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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4l1e | ||||||
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タイトル | Crystal structure of C-Phycocyanin from Leptolyngbya sp. N62DM | ||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / alpha-beta dimer / light harvesting protein / thylakoid membrane (チラコイド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Leptolyngbya sp. N62DM (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å | ||||||
データ登録者 | Singh, N.K. / Raj, I. / Gourinath, S. / Madamwar, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: CNS Neurol Disord Drug Targets / 年: 2014 タイトル: Crystal Structure and Interaction of Phycocyanin with beta-Secretase: A Putative Therapy for Alzheimer's Disease. 著者: Singh, N.K. / Hasan, S.S. / Kumar, J. / Raj, I. / Pathan, A.A. / Parmar, A. / Shakil, S. / Gourinath, S. / Madamwar, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4l1e.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4l1e.ent.gz | 924.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4l1e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/4l1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/4l1e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2uumS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17602.820 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leptolyngbya sp. N62DM (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A067XG68*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 18080.496 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leptolyngbya sp. N62DM (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A067XG69*PLUS #3: 化合物 | ChemComp-CYC / #4: 化合物 | ChemComp-BLA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.24 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: PEG 2000, MgCl2.6H2O,Tris-Cl, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月10日 |
放射 | モノクロメーター: Cu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 61840 / % possible obs: 12.91 % / Observed criterion σ(F): 8.19 / Observed criterion σ(I): 11.08 / Biso Wilson estimate: 30.57 Å2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2UUM 解像度: 2.61→24.978 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.6 / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 29.94 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 139.8 Å2 / Biso mean: 33.1012 Å2 / Biso min: 18.01 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.61→24.978 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -36.9678 Å / Origin y: 24.8881 Å / Origin z: -27.5028 Å
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精密化 TLSグループ |
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