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- PDB-6d0x: Crystal structure of chimeric H.2140 / K.1210 Fab in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d0x
タイトルCrystal structure of chimeric H.2140 / K.1210 Fab in complex with circumsporozoite protein NANP3
要素
  • 1210 Antibody, light chain
  • 2140 Antibody, heavy chain
  • NANP3
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Malaria (マラリア) / Antibody (抗体) / Circumsporozoite protein
機能・相同性
機能・相同性情報


entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / 細胞膜 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Plasmodium circumsporozoite protein / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Circumsporozoite protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.849 Å
データ登録者Scally, S.W. / Bosch, A. / Imkeller, K. / Wardemann, H. / Julien, J.P.
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Antihomotypic affinity maturation improves human B cell responses against a repetitive epitope.
著者: Imkeller, K. / Scally, S.W. / Bosch, A. / Marti, G.P. / Costa, G. / Triller, G. / Murugan, R. / Renna, V. / Jumaa, H. / Kremsner, P.G. / Sim, B.K.L. / Hoffman, S.L. / Mordmuller, B. / ...著者: Imkeller, K. / Scally, S.W. / Bosch, A. / Marti, G.P. / Costa, G. / Triller, G. / Murugan, R. / Renna, V. / Jumaa, H. / Kremsner, P.G. / Sim, B.K.L. / Hoffman, S.L. / Mordmuller, B. / Levashina, E.A. / Julien, J.P. / Wardemann, H.
履歴
登録2018年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2140 Antibody, heavy chain
B: 1210 Antibody, light chain
C: NANP3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2617
ポリマ－48,8783
非ポリマー3824
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.113, 83.113, 157.166
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-443-

HOH

21B-503-

HOH

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要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド NANP3


分子量: 1207.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
参照: UniProt: P02893*PLUS

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 2140 Antibody, heavy chain


分子量: 24173.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 1210 Antibody, light chain


分子量: 23498.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 273分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.29 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 20% (w/v) PEG4000, 0.6M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03327 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03327 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→40 Å / Num. obs: 47923 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.755 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 6923 / CC1/2: 0.766 / Rpim(I) all: 0.223 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.849→39.291 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2093 1999 4.18 %
Rwork0.179 --
obs0.1803 47836 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.849→39.291 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3329 0 25 269 3623
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133472
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2114744
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0242056
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082532
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009611
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8486-1.89490.3241390.3083183X-RAY DIFFRACTION99
1.8949-1.94610.32241400.26773198X-RAY DIFFRACTION100
1.9461-2.00340.2741400.23383222X-RAY DIFFRACTION100
2.0034-2.0680.25551410.21453248X-RAY DIFFRACTION100
2.068-2.14190.22821420.20713232X-RAY DIFFRACTION100
2.1419-2.22770.23971410.19763222X-RAY DIFFRACTION100
2.2277-2.3290.25921400.19843228X-RAY DIFFRACTION100
2.329-2.45180.25981430.2093285X-RAY DIFFRACTION100
2.4518-2.60540.28711420.20453239X-RAY DIFFRACTION100
2.6054-2.80650.22141430.20213282X-RAY DIFFRACTION100
2.8065-3.08890.20941440.1973298X-RAY DIFFRACTION100
3.0889-3.53560.19251430.17773297X-RAY DIFFRACTION100
3.5356-4.45350.17031480.14693359X-RAY DIFFRACTION100
4.4535-39.30040.18631530.15313544X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1568-0.9282-1.25891.51081.2823.38170.01640.12750.0555-0.04740.0189-0.1866-0.12260.2681-0.04940.1755-0.03170.00050.2774-0.0030.2838361.9344-99.209520.4194
23.11211.85622.1784.77160.59472.04740.39291.1575-0.811-1.1715-0.08961.1323-0.1802-1.0892-0.40550.59580.2249-0.20211.5323-0.33280.7612345.3726-110.2783-16.2008
35.1452-0.25122.51623.05841.20942.9776-0.01391.27750.1495-0.631-0.18630.2639-0.3638-0.79570.17670.4150.1125-0.01461.0242-0.07830.4303353.5237-105.4904-11.9142
44.6853-3.46063.72648.78-7.32279.53650.24280.26180.067-0.1767-0.23840.36050.2317-0.3343-0.02760.2104-0.01930.02320.4449-0.10820.3209336.8899-97.208318.3898
53.2275-0.96091.45372.0002-0.96644.6693-0.00640.2210.2793-0.0339-0.1294-0.0471-0.2966-0.19870.12080.19820.00150.00820.2247-0.03310.2911342.7086-90.844521.8878
61.82911.55142.71.34582.3594.018-0.03361.212-0.9074-0.2821-0.6570.8619-0.2652-0.62170.59060.34050.2034-0.04571.0786-0.33680.7251333.5115-97.1212.134
75.84740.78521.56741.1097-0.31132.4991-0.47011.1191-0.9228-0.30290.0018-0.26190.14770.13920.13670.4280.0806-0.13421.4727-0.75050.879347.3466-118.023-14.4188
84.8647-1.86-0.38055.65412.57295.63940.01270.6763-0.39420.4408-0.56720.640.3581-1.15750.55960.48280.0133-0.03981.1894-0.47210.7996338.4827-111.8788-4.662
92.89752.97292.56914.00490.73246.29540.51210.4409-1.19690.1428-0.54450.95720.9982-1.1870.05930.5362-0.13360.04270.9885-0.41111.0906340.7584-120.8659-1.7303
103.93830.41481.266.30142.86285.41260.10550.8005-0.9682-0.0641-0.31140.52950.3415-0.73120.21760.39140.0337-0.00780.9665-0.35540.7459341.5453-114.8095-6.4522
113.3941-2.7141-3.99856.95034.7677.04240.16560.4971-0.24420.164-0.10470.68770.380.225-0.06060.51350.0024-0.02841.6531-0.69131.0943331.9665-115.7467-10.1043
123.6548-3.00440.37017.6485-7.45672.03450.652-0.15210.09271.0156-0.26190.0144-0.64120.4668-0.4380.3831-0.09950.01490.3647-0.08380.361357.2901-93.337538.3101
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 124 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 125 through 145 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 146 through 213 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 18 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 19 through 101 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 102 through 113 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 114 through 128 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 129 through 150 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 151 through 163 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 164 through 197 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 198 through 212 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 11 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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