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万見
- PDB-4e5v: Crystal structure of a Putative thua-like protein (PARMER_02418) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e5v
タイトルCrystal structure of a Putative thua-like protein (PARMER_02418) from Parabacteroides merdae ATCC 43184 at 1.75 A resolution
要素Putative thua-like protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Thua-like proteins / trehalose utilisation / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性ThuA-like domain / Trehalose utilisation / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / ThuA domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Parabacteroides merdae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a Putative thua-like protein (PARMER_02418) from Parabacteroides merdae ATCC 43184 at 1.75 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2012年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative thua-like protein
B: Putative thua-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,99420
ポリマ－63,8702
非ポリマー1,12418
水11,548641
1
A: Putative thua-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4359
ポリマ－31,9351
非ポリマー5008
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative thua-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,55911
ポリマ－31,9351
非ポリマー62410
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.590, 95.370, 70.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Putative thua-like protein


分子量: 31935.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Parabacteroides merdae (バクテリア)
株: ATCC 43184 / 遺伝子: PARMER_02418 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: A7AG74
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 641 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 25-304 OF THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.96 %
解説: DATA WERE SCALED USING XSCALE WITH FRIEDEL PAIRS KEPT AS SEPARATE WHEN COMPUTING R-SYM, COMPLETENESS AND
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20.00% polyethylene glycol 3350, 0.200M ammonium fluoride, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837, 0.97941, 0.97882
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月7日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979411
30.978821
反射解像度: 1.75→29.832 Å / Num. obs: 51578 / % possible obs: 81.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 15.741 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 7.24
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.75-1.810.366210084849080.3
1.81-1.890.2662.711248948379
1.89-1.970.2013.59177779276.2
1.97-2.070.1534.210455887683.6
2.07-2.20.1125.510858921883.3
2.2-2.370.0866.710690909181.9
2.37-2.610.0737.810276877979.5
2.61-2.990.0549.911107948785.5
2.99-3.760.0411310072867279.4
3.760.03116.210932935484.4

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
XSCALEDecember 6, 2010データスケーリング
BUSTER-TNT2.10.0精密化
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→29.832 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9568 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9436 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION ...詳細: 1. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. 1,2 ETHANEDIOL (EDO) FROM THE CRYOPROTECTANT AND FROM THE CRYSTALLIZATION CONDITION HAVE BEEN MODELED IN THE SOLVENT STRUCTURE. 4. ZINC IONS ARE MODELED IN THE STRUCTURE. THE ASSIGNMENT OF ZINC IS SUPPORTED BY COORDINATION GEOMETRY, ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIER MAPS AND X-RAY FLUORESCENCE SCANS (WHICH SHOWED A PEAK FOR ZINC). ZINC WAS NOT ADDED DURING CRYSTALLIZATION OR PURIFICATION AND CO-PURIFIED WITH THE PROTEIN. 5. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT REPRESENTATION (-AUTONCS). 6. THE MAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.174 2597 5.04 %RANDOM
Rwork0.1478 ---
obs0.1491 51539 92.81 %-
原子変位パラメータBiso max: 96.46 Å2 / Biso mean: 18.5614 Å2 / Biso min: 5.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1389 Å20 Å2-0.0834 Å2
2---3.7032 Å20 Å2
3---3.8421 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.164 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.832 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4429 0 66 641 5136
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2192SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes134HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes720HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4764HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion579SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6035SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4764HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6470HARMONIC20.98
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.49
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.65
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2113 181 4.62 %
Rwork0.1959 3734 -
all0.1966 3915 -
obs--92.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4776-0.01750.15670.4795-0.27920.56830.0152-0.06-0.05150.04820.03530.03590.0126-0.0624-0.0505-0.02770.00330.0131-0.01560.0169-0.0124-3.89716.636573.4464
20.49060.0057-0.00010.3636-0.2580.5333-0.0076-0.01270.0240.0450.0128-0.0039-0.0474-0.0193-0.0052-0.02480.00240.0062-0.0202-0.0003-0.01292.341818.528964.3692
30.24530.0006-0.06240.4163-0.27451.06320.00740.01950.0157-0.03270.0248-0.003-0.0492-0.0481-0.0322-0.0296-0.00460.0047-0.02210.0077-0.01559.5839.559226.9054
40.21430.0675-0.18870.508-0.2870.69520.0073-0.01930.00270.02260.03230.0166-0.0401-0.0845-0.0397-0.0364-0.00080.0002-0.01320.0074-0.00882.905934.823541.0722
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|25 - 157}A25 - 157
2X-RAY DIFFRACTION2{A|158 - 304}A158 - 304
3X-RAY DIFFRACTION3{B|26 - 157}B26 - 157
4X-RAY DIFFRACTION4{B|158 - 304}B158 - 304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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