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万見
- PDB-4mva: 1.43 Angstrom Resolution Crystal Structure of Triosephosphate Iso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mva
タイトル1.43 Angstrom Resolution Crystal Structure of Triosephosphate Isomerase (tpiA) from Escherichia coli in Complex with Acetyl Phosphate.
要素Triosephosphate isomerase
キーワードISOMERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM beta/alpha barrel / triose-phosphate isomerase activity
機能・相同性Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / ACETYLPHOSPHATE / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Minasov, G. / Kuhn, M.L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Shuvalova, L. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural, kinetic and proteomic characterization of acetyl phosphate-dependent bacterial protein acetylation.
著者: Kuhn, M.L. / Zemaitaitis, B. / Hu, L.I. / Sahu, A. / Sorensen, D. / Minasov, G. / Lima, B.P. / Scholle, M. / Mrksich, M. / Anderson, W.F. / Gibson, B.W. / Schilling, B. / Wolfe, A.J.
履歴
登録2013年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月30日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase
B: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1369
ポリマ－59,4952
非ポリマー6417
水15,079837
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4920 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.535, 67.529, 150.336
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Triosephosphate isomerase / TIM / Triose-phosphate isomerase


分子量: 29747.729 Da / 分子数: 2 / 断片: Triosephosphate Isomerase (tpiA) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 substr. MG1655 / 遺伝子: BWG_3588, tpiA / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: C5A086, triose-phosphate isomerase

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非ポリマー , 6種, 844分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-UVW / ACETYLPHOSPHATE / アセチルりん酸


分子量: 140.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5O5P
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 837 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.04 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein: 7.4mg/mL, 0.15M Sodium cloride, 0.01M Tris-HCl pH 8.3; Screen: Classics II (F11), 0.2M Sodium chloride, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3350, 10mM ACP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月3日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→30 Å / Num. all: 88659 / Num. obs: 88659 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 1.43→1.45 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.534 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 4416 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0046精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TRE

1tre


解像度: 1.43→29.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 1.842 / SU ML: 0.037
Isotropic thermal model: Thermal Factors Isotropically Individually Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15614 4433 5 %RANDOM
Rwork0.13456 ---
all0.13567 83946 --
obs0.13567 83946 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.023 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å2-0 Å2
2--0.66 Å2-0 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43→29.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3780 0 37 837 4654
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194429
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024304
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4711.9566035
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76239947
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5885616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.62325.543184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.70115779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.2421520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.025319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.02961
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2611.212344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2581.2082343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0431.8093000
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0441.8113001
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0841.4562085
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0841.4562085
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1292.0823036
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.98812.8965831
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.38410.665178
LS精密化 シェル解像度: 1.43→1.467 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 326 -
Rwork0.192 6138 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.29280.2313-0.09670.58390.0440.2895-0.0038-0.0404-0.00630.01860.0180.01150.04770.0026-0.01420.01750.0027-0.00950.01710.00060.01442.1178-22.751717.8125
20.6055-0.1188-0.18560.66080.07540.7388-0.0045-0.0574-0.0720.06850.02930.01580.1525-0.0278-0.02480.0541-0.0051-0.00370.00980.01170.0158-0.7196-35.876423.8375
30.50840.1259-0.06230.73930.18410.3143-0.0008-0.03080.0211-0.03940.04580.0024-0.01680.0383-0.0450.00970.00090.00140.0111-0.00670.011714.46-2.860814.5349
41.0619-0.25770.48570.88040.07150.7399-0.0475-0.05180.11230.0180.0463-0.0826-0.13110.10150.00130.0485-0.01490.0170.0409-0.01960.055322.18269.053218.617
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 142
2X-RAY DIFFRACTION2A143 - 254
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 142
4X-RAY DIFFRACTION4B143 - 255

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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