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- PDB-3kuy: DNA Stretching in the Nucleosome Facilitates Alkylation by an Int... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kuy
タイトルDNA Stretching in the Nucleosome Facilitates Alkylation by an Intercalating Antitumor Agent
要素
  • (DNA (145-MER)) x 2
  • Histone H2AヒストンH2A
  • Histone H2BヒストンH2B
  • Histone H3.2
  • Histone H4ヒストンH4
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/DNA (構造) / Nucleosome (ヌクレオソーム) / chromatin (クロマチン) / DNA stretching / intercalation / alkylation (アルキル化) / Chromosomal protein (染色体) / DNA-binding / Methylation (メチル化) / Nucleosome core / Nucleus (Nucleus) / STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex (構造)
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / protein heterodimerization activity / DNA binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Histone, subunit A / Histone, subunit A / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A ...Histone, subunit A / Histone, subunit A / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / ヒストンH4 / ヒストンH4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ATV / : / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / ヒストンH4 / Histone H3.2 / ヒストンH2A / ヒストンH2B
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wu, B. / Davey, C.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: DNA stretching in the nucleosome facilitates alkylation by an intercalating antitumour agent
著者: Davey, G.E. / Wu, B. / Dong, Y. / Surana, U. / Davey, C.A.
履歴
登録2009年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3.2
B: Histone H4
C: Histone H2A
D: Histone H2B
E: Histone H3.2
F: Histone H4
G: Histone H2A
H: Histone H2B
I: DNA (145-MER)
J: DNA (145-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,76413
ポリマ－196,20310
非ポリマー5613
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area57160 Å2
ΔGint-376 kcal/mol
Surface area73530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.161, 109.588, 182.413
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 Histone H3.2


分子量: 15303.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84233
#2: タンパク質 Histone H4 / ヒストンH4


分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799
#3: タンパク質 Histone H2A / ヒストンH2A


分子量: 12941.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6AZJ8, UniProt: P06897*PLUS
#4: タンパク質 Histone H2B / ヒストンH2B


分子量: 13848.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92130, UniProt: P02281*PLUS

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DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#5: DNA鎖 DNA (145-MER)


分子量: 44749.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#6: DNA鎖 DNA (145-MER)


分子量: 44740.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 2種, 3分子

#7: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#8: 化合物 ChemComp-ATV / 2-[(2R)-oxiran-2-ylmethyl]-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dione / N-(2,3-epoxypropyl)-1,8-naphthalimide


分子量: 253.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H11NO3

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詳細

配列の詳細THESE FOUR RESIDUES (A/E ALA 102 AND D/H GLU -1 AND D/H PRO 7 AND D/H THR 29) COULD BE TREATED AS ...THESE FOUR RESIDUES (A/E ALA 102 AND D/H GLU -1 AND D/H PRO 7 AND D/H THR 29) COULD BE TREATED AS UNINTENTIONAL MUTATIONS OR VARIATIONS IN GENOMIC SOURCES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6
詳細: 85 mM MnCl2, 60 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate, 4 mg/ml NCP over well with 1/2 conc., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, EVAPORATION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→54.8 Å / Num. obs: 47896 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Num. measured all: 356697
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 6839 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NZD

2nzd


解像度: 2.9→53.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 16.017 / SU ML: 0.322 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.424 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28591 978 2 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.23896 46854 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 76.089 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.12 Å20 Å20 Å2
2---3.16 Å20 Å2
3---1.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→53.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6064 5939 39 0 12042
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02112865
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3892.54518622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9015757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.1921.338269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.419151181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0531584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.22115
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027577
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.25326
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.28063
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2369
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.30.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6051.53865
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0826110
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.99312207
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8554.512506
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 85 -
Rwork0.294 3338 -
obs--98.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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