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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5i1g | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GERMLINE ANTIBODY IGHV3-53/IGKV3-11 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / MONOCLONAL ANTIBODY (モノクローナル抗体) | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T. / Luo, J. / Gilliland, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mabs / 年: 2016 タイトル: Structural diversity in a human antibody germline library. 著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T.J. / Luo, J. / Muzammil, S. / Sweet, R. / Almagro, J.C. / Gilliland, G.L. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2014 タイトル: Protein crystallization with microseed matrix screening: application to human germline antibody Fabs. 著者: Obmolova, G. / Malia, T.J. / Teplyakov, A. / Sweet, R.W. / Gilliland, G.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5i1g.cif.gz | 92.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5i1g.ent.gz | 73.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5i1g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/5i1g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/5i1g | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23421.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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#2: 抗体 | 分子量: 24239.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M NA ACETATE PH 4.5, 25% PEG 3350, 0.2 M LITHIUM SULFATE PH範囲: 4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月13日 / 詳細: VARIMAX HF |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 21683 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.4 % / Biso Wilson estimate: 37.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 36.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.37 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 68.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.3→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.862 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.765 / SU B: 12.796 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.485 / ESU R Free: 0.371
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
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拘束条件 |
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