PDB-5umz: Structure of TNRC6A NLS in complex with importin-alpha

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5umz

タイトル

Structure of TNRC6A NLS in complex with importin-alpha

要素

Importin subunit alpha-1
TNRC6A

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / mRNA decay / miRNA ARM repeat /

nuclear transport (核輸送)

機能・相同性

機能・相同性情報

Post-transcriptional silencing by small RNAs / Transcriptional regulation by small RNAs / maintenance of protein location in cell / Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / positive regulation of viral life cycle / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / NLS-dependent protein nuclear import complex / regulatory ncRNA-mediated gene silencing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Chaston, J. / Stewart, A.G. / Christie, M.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Structural characterisation of TNRC6A nuclear localisation signal in complex with importin-alpha.
著者: Chaston, J.J. / Stewart, A.G. / Christie, M.

履歴

登録	2017年1月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5umz.cif.gz	196.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5umz.ent.gz	153.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5umz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/5umz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/5umz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1pjnS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5huw-d 5huy-d 5u5r-d 1pjn-d 4u5u-d 5w4e-d 3ul1-d 5u5p-d 1ejy-d 3zio-d 3uvu-d 3ukx-d 6bvt-d 6k06-d 3uky-d 3rz9-d 3zir-d 4mz6-d 3rzx-d 1pjm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (11) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (2) #99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (4) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (2)

登録構造単位

B: Importin subunit alpha-1

E: TNRC6A

D: TNRC6A

ヘテロ分子

58.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.791, 89.980, 99.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

As per the authors the biological assembly is a dimer, the second peptide bound is an artifact of the purification/crystallisation process

#1: タンパク質	Importin subunit alpha-1 / / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha 分子量: 55121.301 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 70-528 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド	TNRC6A / 分子量: 1502.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3UHK8*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: sodium citrate, Hepes 7.0, 10mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月4日
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→59.28 Å / Num. obs: 56250 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / R_pim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 19.8
反射シェル	R_pim(I) all: 0.377

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PJN

1pjn

解像度: 1.9→44.99 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 18.11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1816	2666	4.73 %
R_work	0.1516	-	-
obs	0.153	386273	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3342	0	24	406	3772

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	3572
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.244	4892
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.857	2230
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.095	590
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	629

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.2901	145	0.2577	3439	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9216-1.9442	0.2891	172	0.2411	3364	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9442-1.9679	0.2514	183	0.2319	3441	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9679-1.9928	0.2579	181	0.2236	3399	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9928-2.019	0.2514	168	0.2124	3420	X-RAY DIFFRACTION	100
2.019-2.0467	0.2724	142	0.19	3397	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0467-2.0759	0.2145	181	0.1788	3430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0759-2.1069	0.2375	195	0.1835	3343	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1069-2.1398	0.1952	178	0.1648	3430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1398-2.1749	0.2032	162	0.166	3405	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1749-2.2124	0.2157	166	0.1653	3410	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2124-2.2527	0.1578	147	0.1583	3469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2527-2.296	0.1866	153	0.1509	3436	X-RAY DIFFRACTION	100
2.296-2.3429	0.1651	211	0.144	3354	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3429-2.3938	0.1858	184	0.1475	3430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.4495	0.1863	153	0.1442	3377	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4495-2.5107	0.1845	151	0.1435	3422	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5107-2.5786	0.1993	186	0.1495	3402	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5786-2.6545	0.1825	164	0.1542	3419	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6545-2.7401	0.1791	160	0.1512	3419	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7401-2.8381	0.1756	180	0.1463	3411	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8381-2.9517	0.1812	145	0.1493	3417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9517-3.086	0.1731	160	0.157	3444	X-RAY DIFFRACTION	100
3.086-3.2486	0.18	177	0.1562	3408	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2486-3.4521	0.2166	170	0.1564	3425	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4521-3.7185	0.1769	170	0.1419	3404	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7185-4.0925	0.1614	195	0.127	3375	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0925-4.6842	0.138	178	0.117	3402	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6842-5.8995	0.139	162	0.1503	3406	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8995-45.0027	0.1898	159	0.1476	3407	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7435	0.5877	0.3878	0.2998	0.2656	0.3231	0.0958	0.0271	-0.1189	0.0404	-0.0032	0.0023	-0.0359	-0.0049	0.0021	0.1837	0.0133	0.0111	0.1733	-0.014	0.1727	39.3143	73.657	57.9052
2	0.2476	-0.0722	0.0662	0.0652	-0.0609	0.1545	0.2224	0.6646	-0.3555	-0.4237	0.1728	-0.2108	0.1963	0.4351	0.3429	0.4111	0.0277	0.1479	0.7171	-0.2433	0.3505	31.9632	49.5816	21.9152

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'B' and resid 72 through 409)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 410 through 497)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)