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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fwb | |||||||||
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タイトル | Structure of Rhodococcus rhodochrous haloalkane dehalogenase mutant DhaA31 in complex with 1, 2, 3 - trichloropropane | |||||||||
要素 | Haloalkane dehalogenase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / catalytic pentad / Structural Genomics / Enzyme Function Initiative / alpha/beta Hydrolase Fold / Halide Binding / hydrolytic dehalogenation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Rhodococcus rhodochrous (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å | |||||||||
データ登録者 | Lahoda, M. / Stsiapanava, A. / Mesters, J. / Kuta Smatanova, I. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014 タイトル: Crystallographic analysis of 1,2,3-trichloropropane biodegradation by the haloalkane dehalogenase DhaA31. 著者: Lahoda, M. / Mesters, J.R. / Stsiapanava, A. / Chaloupkova, R. / Kuty, M. / Damborsky, J. / Kuta Smatanova, I. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4fwb.cif.gz | 140.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4fwb.ent.gz | 107 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4fwb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4fwb_validation.pdf.gz | 443.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4fwb_full_validation.pdf.gz | 448.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4fwb_validation.xml.gz | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4fwb_validation.cif.gz | 26.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/4fwb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/4fwb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33336.996 Da / 分子数: 1 / 変異: I135F,C176Y,V245F,L246I,Y273F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodococcus rhodochrous (バクテリア) 株: NCIB 13064 / 遺伝子: dhaA, DhaA31 / プラスミド: pAQN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A3G2, haloalkane dehalogenase | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-3KP / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 100 mM MES sodium salt, 29% (w/v) peg 4000; 1,2,3-trichloropropane was added at room temperature, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月25日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.26→10 Å / Num. all: 176338 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 14.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rsym value: 0.033 |
反射 シェル | 解像度: 1.26→1.27 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Mean I/σ(I) obs: 17.6 / Rsym value: 0.061 / % possible all: 82.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3fbw 解像度: 1.26→10 Å Isotropic thermal model: mixed isotropic and anisotropic thermal model 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): -999 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: conjugate gradient least squares refinement in SHELXL 97 with anisotropic adps for all atoms except for water molecules above a certain adp cut off
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原子変位パラメータ | Biso mean: 11.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.12 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Num. disordered residues: 26 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.26→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 1.26 Å |