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- PDB-4iua: Crystal Structure of the NK2 Fragment (31-290) of the mouse Hepat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iua
タイトルCrystal Structure of the NK2 Fragment (31-290) of the mouse Hepatocyte Growth Factor/Scatter Factor
要素Hepatocyte growth factor肝細胞増殖因子
キーワードHORMONE (ホルモン) / HGF/SF (肝細胞増殖因子) / KRINGLE domain / GROWTH FACTOR (成長因子)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of neuron projection regeneration / MET Receptor Activation / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET interacts with TNS proteins / MET activates STAT3 / MET activates PI3K/AKT signaling / MET activates RAS signaling / MET activates PTPN11 / MET activates PTK2 signaling / MET activates RAP1 and RAC1 ...positive regulation of neuron projection regeneration / MET Receptor Activation / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET interacts with TNS proteins / MET activates STAT3 / MET activates PI3K/AKT signaling / MET activates RAS signaling / MET activates PTPN11 / MET activates PTK2 signaling / MET activates RAP1 and RAC1 / MET receptor recycling / Negative regulation of MET activity / RAF/MAP kinase cascade / regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of myelination / PIP3 activates AKT signaling / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / Platelet degranulation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / skeletal muscle cell proliferation / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / myoblast proliferation / positive regulation of DNA biosynthetic process / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / chemoattractant activity / negative regulation of interleukin-6 production / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / cell chemotaxis / liver development / epithelial cell proliferation / growth factor activity / cell morphogenesis / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / signaling receptor binding / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
肝細胞増殖因子 / Hepatocyte growth factor/Macrophage stimulatory protein / 肝細胞増殖因子 / 肝細胞増殖因子 / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / divergent subfamily of APPLE domains / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain ...肝細胞増殖因子 / Hepatocyte growth factor/Macrophage stimulatory protein / 肝細胞増殖因子 / 肝細胞増殖因子 / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / divergent subfamily of APPLE domains / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / 3-Layer(bba) Sandwich / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
肝細胞増殖因子
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Tolbert, W.D. / Zhou, E. / Kovach, A. / Melcher, K. / Xu, H.E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the NK2 Fragment of the mouse Hepatocyte Growth Factor/Scatter Factor
著者: Tolbert, W.D. / Zhou, E. / Kovach, A. / Melcher, K. / Xu, H.E.
履歴
登録2013年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatocyte growth factor
B: Hepatocyte growth factor
C: Hepatocyte growth factor
D: Hepatocyte growth factor
E: Hepatocyte growth factor
F: Hepatocyte growth factor
G: Hepatocyte growth factor
H: Hepatocyte growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,13933
ポリマ－243,3158
非ポリマー3,82425
水0
1
A: Hepatocyte growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8454
ポリマ－30,4141
非ポリマー4303
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hepatocyte growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1796
ポリマ－30,4141
非ポリマー7655
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Hepatocyte growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9874
ポリマ－30,4141
非ポリマー5733
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Hepatocyte growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9415
ポリマ－30,4141
非ポリマー5264
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Hepatocyte growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6532
ポリマ－30,4141
非ポリマー2381
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Hepatocyte growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9415
ポリマ－30,4141
非ポリマー5264
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Hepatocyte growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8454
ポリマ－30,4141
非ポリマー4303
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Hepatocyte growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7493
ポリマ－30,4141
非ポリマー3342
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
A: Hepatocyte growth factor
F: Hepatocyte growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7869
ポリマ－60,8292
非ポリマー9577
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area25180 Å2
手法PISA
10
B: Hepatocyte growth factor
C: Hepatocyte growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,16610
ポリマ－60,8292
非ポリマー1,3378
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area25720 Å2
手法PISA
11
D: Hepatocyte growth factor
H: Hepatocyte growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6908
ポリマ－60,8292
非ポリマー8616
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area24430 Å2
手法PISA
12
E: Hepatocyte growth factor
G: Hepatocyte growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4976
ポリマ－60,8292
非ポリマー6694
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area25900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.620, 127.328, 129.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Hepatocyte growth factor / 肝細胞増殖因子 / Hepatopoietin-A / Scatter factor / SF / Hepatocyte growth factor alpha chain / Hepatocyte growth ...Hepatopoietin-A / Scatter factor / SF / Hepatocyte growth factor alpha chain / Hepatocyte growth factor beta chain


分子量: 30414.326 Da / 分子数: 8 / 断片: NK2 fragment (UNP residues 31-290) / 変異: C215A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Hgf / プラスミド: PET-DUET1/MBP-TRX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ORIGAMI B(DE) / 参照: UniProt: Q08048
#2: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 200 mM ammonium sulfate, 18% PEG 4000, 200 mM HEPES pH 7.0, 5% 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, 0.5 mM beta-octyl glucoside, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月16日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→30 Å / Num. all: 57781 / Num. obs: 57775 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
3.05-3.165.90.7062.257171100
3.16-3.295.90.5342.957521100
3.29-3.435.90.3714.557711100
3.43-3.625.90.2527.457401100
3.62-3.845.90.18310.757601100
3.84-4.145.80.13814.557721100
4.14-4.555.80.11416.457891100
4.55-5.215.80.09319.557781100
5.21-6.555.70.08220.958101100
6.55-305.40.06424.55886199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
CNS精密化
PHENIXモデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
PHENIX位相決定
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HN4

