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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fk4 | ||||||
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タイトル | SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is UU | ||||||
要素 | SAM-I RIBOSWITCH | ||||||
キーワード | RNA (リボ核酸) / KINK TURN / RNA MOTIF / SAM-I RIBOSWITCH | ||||||
機能・相同性 | : / S-アデノシルメチオニン / リボ核酸 / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, L. / Lilley, D.M.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016 タイトル: A Critical Base Pair in K-Turns Determines the Conformational Class Adopted, and Correlates with Biological Function. 著者: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5fk4.cif.gz | 118.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5fk4.ent.gz | 94.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5fk4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fk4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fk4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5fj0C 5fj1C 5fj4C 5fjcSC 5fk1C 5fk2C 5fk3C 5fk5C 5fk6C 5fkdC 5fkeC 5fkfC 5fkgC 5fkhC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 30200.092 Da / 分子数: 1 / 断片: SAM BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-93 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア) | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-SAM / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-BA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.55 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 40 MM NA-CACODYLATE (PH 7.0), 80 MM KCL, 50 MM BACL2, 12 MM SPERMINE-HCL, 12% (V/V) MPD. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.43→39.37 Å / Num. obs: 10550 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.9 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 51.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.43→2.49 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 5FJC 解像度: 2.43→39.37 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.01 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.48 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.43→39.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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