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- PDB-5flk: Structure of haloalkane dehalogenase variant DhaA101 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5flk
タイトルStructure of haloalkane dehalogenase variant DhaA101
要素DHAA101
キーワードHYDROLASE / HALOALKANE DEHALOGENASE / ALPHA/BETA-HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance / membrane
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / : / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOCOCCUS RHODOCHROUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.99 Å
データ登録者Chaloupkova, R. / Waterman, J. / Damborsky, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Evolutionary Analysis is a Powerful Complement to Energy Calculations Allowing Entropy-Driven Stabilization
著者: Beerens, K. / Mazurenko, S. / Kunka, A. / Marques, S.M. / Hansen, N. / Musil, M. / Chaloupkova, R. / Waterman, J. / Brezovsky, J. / Bednar, D. / Prokop, Z. / Damborsky, J.
履歴
登録2015年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DHAA101
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6414
ポリマ－34,2341
非ポリマー4073
水5,693316
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.660, 44.400, 46.260
Angle α, β, γ (deg.)115.26, 97.59, 109.52
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 DHAA101


分子量: 34234.008 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RHODOCOCCUS RHODOCHROUS (バクテリア)
株: NCIMB13064 / プラスミド: PET21B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A3G2, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1 M MES/IMIDAZOLE PH 6.5, 10% (W/V) PEG 20000, 20% (V/V) PEG MME 500, 0.2 M DL-GLUTAMATIC ACID MONOHYDRATE, 0.02M DL-ALANINE, 0.02M GLYCINE, 0.02M DL-LYSINE ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1 M MES/IMIDAZOLE PH 6.5, 10% (W/V) PEG 20000, 20% (V/V) PEG MME 500, 0.2 M DL-GLUTAMATIC ACID MONOHYDRATE, 0.02M DL-ALANINE, 0.02M GLYCINE, 0.02M DL-LYSINE MONOHYDROCHLORIDE AND 0.02M DL-SERINE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.99→39.61 Å / Num. obs: 107099 / % possible obs: 70.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 0.99→1.02 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 6.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4E46

4e46


解像度: 0.99→39.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 0.575 / SU ML: 0.013 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12973 5283 4.9 %RANDOM
Rwork0.11405 ---
obs0.11483 101816 70.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.438 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20.32 Å20.41 Å2
2---0.15 Å20.21 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.99→39.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2357 0 26 316 2699
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0192689
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022546
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1771.973715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.21235922
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0035352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.55523.333135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.01115427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.151522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213040
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02626
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2811.091236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0691.0861235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6741.6491560
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8861.3681453
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3481.9642126
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.75635235
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free28.241559
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.25755377
LS精密化 シェル解像度: 0.99→1.016 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 32 -
Rwork0.317 704 -
obs--6.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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