+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3iaa | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of CalG2, Calicheamicin Glycosyltransferase, TDP bound form | ||||||
要素 | CalG2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Glycosyltransferase / Calicheamicin / CalG2 / TDP / enediyne | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-glycosyltransferase activity / hexosyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Micromonospora echinospora (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.505 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, A. / Singh, S. / Bingman, C.A. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011 タイトル: Complete set of glycosyltransferase structures in the calicheamicin biosynthetic pathway reveals the origin of regiospecificity. 著者: Chang, A. / Singh, S. / Helmich, K.E. / Goff, R.D. / Bingman, C.A. / Thorson, J.S. / Phillips, G.N. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3iaa.cif.gz | 163.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3iaa.ent.gz | 133.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3iaa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3iaa_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3iaa_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3iaa_validation.xml.gz | 31.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3iaa_validation.cif.gz | 43.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/3iaa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/3iaa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45795.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Micromonospora echinospora (バクテリア) 株: Micromonospora echinospora / 遺伝子: calG2, Q8KNE0 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q8KNE0 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.29 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Protein Solution (20 mg/ml CalG4 Protein, 0.05 M NaCl, 0.015 M Tris pH 8) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (0.8M Na3Citrate, 0.1M BisTris pH 6.5) Cryoprotected with 20% ethylene ...詳細: Protein Solution (20 mg/ml CalG4 Protein, 0.05 M NaCl, 0.015 M Tris pH 8) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (0.8M Na3Citrate, 0.1M BisTris pH 6.5) Cryoprotected with 20% ethylene glycol, 0.8M Na3Citrate, 0.1M BisTris pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97957 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月7日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) Double Crystal Monochromater プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97957 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 30322 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Χ2: 1.099 / Net I/σ(I): 5.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Rfactor: 54.69
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.505→49.761 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.833 / SU ML: 2.49 / σ(F): 0.12 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.387 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.51 Å2 / Biso mean: 26.08 Å2 / Biso min: 8.42 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.505→49.761 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
|