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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tnj | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory factor Cif containing the adducted 4-Vinyl-1-cyclohexene 1,2-epoxide hydrolysis intermediate | ||||||||||||||||||
要素 | CFTR inhibitory factor | ||||||||||||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / epoxide hydrolase / hydroxyalkyl-enzyme intermediate | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Hvorecny, K.L. / Madden, D.R. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2017 タイトル: Active-Site Flexibility and Substrate Specificity in a Bacterial Virulence Factor: Crystallographic Snapshots of an Epoxide Hydrolase. 著者: Hvorecny, K.L. / Bahl, C.D. / Kitamura, S. / Lee, K.S.S. / Hammock, B.D. / Morisseau, C. / Madden, D.R. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5tnj.cif.gz | 496.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5tnj.ent.gz | 407.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5tnj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tnj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5tndC 5tneC 5tnfC 5tngC 5tnhC 5tniC 5tnkC 5tnlC 5tnmC 5tnnC 5tnpC 5tnqC 5tnrC 5tnsC 3kd2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 34163.715 Da / 分子数: 4 / 変異: E153Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: A0A0M3KL26, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS |
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-非ポリマー , 5種, 1146分子
#2: 化合物 | ChemComp-AVH / ( | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-8MD / ( | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
非ポリマーの詳細 | Ligand AVH ((1R,2R,4R)-4-ethenylcyclohexane-1,2-diol) or 8MD ((1S,2S,4S)-4-ethenylcyclohexane-1,2- ...Ligand AVH ((1R,2R,4R)-4-ethenylcyclohexane-1,2-diol) or 8MD ((1S,2S,4S)-4-ethenylcyclohexane-1,2-diol ) covalently linked to the protein Cif-E153Q, via its C1 atom to OD1 on Asp129 of the protein chain A; In chain B, C and D, ligand BVH ((1R,2R,4S)-4-ethenylcyclohexane-1,2-diol) or DVH ((1S,2S,4R)-4-ethenylcyclohexane-1,2-diol) covalently linked to the protein Cif-E153Q, via its C6 atom to OD1 on Asp129 of the protein. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.19 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: sodium acetate, pH5 calcium chloride PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→19.905 Å / Num. obs: 145788 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.49 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 28.02 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 6.99 % / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 6.08 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3KD2 解像度: 1.65→19.905 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 15.28 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.905 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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