PDB-7cje: Structural and kinetic characterization of Porphyromonas gingival...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cje

タイトル

Structural and kinetic characterization of Porphyromonas gingivalis glutaminyl cyclase

要素

Glutamine cyclotransferase-related protein

キーワード

ANTIBIOTIC / glutaminyl cyclase / pyroglutamate / prophyromonas gingivalis

機能・相同性

Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like / glutaminyl-peptide cyclotransferase activity / Peptidase M28 / Peptidase family M28 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / zinc ion binding / Glutamine cyclotransferase-related protein

機能・相同性情報

生物種

Porphyromonas gingivalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.950006936 Å

データ登録者

Ruiz-Carrillo, D. / Lamers, S. / Feng, Q. / Yu, S. / Sun, B. / Jiang, J. / Lukman, M.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural and kinetic characterization of Porphyromonas gingivalis glutaminyl cyclase.
著者: Lamers, S. / Feng, Q. / Cheng, Y. / Yu, S. / Sun, B. / Lukman, M. / Jiang, J. / Ruiz-Carrillo, D.

履歴

登録	2020年7月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cje.cif.gz	297.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cje.ent.gz	201 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cje.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/7cje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/7cje	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7cjgC 3guxS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7cjg-1 6qql-1 7ble-2 6qql-2 5yby-d 1wpr-1 6qro-2 6qro-3 2iip-2 4aw9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (2) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (2)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
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#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamine cyclotransferase-related protein

C: Glutamine cyclotransferase-related protein

ヘテロ分子

73.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamine cyclotransferase-related protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
36.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Glutamine cyclotransferase-related protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.800, 90.800, 164.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	(chain 'A' and (resid 41 through 53 or resid 56...	A	A	41 - 53	41 - 53
1	2	GLN	GLN	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 41 through 53 or resid 56...	A	A	56 - 94	56 - 94
1	3	ALA	ALA	THR	THR	(chain 'A' and (resid 41 through 53 or resid 56...	A	A	96 - 100	96 - 100
1	4	LEU	LEU	VAL	VAL	(chain 'A' and (resid 41 through 53 or resid 56...	A	A	102 - 328	102 - 328
2	1	ALA	ALA	VAL	VAL	(chain 'C' and (resid 41 through 53 or resid 56...	C	B	41 - 53	41 - 53
2	2	GLN	GLN	ILE	ILE	(chain 'C' and (resid 41 through 53 or resid 56...	C	B	56 - 94	56 - 94
2	3	ALA	ALA	THR	THR	(chain 'C' and (resid 41 through 53 or resid 56...	C	B	96 - 100	96 - 100
2	4	LEU	LEU	VAL	VAL	(chain 'C' and (resid 41 through 53 or resid 56...	C	B	102 - 328	102 - 328

#1: タンパク質	Glutamine cyclotransferase-related protein 分子量: 36565.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (strain ATCC BAA-308 / W83) (バクテリア) 株: ATCC BAA-308 / W83 / 遺伝子: PG_2157 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7MT37
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.73 %
結晶化	温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Purified PgQC was concentrated up to 50 mg/ml and it was mixed in a 1:0.7 volume ratio with the crystallization buffer (0.1 M TRIS pH 8.0, 0.3 M MgNO3(H2O)6, 24% (w/v) PEG8000) incubating at ...詳細: Purified PgQC was concentrated up to 50 mg/ml and it was mixed in a 1:0.7 volume ratio with the crystallization buffer (0.1 M TRIS pH 8.0, 0.3 M MgNO3(H2O)6, 24% (w/v) PEG8000) incubating at 14 C and using the hanging drop vapor diffusion technique. PH範囲: pH 8

結晶

マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.73 %

結晶化

温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Purified PgQC was concentrated up to 50 mg/ml and it was mixed in a 1:0.7 volume ratio with the crystallization buffer (0.1 M TRIS pH 8.0, 0.3 M MgNO3(H2O)6, 24% (w/v) PEG8000) incubating at ...
PH範囲: pH 8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→19.98 Å / Num. obs: 110402 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 39.8 % / B_iso Wilson estimate: 38.2277098776 Å² / CC_1/2: 0.987 / CC star: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.3065 / R_pim(I) all: 0.04962 / R_rim(I) all: 0.3106 / Net I/σ(I): 14.94
反射シェル	解像度: 2→2.072 Å / 冗長度: 40.5 % / R_merge(I) obs: 2.402 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 5251 / CC_1/2: 0.701 / CC star: 0.908 / R_pim(I) all: 0.3814 / R_rim(I) all: 2.432 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GUX

3gux

解像度: 1.950006936→19.8935993803 Å / SU ML: 0.190236397978 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37863167132 / 位相誤差: 20.2235388105
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.209187450181	3829	3.46823427112 %	RANDOM
R_work	0.182509299419	106573	-	-
obs	0.183418915358	110402	99.919450453 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.1182954709 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.950006936→19.8935993803 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4476	0	10	311	4797

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0173009639355	4606
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.36851888016	6263
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0892658813886	656
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00867939823428	828
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.7552993799	2655

