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万見
- PDB-3tb2: 1-Cys peroxidoxin from Plasmodium Yoelli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tb2
タイトル1-Cys peroxidoxin from Plasmodium Yoelli
要素1-Cys peroxiredoxin
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxiredoxin activity
類似検索 - 分子機能
Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 / Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2 / 1-Cys peroxiredoxin / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain ...Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 / Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2 / 1-Cys peroxiredoxin / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-Cys peroxiredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium yoelii (ヨーエリマラリア原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Qiu, W. / Artz, J.D. / Vedadi, M. / Sharma, S. / Houston, S. / Lew, J. / Wasney, G. / Amani, M. / Xu, X. / Bray, J. ...Qiu, W. / Artz, J.D. / Vedadi, M. / Sharma, S. / Houston, S. / Lew, J. / Wasney, G. / Amani, M. / Xu, X. / Bray, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Hui, R. / Bochkarev, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2007
タイトル: Genome-scale protein expression and structural biology of Plasmodium falciparum and related Apicomplexan organisms.
著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J.D. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, ...著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J.D. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. / Wernimont, A. / Bray, J. / Loppnau, P. / Plotnikova, O. / Newberry, K. / Sundararajan, E. / Houston, S. / Walker, J. / Tempel, W. / Bochkarev, A. / Kozieradzki, I. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Roos, D. / Kain, K. / Hui, R.
履歴
登録2011年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-Cys peroxiredoxin
B: 1-Cys peroxiredoxin
C: 1-Cys peroxiredoxin
D: 1-Cys peroxiredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,59334
ポリマ－101,4414
非ポリマー2,15230
水11,295627
1
A: 1-Cys peroxiredoxin
C: 1-Cys peroxiredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,93819
ポリマ－50,7212
非ポリマー1,21717
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19000 Å2
手法PISA
2
B: 1-Cys peroxiredoxin
D: 1-Cys peroxiredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,65515
ポリマ－50,7212
非ポリマー93513
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5370 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.390, 156.842, 178.075
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
1-Cys peroxiredoxin


分子量: 25360.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Pet15 Tev Is a Modification of Pet15b (novagen) with Thrombin Site Replaced with Tev Site.
由来: (組換発現) Plasmodium yoelii (ヨーエリマラリア原虫)
遺伝子: py04285 / プラスミド: pET15-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q86SB3
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: # 22% Peg 3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M Lithium Sulfate, 5% Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 5.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月6日
放射モノクロメーター: UNKNOWN / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 56255 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 44.44 Å2
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
BUSTER2.8.0精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.3→78.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9529 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9373 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2034 2858 5.08 %RANDOM
Rwork0.1658 ---
obs0.1677 56255 --
原子変位パラメータBiso mean: 43.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7583 Å20 Å20 Å2
2---6.0097 Å20 Å2
3---7.7679 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.223 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→78.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7092 0 133 627 7852
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017385HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.129946HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2585SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes180HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1015HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7385HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.39
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.66
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion8HARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion963SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8644SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2116 206 5.05 %
Rwork0.185 3873 -
all0.1864 4079 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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