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Yorodumi- PDB-6d01: Crystal structure of 1210 Fab in complex with circumsporozoite pr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6d01 | ||||||
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Title | Crystal structure of 1210 Fab in complex with circumsporozoite protein NANP5 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Malaria / Antibody / Circumsporozoite protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2 Å | ||||||
Authors | Scally, S.W. / Bosch, A. / Imkeller, K. / Wardemann, H. / Julien, J.P. | ||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2018 Title: Antihomotypic affinity maturation improves human B cell responses against a repetitive epitope. Authors: Imkeller, K. / Scally, S.W. / Bosch, A. / Marti, G.P. / Costa, G. / Triller, G. / Murugan, R. / Renna, V. / Jumaa, H. / Kremsner, P.G. / Sim, B.K.L. / Hoffman, S.L. / Mordmuller, B. / ...Authors: Imkeller, K. / Scally, S.W. / Bosch, A. / Marti, G.P. / Costa, G. / Triller, G. / Murugan, R. / Renna, V. / Jumaa, H. / Kremsner, P.G. / Sim, B.K.L. / Hoffman, S.L. / Mordmuller, B. / Levashina, E.A. / Julien, J.P. / Wardemann, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6d01.cif.gz | 686.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6d01.ent.gz | 594.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6d01.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/6d01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/6d01 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24313.230 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 23498.098 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #3: Protein/peptide | Mass: 2000.006 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) References: UniProt: P02893*PLUS #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-PEG / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.37 Å3/Da / Density % sol: 77.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20% (w/v) PEG3350, 0.2M sodium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.97949 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Jan 14, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→40 Å / Num. obs: 67565 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 8.9 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.3 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5890 / CC1/2: 0.57 / Rpim(I) all: 0.375 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2→39.866 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.68
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→39.866 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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