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- PDB-1ci1: CRYSTAL STRUCTURE OF TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE FROM TRYPANOSOMA C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ci1
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE FROM TRYPANOSOMA CRUZI IN HEXANE
要素PROTEIN (TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE)
キーワードTRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE / TRYPANOSOMA CRUZI / ORGANIC SOLVENT / HEXANE / OLIGOMERIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosome / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / glycolytic process / gluconeogenesis / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE / Triosephosphate isomerase, glycosomal
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 2 Å
データ登録者Gao, X.-G. / Maldondo, E. / Perez-Montfort, R. / De Gomez-Puyou, M.T. / Gomez-Puyou, A. / Rodriguez-Romero, A.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of triosephosphate isomerase from Trypanosoma cruzi in hexane.
著者: Gao, X.G. / Maldonado, E. / Perez-Montfort, R. / Garza-Ramos, G. / de Gomez-Puyou, M.T. / Gomez-Puyou, A. / Rodriguez-Romero, A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Differences in the intersubunit contacts in triosephosphate isomerase from two closely related pathogenic trypanosomes.
著者: Maldonado, E. / Soriano-Garcia, M. / Moreno, A. / Cabrera, N. / Garza-Ramos, G. / de Gomez-Puyou, M. / Gomez-Puyou, A. / Perez-Montfort, R.
履歴
登録1999年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE)
B: PROTEIN (TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9795
ポリマ－54,7212
非ポリマー2593
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)43.656, 77.650, 149.211
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE) / TIM


分子量: 27360.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
株: MEXICAN NINOA STRAIN / プラスミド: PET23A / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL23(DE3) / 参照: UniProt: P52270, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-HEX / HEXANE


分子量: 86.175 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE FIRST 3 N-TERMINAL RESIDUE WERE NOT BUILT INTO THE MODEL A AS THEY WERE NOT SEEEN IN THE ...THE FIRST 3 N-TERMINAL RESIDUE WERE NOT BUILT INTO THE MODEL A AS THEY WERE NOT SEEEN IN THE DENSITY MAPS THE FIRST 2 N-TERMINAL RESIDUE WERE NOT BUILT INTO THE MODEL B AS THEY WERE NOT SEEN IN THE DENSITY MAPS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED AT ROOM TEMPERATUTE BY VAPER DIFFUSION FROM 0.1 M NA HEPES PH7.5, 2%(V/V) PEG400 AND 2.0 M AMMONIUM SULFATE, THEN SOAKED IN ANHYDROUS N-HEXANE. , VAPOR DIFFUSION
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 MHEPES1reservoir
22 %(v/v)PEG4001reservoir
32.0 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月21日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→25 Å / Num. obs: 31766 / % possible obs: 84.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 18.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 4.64
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 65.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 172135

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851(ONLINE)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: PDB ENTRY 1TCD

1tcd


解像度: 2→5 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 2696 10 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs-26956 82.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3818 0 18 236 4072
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.64
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.561.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.212
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it32
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.582.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 350 9.9 %
Rwork0.309 3197 -
obs--65.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM.HEXTOP.HEX
X-RAY DIFFRACTION3TOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 5 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.181
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 25.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.64
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.358 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor Rwork: 0.309

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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