3hn4


解像度: 3.05→29.775 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2452 5877 10.18 %RANDOM
Rwork0.1758 ---
obs0.1829 57732 99.5 %-
all-57781 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→29.775 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16403 0 225 0 16628
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00917160
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26623075
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1286540
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0862214
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063002
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.05-3.07250.34771650.28461497X-RAY DIFFRACTION86
3.0725-3.10860.34842150.26641665X-RAY DIFFRACTION100
3.1086-3.14650.34621960.26711759X-RAY DIFFRACTION100
3.1465-3.18630.35852180.26291745X-RAY DIFFRACTION100
3.1863-3.22810.32221950.25861684X-RAY DIFFRACTION100
3.2281-3.27230.34622010.25781727X-RAY DIFFRACTION100
3.2723-3.3190.36281830.25611754X-RAY DIFFRACTION100
3.319-3.36850.33461810.25741729X-RAY DIFFRACTION100
3.3685-3.4210.32572120.22421734X-RAY DIFFRACTION100
3.421-3.4770.28121840.2131715X-RAY DIFFRACTION100
3.477-3.53690.26561960.20191737X-RAY DIFFRACTION100
3.5369-3.60110.27781830.19121738X-RAY DIFFRACTION100
3.6011-3.67020.27811940.18311714X-RAY DIFFRACTION100
3.6702-3.7450.23912310.16981717X-RAY DIFFRACTION100
3.745-3.82630.23042060.16381731X-RAY DIFFRACTION100
3.8263-3.91510.241860.15761739X-RAY DIFFRACTION100
3.9151-4.01280.23241990.1531731X-RAY DIFFRACTION100
4.0128-4.1210.23282010.1621727X-RAY DIFFRACTION100
4.121-4.2420.24261870.16331759X-RAY DIFFRACTION100
4.242-4.37850.24061840.15451728X-RAY DIFFRACTION100
4.3785-4.53440.21041850.15281775X-RAY DIFFRACTION100
4.5344-4.71530.18212070.14461706X-RAY DIFFRACTION100
4.7153-4.9290.20711920.1431761X-RAY DIFFRACTION100
4.929-5.18760.20381980.14541740X-RAY DIFFRACTION100
5.1876-5.51070.21321830.14251761X-RAY DIFFRACTION100
5.5107-5.93310.19671970.13991722X-RAY DIFFRACTION100
5.9331-6.52450.22241760.15651776X-RAY DIFFRACTION100
6.5245-7.45560.26482170.16241729X-RAY DIFFRACTION100
7.4556-9.34480.21211980.1571783X-RAY DIFFRACTION100
9.3448-29.77630.22462070.191772X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.63130.3928-0.00952.87452.03922.25110.0691-0.1824-0.08810.41090.302-0.59850.40470.531-0.25810.17690.1002-0.0680.31810.03970.3029120.6576.24222.8691
20.3233-0.01580.09711.95631.71552.77870.01690.30090.2813-0.2066-0.31810.4685-0.2225-0.54910.21340.1463-0.0258-0.05480.19490.06780.472179.14917.4309-7.8692
32.22270.2929-0.03843.62980.76431.54610.1482-0.01750.13610.558-0.25660.81230.0783-0.32050.10580.2558-0.04190.09620.14180.03420.310776.1327-9.4912-4.4128
41.7381-0.47131.01812.8771-0.8483.12090.09060.3367-0.0266-0.4668-0.2579-0.66530.32980.47570.11410.2690.00640.09550.38790.0440.3462135.065412.198657.0363
52.18310.17070.26581.1628-0.75823.87660.1695-0.3023-0.04780.14460.13750.32430.6889-1.0622-0.2410.4651-0.14340.01550.50590.06320.250290.815218.936540.8447
62.66110.1308-0.90552.05240.94624.02550.11850.22420.2111-0.13240.2062-0.4249-0.36250.9221-0.22130.2336-0.08570.03010.43080.0790.2317123.762310.3482-24.098
71.48151.34410.70841.7262-0.25291.9870.1037-0.47260.47810.26410.14930.51480.0877-0.841-0.21620.3659-0.06140.07620.95320.07950.393593.753922.899267.5726
82.51720.10740.24263.6845-1.03071.7389-0.0516-0.0490.40380.4011-0.1874-1.0078-0.06610.22440.22970.3479-0.0655-0.08170.3516-0.04450.5625137.754138.86161.557
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 37 through 290 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 37 through 290 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 37 through 290 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 37 through 290 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 37 through 290 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 37 through 290 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and (resid 38 through 290 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 39 through 290 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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