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- PDB-6dzo: Crystal structure of Salmonella typhimurium Tryptophan Synthase m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dzo
タイトルCrystal structure of Salmonella typhimurium Tryptophan Synthase mutant beta-Q114A with 2-({[4-(trifluoromethoxy)phenyl]sulfonyl}amino)ethyl dihydrogen phosphate (F9F) at the alpha-site, Cesium ion at the metal coordination site, and (E)-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-serine at the beta-site
要素(Tryptophan synthase ...トリプトファン合成酵素) x 2
キーワードLYASE/LYASE Inhibitor / Q114A / LYASE-LYASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


トリプトファン合成酵素 / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme ...Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-F9F / Chem-KOU / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Hilario, E. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J. / Fan, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)2R01GM097569-06A1 米国
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Salmonella typhimurium Tryptophan Synthase mutant beta-Q114A with 2-({[4-(trifluoromethoxy)phenyl]sulfonyl}amino)ethyl dihydrogen phosphate (F9F) at the alpha-site, ...タイトル: Crystal structure of Salmonella typhimurium Tryptophan Synthase mutant beta-Q114A with 2-({[4-(trifluoromethoxy)phenyl]sulfonyl}amino)ethyl dihydrogen phosphate (F9F) at the alpha-site, Cesium ion at the metal coordination site, and (E)-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-serine at the beta-site
著者: Hilario, E. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J. / Fan, L.
履歴
登録2018年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年5月6日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,37929
ポリマ－71,1872
非ポリマー2,19127
水12,322684
1
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子

A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,75758
ポリマ－142,3744
非ポリマー4,38354
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area18060 Å2
ΔGint-324 kcal/mol
Surface area42530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.349, 58.380, 67.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.890, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Tryptophan synthase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tryptophan synthase alpha chain


分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: trpA, STM1727 / プラスミド: PEBA-10 beta-Q114A / 詳細 (発現宿主): mutation beta-Q114A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB149 / 参照: UniProt: P00929, トリプトファン合成酵素
#2: タンパク質 Tryptophan synthase beta chain


分子量: 42488.367 Da / 分子数: 1 / Mutation: Q114A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: trpB, STM1726 / プラスミド: PEBA-10 beta-Q114A / 詳細 (発現宿主): muattion beta-Q114A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB149 / 参照: UniProt: P0A2K1, トリプトファン合成酵素

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非ポリマー , 7種, 711分子

#3: 化合物 ChemComp-F9F / 2-({[4-(TRIFLUOROMETHOXY)PHENYL]SULFONYL}AMINO)ETHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / N-(4'-TRIFLUOROMETHOXYBENZENESULFONYL)-2-AMINO-1-ETHYLPHOSPHATE, F9


分子量: 365.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11F3NO7PS
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-KOU / (E)-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-serine


分子量: 334.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N2O8P
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 684 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.66 % / 解説: Large plate-like crystal
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 50mM Bicine-CsOH pH 7.8, 50mM Cesium chloride, 9% PEG 8,000, 2mM spermine
PH範囲: 7.6-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cobra
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年2月27日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→30 Å / Num. obs: 80656 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 1.64 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 15.891 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.64→1.73 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique obs: 11260 / CC1/2: 0.985 / Rpim(I) all: 0.11 / Rrim(I) all: 0.172 / % possible all: 90.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.376
最高解像度最低解像度
Rotation29.19 Å1.84 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 80593
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.89-10033.50.907566
6.29-8.8938.30.9151016
5.13-6.2936.10.8861306
4.44-5.1325.60.9241508
3.98-4.4424.60.931701
3.63-3.9824.50.9291895
3.36-3.6322.40.9352024
3.14-3.3623.30.9162193
2.96-3.1423.90.9252265
2.81-2.9623.90.9152414
2.68-2.8122.50.932538
2.57-2.6821.80.9322627
2.47-2.5721.40.9262770
2.38-2.4720.50.9282810
2.3-2.3819.70.932917
2.22-2.319.60.9293029
2.16-2.2218.80.9383063
2.1-2.1619.20.9273197
2.04-2.1190.9283202
1.99-2.0420.40.9243350
1.94-1.9919.20.9163369
1.9-1.9419.80.9233481
1.85-1.9200.923529
1.81-1.8520.50.9223571
1.78-1.8120.50.923638
1.74-1.7821.80.9153704
1.71-1.7423.10.913764
1.68-1.7124.20.9063784
1.64-1.6832.60.8685362