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.950006936-1.9747	0.297281953398	140	0.255512214265	3897	X-RAY DIFFRACTION	98.3195323916
1.9747-2.0006	0.285590130499	144	0.25168141831	3866	X-RAY DIFFRACTION	99.7016409746
2.0006-2.028	0.267814803508	144	0.240991553022	3943	X-RAY DIFFRACTION	100
2.028-2.057	0.235782542362	146	0.227595145336	4005	X-RAY DIFFRACTION	100
2.057-2.0876	0.249451122572	142	0.232330092056	3917	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0876-2.1202	0.308932946815	146	0.231546568344	3950	X-RAY DIFFRACTION	99.9755918965
2.1202-2.1549	0.238773207509	136	0.229032196281	4017	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1549-2.192	0.271485820776	140	0.21712164098	3901	X-RAY DIFFRACTION	100
2.192-2.2318	0.21943565244	140	0.209795774399	3995	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2318-2.2747	0.250341849349	148	0.201757467708	3943	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2747-2.3211	0.23848693958	138	0.20631136078	3946	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3211-2.3715	0.253159005736	138	0.214792324638	3918	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3715-2.4265	0.258751051535	146	0.212630515695	3978	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4265-2.4871	0.252731678815	138	0.202627648675	3865	X-RAY DIFFRACTION	99.950062422
2.4871-2.5542	0.227429801936	144	0.201889668026	4018	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5542-2.6292	0.229934954105	135	0.191782728471	3953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6292-2.7139	0.235717261816	138	0.195584700205	3949	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7139-2.8106	0.265501604707	144	0.192293402718	3958	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8106-2.9228	0.185516481478	146	0.185516481478	3954	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9228-3.0554	0.259708474762	132	0.187095057182	3928	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0554-3.2159	0.185654173298	144	0.185654173298	3970	X-RAY DIFFRACTION	99.9756986634
3.2159-3.4164	0.22244941741	142	0.180854747701	3968	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4164-3.6787	0.196038469769	136	0.168632007956	3935	X-RAY DIFFRACTION	99.9754420432
3.6787-4.046	0.175607713855	144	0.161621379511	3947	X-RAY DIFFRACTION	99.951136086
4.046-4.6251	0.193442264413	150	0.150026498943	3953	X-RAY DIFFRACTION	99.9756335283
4.6251-5.803	0.167821200964	146	0.167315465118	3942	X-RAY DIFFRACTION	100
5.803-19.8935993803	0.176476610416	142	0.164006472256	3957	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9271830599	0.352113209854	-0.665342012431	3.94620530678	0.102468848593	4.539534935	-0.176403915805	0.359210373703	-0.210878035432	-0.190811334617	0.140508975944	-0.104663887678	0.104358868336	-0.171207300702	0.0350361937831	0.230420814424	-0.057564357925	-0.0312662206709	0.27060590372	0.0626938101954	0.20880807129	86.8209225787	57.0836514711	14.4048997511
2	3.56851587622	0.396724877649	-0.179970036642	2.87024773643	-0.339103879642	4.18261727921	-0.0100756171257	0.0374575124349	-0.388357568283	0.00606065600465	-0.178088690586	0.151157018443	0.516011538549	-0.234295986409	0.188508788049	0.251574099687	-0.0240711322187	-0.000290929664784	0.32645623691	0.0647699976665	0.244693982285	86.4022190165	49.1853052025	20.3035385698
3	8.40583526117	-0.121065360984	0.169181069157	6.11798806671	-1.87122440671	5.4272337634	-0.0271792788842	-0.370853514657	0.755793659509	0.625285743766	-0.00318026572123	0.181830337527	-1.00452768172	-0.435400077035	0.0258068151502	0.37396467731	0.025863842736	-0.0201984205355	0.305199297219	0.0415337813697	0.224330265569	84.0312538793	67.0632018969	23.9882893166
4	6.50165811745	3.04730755955	0.385001982763	7.64796612277	0.263554478659	6.81758100458	0.0475420872791	-0.48258582782	-1.26462544905	0.323949997856	-0.316959860887	-1.32283230311	0.897751944757	0.459447117959	0.24491935787	0.349491977646	0.00972136205263	0.00581466410096	0.379275535599	0.119901518917	0.499237295723	97.1857333256	47.0069653307	22.2156290589
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19	8.66309962894	-0.950035411082	1.41067676948	8.38811374767	-1.49362126714	7.42862599637	-0.076952221777	-0.0342188428508	0.0736572612898	-0.796971101938	-0.117662259375	0.716814479955	-0.361350273779	-1.49914038061	0.137405612609	0.311006656063	0.0303229318965	-0.0133894222025	0.276807458503	-0.0519856027782	0.431754564973	92.6824405571	84.8340912852	4.40170735344

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 41 through 111 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 112 through 150 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 151 through 179 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 180 through 202 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 203 through 218 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 219 through 237 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 238 through 294 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 295 through 309 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 310 through 328 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 41 through 59 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 60 through 111 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 112 through 150 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 151 through 179 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 180 through 202 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 203 through 237 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 238 through 261 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 262 through 294 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 295 through 309 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 310 through 329 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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