+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6qro | |||||||||
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Title | Crystal structure of Tannerella forsythia glutaminyl cyclase | |||||||||
Components | Glutamine cyclotransferase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / pyroglutamate formation / Glutaminyl-peptide cyclotransferase / globular alpha/beta-hydrolase fold / Zinc ion | |||||||||
Function / homology | Function and homology information metalloexopeptidase activity / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases) / acyltransferase activity Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Tannerella forsythia (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.1 Å | |||||||||
Authors | Linnert, M. / Piechotta, A. / Parthier, C. / Taudte, N. / Kolenko, P. / Rahfeld, J. / Potempa, J. / Stubbs, M.T. | |||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2021 Title: Mammalian-like type II glutaminyl cyclases in Porphyromonas gingivalis and other oral pathogenic bacteria as targets for treatment of periodontitis. Authors: Taudte, N. / Linnert, M. / Rahfeld, J.U. / Piechotta, A. / Ramsbeck, D. / Buchholz, M. / Kolenko, P. / Parthier, C. / Houston, J.A. / Veillard, F. / Eick, S. / Potempa, J. / Schilling, S. / ...Authors: Taudte, N. / Linnert, M. / Rahfeld, J.U. / Piechotta, A. / Ramsbeck, D. / Buchholz, M. / Kolenko, P. / Parthier, C. / Houston, J.A. / Veillard, F. / Eick, S. / Potempa, J. / Schilling, S. / Demuth, H.U. / Stubbs, M.T. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6qro.cif.gz | 252.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6qro.ent.gz | 199.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6qro.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6qro_validation.pdf.gz | 468.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6qro_full_validation.pdf.gz | 482.3 KB | Display | |
Data in XML | 6qro_validation.xml.gz | 47.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6qro_validation.cif.gz | 67.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/6qro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/6qro | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6qqlC 2afmS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 44 - 334 / Label seq-ID: 27 - 317
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-Components
#1: Protein | Mass: 35541.246 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: H333EK Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Tannerella forsythia (strain ATCC 43037 / JCM 10827 / FDC 338) (bacteria) Strain: ATCC 43037 / JCM 10827 / FDC 338 / Gene: BFO_1693 / Plasmid: pET28a(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Variant (production host): Rosetta(DE3)pLysS References: UniProt: G8UMP8, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases) #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.47 Å3/Da / Density % sol: 50.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 288.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 / Details: sodium acetate, ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Sep 21, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→43.92 Å / Num. obs: 76211 / % possible obs: 96 % / Redundancy: 3.592 % / Biso Wilson estimate: 23.251 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rrim(I) all: 0.147 / Χ2: 0.916 / Net I/σ(I): 10.15 / Num. measured all: 273764 / Scaling rejects: 131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2AFM Resolution: 2.1→43.92 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2.04 / Phase error: 18.97 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 39.02 Å2 / Biso mean: 16.6025 Å2 / Biso min: 5.63 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→43.92 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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