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
直接法7.0.059位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HPX

4hpx


解像度: 1.64→29.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.885 / SU ML: 0.054 / SU R Cruickshank DPI: 0.0987 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1961 3982 4.9 %RANDOM
Rwork0.1722 ---
obs0.1734 76612 93.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.15 Å2 / Biso mean: 21.996 Å2 / Biso min: 10.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0.21 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.64→29.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4986 0 101 713 5800
Biso mean--31.68 34.28 -
残基数----662
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0125348
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4651.6487265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2365702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.6322.328262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.84515870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4331534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2701
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024076
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.682 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 273 -
Rwork0.242 5421 -
all-5694 -
obs--89.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4638-0.2610.00640.53370.02340.20310.0442-0.00820.04260.0249-0.041-0.0361-0.0086-0.0149-0.00320.03570.00770.00440.0148-0.00250.0612-40.53969.821724.7069
21.28770.0263-0.25240.7189-0.16430.38810.15260.2465-0.1270.0198-0.12860.0390.0061-0.0931-0.0240.03630.0191-0.0410.0905-0.02690.058-46.6345-1.294714.0774
33.65594.8849-3.85646.8876-6.17188.037-0.22690.378-0.3146-0.40030.3632-0.2070.2997-0.3744-0.13620.08890.0915-0.06990.2148-0.16080.171-54.3848-2.49497.341
40.53440.11980.04890.6338-0.08910.20450.08790.10610.028-0.0348-0.06180.0078-0.0139-0.0421-0.02610.03960.0329-0.01060.05780.02140.039-49.563812.015310.5475
54.90123.69271.24584.0050.93060.62950.01480.04340.3517-0.2104-0.09050.1393-0.1276-0.15190.07570.10620.08840.01150.09980.03020.074-52.122124.005612.5125
61.1162-0.0832-0.84950.00930.05440.6792-0.06990.124-0.14580.0086-0.00510.02190.0399-0.13460.0750.0360.0121-0.00870.07760.00220.0913-30.4126-13.111514.0855
70.66190.27750.25850.27450.3050.4338-0.03090.0919-0.03140.01580.01430.02170.060.08250.01660.03850.0135-0.01540.0842-0.01090.0293-4.0094-17.62195.7411
80.4194-0.12550.2530.1160.09020.5070.02690.0282-0.0433-0.0224-0.01350.0168-0.02160.0187-0.01330.0485-0.0053-0.02550.0527-0.00190.0344-8.7717-11.99715.8511
90.13010.2962-0.13321.76650.36490.58110.07170.027-0.0048-0.0548-0.0105-0.0843-0.1814-0.0556-0.06120.10250.02390.00060.0438-0.01040.0197-17.55072.90360.7976
100.2719-0.1331-0.11840.1079-0.0510.34070.00320.0362-0.03190.0052-0.01480.0101-0.0006-0.03380.01170.04260.0023-0.02550.0493-0.00520.0447-15.4437-11.383512.3697
110.49380.1106-0.03240.07330.03110.0389-0.0089-0.0710.097-0.0075-0.00810.03380.00210.00370.0170.0370.0025-0.01530.0472-0.0230.0644-14.5943-0.020324.6142
120.56950.2262-0.05510.10830.06180.4877-0.0053-0.04440.0263-0.0127-0.00450.0128-0.0370.00570.00970.03940.0013-0.01450.0422-0.00480.0438-5.2754-4.331421.0617
130.1606-0.22040.050.3035-0.09660.78510.0301-0.02990.0095-0.03730.0395-0.0101-0.09910.0661-0.06960.0502-0.0132-0.00350.0642-0.00680.03063.669-3.074717.0807
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A30 - 159
2X-RAY DIFFRACTION2A160 - 187
3X-RAY DIFFRACTION3A188 - 202
4X-RAY DIFFRACTION4A203 - 247
5X-RAY DIFFRACTION5A248 - 268
6X-RAY DIFFRACTION6B2 - 37
7X-RAY DIFFRACTION7B38 - 70
8X-RAY DIFFRACTION8B71 - 100
9X-RAY DIFFRACTION9B101 - 165
10X-RAY DIFFRACTION10B166 - 244
11X-RAY DIFFRACTION11B245 - 301
12X-RAY DIFFRACTION12B302 - 343
13X-RAY DIFFRACTION13B344 - 395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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