[日本語] English
万見
- PDB-6ens: Structure of mouse wild-type RKIP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ens
タイトルStructure of mouse wild-type RKIP
要素Phosphatidylethanolamine-binding protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / RKIP / PEBP / PBP
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of acetylcholine metabolic process / Negative regulation of MAPK pathway / MAP2K and MAPK activation / regulation of the force of heart contraction / receptor serine/threonine kinase binding / mitogen-activated protein kinase binding / sperm capacitation / negative regulation of MAPK cascade / 小胞体 ...: / positive regulation of acetylcholine metabolic process / Negative regulation of MAPK pathway / MAP2K and MAPK activation / regulation of the force of heart contraction / receptor serine/threonine kinase binding / mitogen-activated protein kinase binding / sperm capacitation / negative regulation of MAPK cascade / 小胞体 / positive regulation of cAMP-mediated signaling / axon terminus / positive regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / kinase binding / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / シナプス小胞 / apical part of cell / 髄鞘 / mitochondrial outer membrane / neuron projection / signaling receptor binding / neuronal cell body / lipid binding / protein kinase binding / ゴルジ体 / enzyme binding / 細胞膜 / ミトコンドリア / extracellular space / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylethanolamine-binding, conserved site / Phosphatidylethanolamine-binding protein family signature. / Phosphatidylethanolamine-binding Protein / PEBP-like / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / PEBP-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Phosphatidylethanolamine-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Hirschbeck, M. / Koelmel, W. / Schindelin, H. / Lorenz, K. / Kisker, C.
資金援助 米国, ドイツ, 3件
組織認可番号国
National Institutes of HealthGM087630 米国
National Institutes of HealthGM55694 米国
German Research FoundationFZ82 ドイツ
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Conserved salt-bridge competition triggered by phosphorylation regulates the protein interactome.
著者: Skinner, J.J. / Wang, S. / Lee, J. / Ong, C. / Sommese, R. / Sivaramakrishnan, S. / Koelmel, W. / Hirschbeck, M. / Schindelin, H. / Kisker, C. / Lorenz, K. / Sosnick, T.R. / Rosner, M.R.
履歴
登録2017年10月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylethanolamine-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9264
ポリマ－21,6821
非ポリマー2433
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area680 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area8310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.580, 54.090, 97.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Phosphatidylethanolamine-binding protein 1 / PEBP-1 / HCNPpp / Raf Kinase Inhibitory Protein


分子量: 21682.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pebp1, Pbp, Pebp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P70296
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.2 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: PEG 6000, sodium acetate pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→23.06 Å / Num. obs: 42630 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IQY

2iqy


解像度: 1.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 1.945 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.049 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16809 2148 5.1 %RANDOM
Rwork0.12478 ---
obs0.12695 40315 98.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 16.613 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1451 0 16 250 1717
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0191704
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021625
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5591.9782350
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9953.0023749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0825233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.81725.38578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.20515286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.771157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212008
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02367
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.071.272836
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0934.768834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3991.9121065
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.42.1691066
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5741.456868
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.573869
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.90716.2031273
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.14216.932041
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.14216.9332041
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.7731704
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free19.115150
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.30451760
LS精密化 シェル解像度: 1.302→1.336 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 150 -
Rwork0.266 2880 -
obs--97.33 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る