G, TAFII31 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16594
#7: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / STAF28 / Transcription initiation factor TFIID 30 kDa subunit / TAF(II)30 / TAFII-30 / TAFII30


分子量: 21731.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF10, TAF2A, TAF2H, TAFII30 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12962
#8: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 11 / TFIID subunit p30-beta / Transcription initiation factor TFIID 28 kDa subunit / TAF(II)28 / TAFII-28 / TAFII28


分子量: 23340.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF11, TAF2I, PRO2134 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15544
#9: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID 20/15 kDa subunits / TAFII-20/TAFII-15 / TAFII20/TAFII15


分子量: 17948.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF12, TAF15, TAF2J, TAFII20 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16514
#10: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 13 / Transcription initiation factor TFIID 18 kDa subunit / TAF(II)18 / TAFII-18 / TAFII18


分子量: 14307.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF13, TAF2K, TAFII18 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15543

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TFIID lobe A subcomplex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 32

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15078 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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