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- PDB-5y2y: Crystal structure of HaloTag (M175C) complexed with dansyl-PEG2-H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y2y
タイトルCrystal structure of HaloTag (M175C) complexed with dansyl-PEG2-HaloTag ligand
要素Haloalkane dehalogenase
キーワードHYDROLASE / halotag / haloalkane dehalogenase / Dansyl ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance / membrane
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / : / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8LL / Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Lee, H. / Kang, M. / Rhee, H. / Lee, C.
引用ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2017
タイトル: Structure-guided synthesis of a protein-based fluorescent sensor for alkyl halides
著者: Kang, M.G. / Lee, H. / Kim, B.H. / Dunbayev, Y. / Seo, J.K. / Lee, C. / Rhee, H.W.
履歴
登録2017年7月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloalkane dehalogenase
B: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3496
ポリマ－67,4332
非ポリマー9164
水5,729318
1
A: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1743
ポリマ－33,7161
非ポリマー4582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11240 Å2
手法PISA
2
B: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1743
ポリマ－33,7161
非ポリマー4582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.393, 72.355, 174.942
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Haloalkane dehalogenase


分子量: 33716.398 Da / 分子数: 2
変異: S2A, L47V, S58T, D78G, Y87F, L88M, C128F, A155T, E160K, A167V, A172T, K175C, C176G, K195N, A224E, N227D, E257K, T264A, H272N, Y273L, P291S, A292T
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 遺伝子: dhaA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A3G3, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-8LL / 5-(dimethylamino)-~{N}-[2-(2-hexoxyethoxy)ethyl]naphthalene-1-sulfonamide


分子量: 422.581 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H34N2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.8M ammonium sulfate, 0.1M citric acid pH5.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→50 Å / Num. obs: 26399 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 56.1
反射 シェル解像度: 2.27→2.31 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Mean I/σ(I) obs: 38.6 / % possible all: 88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000data processing
PHENIX1.10.1-2155位相決定
Cootモデル構築
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KAF

4kaf


解像度: 2.27→34.73 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 1315 -
Rwork0.158 --
obs0.161 26291 98.17 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→34.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4704 0 26 318 5048
LS精密化 シェル解像度: 2.2742→2.3653 Å / Rfactor Rfree: 0.217 / Rfactor Rwork: 0.14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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