PDB-2y61: Crystal structure of Leishmanial E65Q-TIM complexed with S-Glycid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y61

タイトル

Crystal structure of Leishmanial E65Q-TIM complexed with S-Glycidol phosphate

要素

TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE SYNONYM TRIOSE-PHOSPHATE ISOMERASE, TIM

キーワード

ISOMERASE / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / TRANSITION STATE ANALOGUE / GLYCOLYSIS / PENTOSE SHUNT / GLUCONEOGENESIS / ENZYME-LIGAND COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosome / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

LEISHMANIA MEXICANA (メキシコリーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.99 Å

データ登録者

Venkatesan, R. / Alahuhta, M. / Pihko, P.M. / Wierenga, R.K.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: High resolution crystal structures of triosephosphate isomerase complexed with its suicide inhibitors: the conformational flexibility of the catalytic glutamate in its closed, liganded active site.
著者: Venkatesan, R. / Alahuhta, M. / Pihko, P.M. / Wierenga, R.K.

履歴

登録	2011年1月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2019年1月30日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Experimental preparation / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / diffrn_source / entity / exptl_crystal_grow Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_mutation / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.1	2019年5月22日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: refine / struct_conn Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.2	2019年7月10日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.3	2019年7月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.5	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y61.cif.gz	132.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y61.ent.gz	102.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y61.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/2y61 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/2y61	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2y62C 2y63C 1n55S 1amk 1if2 1qds 2vxn S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1nf0-d 5i3g-1 4gnj-2 4jeq-1 5i3g-2 1tcd-d 6nxw-1 1ci1-d 2i9e-2 5ujw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE SYNONYM TRIOSE-PHOSPHATE ISOMERASE, TIM

ヘテロ分子

27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE SYNONYM TRIOSE-PHOSPHATE ISOMERASE, TIM

ヘテロ分子

A: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE SYNONYM TRIOSE-PHOSPHATE ISOMERASE, TIM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.140, 52.470, 58.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.85, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2253- GOL
2	1	A-3018- HOH
3	1	A-3416- HOH

#1: タンパク質	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE SYNONYM TRIOSE-PHOSPHATE ISOMERASE, TIM 分子量: 27208.236 Da / 分子数: 1 / 変異: E65Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) LEISHMANIA MEXICANA (メキシコリーシュマニア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P48499, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物	ChemComp-1GP / SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル1-りん酸分子量: 172.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉O₆P
#3: 化合物	ChemComp-G3P / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル3-りん酸分子量: 172.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉O₆P
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 66 TO GLN
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	1G3P, GOP: MICROHETEROGENEITY OBSERVED. S-GLYCIDOL PHOSPHATE BECAME GLYCEROL PHOSPHATE ESTER WITH ...1G3P, GOP: MICROHETEROGENEITY OBSERVED. S-GLYCIDOL PHOSPHATE BECAME GLYCEROL PHOSPHATE ESTER WITH THE SIDECHAIN OXYGEN OF GLU1167.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 0.48 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 21% PEG6000, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5-5.5, 1MM DTT, 1MM EDTA, 1MM NAN3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.8997
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8997 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.99→10 Å / Num. obs: 140160 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 21.4
反射シェル	解像度: 0.99→1.02 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
SHELXL-97	精密化
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
MOLREP	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N55

1n55

解像度: 0.99→10 Å / Num. parameters: 22147 / Num. restraintsaints: 27895 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1247	7003	5 %	RANDOM
obs	0.1057	-	97.7 %	-
all	-	133049	-	-

Refine analyze

Occupancy sum hydrogen: 1941.65 / Occupancy sum non hydrogen: 2322.88

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.99→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1900	0	30	417	2347

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	s_bond_d	0.017
X-RAY DIFFRACTION	s_angle_d	0.034
X-RAY DIFFRACTION	s_similar_dist	0
X-RAY DIFFRACTION	s_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTION	s_zero_chiral_vol	0.102
X-RAY DIFFRACTION	s_non_zero_chiral_vol	0.105
X-RAY DIFFRACTION	s_anti_bump_dis_restr	0.096
X-RAY DIFFRACTION	s_rigid_bond_adp_cmpnt	0.006
X-RAY DIFFRACTION	s_similar_adp_cmpnt	0.037
X-RAY DIFFRACTION	s_approx_iso_adps	0.089

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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