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- PDB-5qtd: Unliganded T. brucei FPPS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5qtd
タイトルUnliganded T. brucei FPPS
要素Farnesyl pyrophosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / farnesyl diphosphate synthase / Trypanosoma brucei / PanDDA / protein-ligand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Isoprenoid synthase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Farnesyl pyrophosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.642 Å
データ登録者Muenzker, L. / Petrick, J.K. / Schleberger, C. / Cornaciu, I. / Marquez, J.A. / Jahnke, W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Unliganded T. brucei FPPS
著者: Muenzker, L.
履歴
登録2019年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4745
ポリマ－42,1691
非ポリマー3054
水2,126118
1
A: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子

A: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,94810
ポリマ－84,3382
非ポリマー6108
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area7420 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area27660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.453, 60.453, 340.066
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-544-

HOH

21A-582-

HOH

31A-613-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Farnesyl pyrophosphate synthase


分子量: 42169.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86C09
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.17 % / Mosaicity: 0.09 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.12 M CsCl 12 % w/v PEG 3350, 12 % v/v DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.642→56.678 Å / Num. obs: 27755 / % possible obs: 59.6 % / 冗長度: 36.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.1 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 24 / Num. measured all: 715057 / Scaling rejects: 1
反射 シェル解像度: 1.642→1.86 Å / 冗長度: 34.8 % / Rmerge(I) obs: 2.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. measured all: 89508 / Num. unique obs: 2344 / CC1/2: 0.979 / Rpim(I) all: 0.143 / Rrim(I) all: 0.9 / Rsym value: 2.59 / Net I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 9.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.14_3260精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
XDS20180808データ削減
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 4ryp

4ryp


解像度: 1.642→56.678 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2979 1364 5 %
Rwork0.2502 25934 -
obs0.2526 27298 58.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.67 Å2 / Biso mean: 43.7054 Å2 / Biso min: 9.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.642→56.678 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2629 0 17 118 2764
Biso mean--68.38 40.74 -
残基数----330
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.642-1.7007110.399664651
1.7007-1.76880.4519140.35962752896
1.7688-1.84930.3175490.343182687519
1.8493-1.94680.4541660.48671295136130
1.9468-2.06880.41611060.3852197230351
2.0688-2.22850.33372040.3123729393385
2.2285-2.45280.33892070.29063901410889
2.4528-2.80770.33452320.273844594691100
2.8077-3.53740.29982390.240345214760100
3.5374-56.71140.24652470.19784667491496
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.0635 Å / Origin y: 11.5786 Å / Origin z: -10.8889 Å
111213212223313233
T0.5598 Å20.0904 Å2-0.1398 Å2-0.3408 Å2-0.0461 Å2---0.0538 Å2
L0.3253 °20.2644 °20.1033 °2-1.0173 °20.8177 °2--1.4139 °2
S-0.3137 Å °0.2578 Å °-0.0037 Å °-0.8276 Å °0.018 Å °0.4568 Å °-1.0704 Å °-0.3449 Å °-0.5609 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 362
2X-RAY DIFFRACTION1allB3 - 501
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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