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- PDB-3q37: Identification of Amino Acids that Account for Long-Range Interac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q37
タイトルIdentification of Amino Acids that Account for Long-Range Interactions in Proteins Using Two Triosephosphate Isomerases from Pathogenic Trypanosomes.
要素TIM from Trypanosoma cruzi/ TIM from Trypanosoma brucei brucei chimera protein
キーワードISOMERASE / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosome / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Triosephosphate isomerase, glycosomal / Triosephosphate isomerase, glycosomal
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Garcia-Torres, I. / Cabrera, N. / Torres-Larios, A. / Rodriguez-Bolanos, M. / Gomez-Puyou, A. / Perez-Montfort, R.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Identification of amino acids that account for long-range interactions in two triosephosphate isomerases from pathogenic trypanosomes.
著者: Garcia-Torres, I. / Cabrera, N. / Torres-Larios, A. / Rodriguez-Bolanos, M. / Diaz-Mazariegos, S. / Gomez-Puyou, A. / Perez-Montfort, R.
履歴
登録2010年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TIM from Trypanosoma cruzi/ TIM from Trypanosoma brucei brucei chimera protein
B: TIM from Trypanosoma cruzi/ TIM from Trypanosoma brucei brucei chimera protein
C: TIM from Trypanosoma cruzi/ TIM from Trypanosoma brucei brucei chimera protein
D: TIM from Trypanosoma cruzi/ TIM from Trypanosoma brucei brucei chimera protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,2894
ポリマ－109,2894
非ポリマー00
水17,781987
1
A: TIM from Trypanosoma cruzi/ TIM from Trypanosoma brucei brucei chimera protein
B: TIM from Trypanosoma cruzi/ TIM from Trypanosoma brucei brucei chimera protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6442
ポリマ－54,6442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19010 Å2
手法PISA
2
C: TIM from Trypanosoma cruzi/ TIM from Trypanosoma brucei brucei chimera protein
D: TIM from Trypanosoma cruzi/ TIM from Trypanosoma brucei brucei chimera protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6442
ポリマ－54,6442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.594, 77.258, 85.387
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
TIM from Trypanosoma cruzi/ TIM from Trypanosoma brucei brucei chimera protein / TIM / Triose-phosphate isomerase


分子量: 27322.244 Da / 分子数: 4
断片: UNP P04789 residues 2-35 and 92-119, UNP P52270 residues 35-92 and 121-251
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ), (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: TIM / プラスミド: pET3b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: P04789, UniProt: P52270, triose-phosphate isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 987 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 Sodium malonate, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Kohzu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→54.31 Å / Num. all: 107171 / Num. obs: 107171 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 13.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
1.65-1.732.90.3383.9139030.27582.4
1.74-1.833.10.2375.3151950.19494.6
1.84-1.963.10.1717.1143920.1495.1
1.97-2.123.10.1219.6133650.09994.9
2.13-2.323.20.09711.3122440.0894.4
2.33-2.63.20.0812.6110250.06694
2.61-33.20.07114.796680.05993.2
3.01-3.683.30.06918.780580.05891.6
3.69-5.213.30.06120.861320.05189.9
5.223.40.05218.831890.04383.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TCD

1tcd


解像度: 1.65→41.75 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2204 5412 -random
Rwork0.1889 ---
all0.1905 116767 --
obs0.1905 107157 91.77 %-
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→41.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7540 0 0 987 8527
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.005
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.65-1.70.30734660.2546X-RAY DIFFRACTION843177
1.7-1.770.2745600.2307X-RAY DIFFRACTION1034093
1.77-1.850.24095870.1949X-RAY DIFFRACTION1047695
1.85-1.950.245450.1818X-RAY DIFFRACTION1048895
1.95-2.070.21465360.1791X-RAY DIFFRACTION1048995
2.07-2.230.20975710.1802X-RAY DIFFRACTION1047295
2.23-2.460.21065180.173X-RAY DIFFRACTION1048994
2.46-2.820.2075130.1803X-RAY DIFFRACTION1048994
2.82-3.550.21635740.1896X-RAY DIFFRACTION1039892
3.55-41.760.2045420.1908X-RAY DIFFRACTION1026688

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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