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万見
- PDB-3pee: Structure of the C. difficile TcdB cysteine protease domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pee
タイトルStructure of the C. difficile TcdB cysteine protease domain
要素Toxin B
キーワードTOXIN / Clan CD cysteine protease / protease / inositol hexakisphosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region ...host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
MARTX cysteine protease (CPD) domain / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family ...MARTX cysteine protease (CPD) domain / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / Toxin B
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lupardus, P.J. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Defining an allosteric circuit in the cysteine protease domain of Clostridium difficile toxins.
著者: Shen, A. / Lupardus, P.J. / Gersch, M.M. / Puri, A.W. / Albrow, V.E. / Garcia, K.C. / Bogyo, M.
履歴
登録2010年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22011年8月31日Group: Database references
改定 1.32020年10月14日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_conn_angle ...chem_comp / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Toxin B
A: Toxin B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1695
ポリマ－57,8092
非ポリマー1,3603
水3,927218
1
A: Toxin B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5642
ポリマ－28,9041
非ポリマー6601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Toxin B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6053
ポリマ－28,9041
非ポリマー7002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.110, 45.710, 87.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-289-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25
16
26
17
27
18
28

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and resseq 19:44
211chain B and resseq 19:44
112chain A and resseq 89:159
212chain B and resseq 89:159
113chain A and resseq 78:85
213chain B and resseq 78:85
114chain A and resseq 167:197
214chain B and resseq 167:197
115chain A and resseq 202:212
215chain B and resseq 202:212
116chain A and resseq 219:236
216chain B and resseq 219:236
117chain A and resseq 246:254
217chain B and resseq 246:254
118chain A and resseq 50:76
218chain B and resseq 50:76

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8

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要素

#1: タンパク質 Toxin B


分子量: 28904.412 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 544-797 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: CD0660, tcdB / プラスミド: pet22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q189K3
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris HCl pH 8.0, 30% PEG2000MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 28295 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 36.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.22 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3HO6

3ho6


解像度: 2.1→39.657 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2403 1337 5.08 %RANDOM
Rwork0.1917 ---
obs0.1941 26305 90.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.829 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.3059 Å20 Å20.486 Å2
2--0.6163 Å2-0 Å2
3---3.6896 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.657 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3854 0 73 218 4145
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083993
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3085413
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.21516
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081608
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004679
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A203X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B203X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.04
21A546X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B546X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.062
31A57X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32B57X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.029
41A236X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42B236X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.042
51A93X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52B93X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.042
61A146X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
62B146X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.044
71A47X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
72B47X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.1
81A214X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
82B214X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.17820.31281460.2571999X-RAY DIFFRACTION74
2.1782-2.26540.34291150.24712184X-RAY DIFFRACTION81
2.2654-2.36850.30031080.23912274X-RAY DIFFRACTION84
2.3685-2.49330.28971230.23422420X-RAY DIFFRACTION88
2.4933-2.64950.30721390.22772498X-RAY DIFFRACTION92
2.6495-2.8540.30751320.2312620X-RAY DIFFRACTION95
2.854-3.14120.27251470.22272626X-RAY DIFFRACTION97
3.1412-3.59540.21411410.18292747X-RAY DIFFRACTION99
3.5954-4.52880.20431450.14082754X-RAY DIFFRACTION99
4.5288-39.66360.17291410.16432846X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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