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Yorodumi- PDB-4e8g: Crystal structure of an enolase (mandelate racemase subgroup) fro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4e8g | ||||||
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Title | Crystal structure of an enolase (mandelate racemase subgroup) from paracococus denitrificans pd1222 (target nysgrc-012907) with bound mg | ||||||
Components | Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein | ||||||
Keywords | ISOMERASE / Putative Racemase / NYSGRC / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium | ||||||
Function / homology | Function and homology information 4-hydroxyproline betaine 2-epimerase / amino-acid betaine catabolic process / racemase activity, acting on amino acids and derivatives / racemase and epimerase activity, acting on amino acids and derivatives / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Paracoccus denitrificans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S. / Chamala, S. / Kar, A. / Lafleur, J. / Villigas, G. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S. / Chamala, S. / Kar, A. / Lafleur, J. / Villigas, G. / Evans, B. / Hammonds, J. / Gizzi, A. / Zencheck, W.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Bonanno, J.B. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
Citation | Journal: MBio / Year: 2014 Title: Prediction and biochemical demonstration of a catabolic pathway for the osmoprotectant proline betaine. Authors: Kumar, R. / Zhao, S. / Vetting, M.W. / Wood, B.M. / Sakai, A. / Cho, K. / Solbiati, J. / Almo, S.C. / Sweedler, J.V. / Jacobson, M.P. / Gerlt, J.A. / Cronan, J.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4e8g.cif.gz | 291.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4e8g.ent.gz | 236.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4e8g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/4e8g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/4e8g | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4izgC 4j1oC 2pmqS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | biological unit is an octamer |
-Components
#1: Protein | Mass: 42312.949 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Paracoccus denitrificans (bacteria) / Strain: PD1222 / Gene: Pden_1187 / Plasmid: pET / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A1B198 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-UNL / | Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5 mM MgCl); Reservoir (0.1 M Magnesium Chloride 0.1 M MES:NaOH pH 6.5 30% (v/v) PEG 400); Cryoprotection (Reservoir), sitting drop ...Details: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5 mM MgCl); Reservoir (0.1 M Magnesium Chloride 0.1 M MES:NaOH pH 6.5 30% (v/v) PEG 400); Cryoprotection (Reservoir), sitting drop vapor diffuction, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.9793 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Mar 12, 2012 / Details: MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→117.963 Å / Num. all: 53519 / Num. obs: 53519 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 16.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 2PMQ Resolution: 2→55.577 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / FOM work R set: 0.8672 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / σ(I): 0 / Phase error: 19.79 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Bsol: 41.365 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 110.01 Å2 / Biso mean: 28.5934 Å2 / Biso min: 9.76 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→55.577 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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