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- PDB-7cjg: Structural and kinetic characterization of Porphyromonas gingival... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7cjg | ||||||
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Title | Structural and kinetic characterization of Porphyromonas gingivalis glutaminyl cyclase | ||||||
![]() | Glutamine cyclotransferase-related protein | ||||||
![]() | ANTIBIOTIC / glutaminyl cyclase / pyroglutamate / prophyromonas gingivalis | ||||||
Function / homology | Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like / glutaminyl-peptide cyclotransferase activity / Peptidase M28 / Peptidase family M28 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / zinc ion binding / 5,6-DIMETHYLBENZIMIDAZOLE / NITRATE ION / Glutamine cyclotransferase-related protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ruiz-Carrillo, D. / Lamers, S. / Feng, Q. / Yu, S. / Sun, B. / Jiang, J. / Lukman, M. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and kinetic characterization of Porphyromonas gingivalis glutaminyl cyclase. Authors: Lamers, S. / Feng, Q. / Cheng, Y. / Yu, S. / Sun, B. / Lukman, M. / Jiang, J. / Ruiz-Carrillo, D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 274.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 488.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 25.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 35.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7cjeSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 36565.383 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC BAA-308 / W83 / Gene: PG_2157 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 344 molecules ![](data/chem/img/DMD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NO3.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NO3.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 54.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 287.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: Purified PgQC was concentrated up to 50 mg/ml and it was mixed in a 1:0.7 volume ratio with the crystallization buffer 0.1 M TRIS pH 8.0, 0.3 M MgNO3(H2O)6, 24% (w/v) PEG8000) incubating at 14 C |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 150 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SEALED TUBE / Type: BRUKER IMUS MICROFOCUS / Wavelength: 1.54184 Å |
Detector | Type: Bruker PHOTON II / Detector: PIXEL / Date: Jun 22, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→45.56 Å / Num. obs: 103509 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 24 % / Biso Wilson estimate: 31.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2057 / Net I/σ(I): 27.83 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Redundancy: 15.1 % / Rmerge(I) obs: 1.565 / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique obs: 5383 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7CJE Resolution: 2→32.06 Å / SU ML: 0.258 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.358 / Phase error: 21.987 Stereochemistry target values: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 48.83 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→32.06 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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