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Yorodumi- PDB-4kaf: Crystal Structure of Haloalkane dehalogenase HaloTag7 at the reso... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kaf | ||||||
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Title | Crystal Structure of Haloalkane dehalogenase HaloTag7 at the resolution 1.5A, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR151 | ||||||
Components | Haloalkane dehalogenase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
Function / homology | Function and homology information haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rhodococcus sp. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.496 Å | ||||||
Authors | Kuzin, A.P. / Lew, S. / Neklesa, T.K. / Noblin, D. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Wang, H. / Everett, J.K. ...Kuzin, A.P. / Lew, S. / Neklesa, T.K. / Noblin, D. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Wang, H. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Kornhaber, G. / Montelione, G.T. / Crews, C. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Northeast Structural Genomics Consortium Target OR151 Authors: Kuzin, A.P. / Lew, S. / Neklesa, T.K. / Noblin, D. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Wang, H. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Kornhaber, G. / Montelione, G.T. / Crews, C. / Tong, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4kaf.cif.gz | 374.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4kaf.ent.gz | 312.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4kaf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/4kaf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/4kaf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4kajC 4e46S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | monomer,35.49 kD,99.1% |
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 35322.859 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodococcus sp. (bacteria) / Gene: dhaA / References: UniProt: P0A3G3, haloalkane dehalogenase |
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-Non-polymers , 5 types, 697 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-NA / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-PEG / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / pH: 6 Details: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: ammonium thiocynate, MES 0.1M, PEG 4000 20%, microbatch under oil, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X4A / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Jun 5, 2012 |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.496→50 Å / Num. obs: 203311 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 9.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 36.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4E46 Resolution: 1.496→44.399 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.09 / σ(F): 1.34 / Phase error: 14.61 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 13.09 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.496→44.399 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 0.1329 Å / Origin y: -31.3022 Å / Origin z: 25.4694 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |