+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mel | |||||||||
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Title | Succinyl-CoA synthase from Campylobacter jejuni | |||||||||
Components |
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Keywords | LIGASE / Succinyl-CoA synthase / structural genomics / CPX_90676_90715 / IDP90715 / IDP90676 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | |||||||||
Function / homology | Function and homology information succinate-CoA ligase complex (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding / magnesium ion binding / ATP binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Campylobacter jejuni (Campylobacter) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.06 Å | |||||||||
Authors | Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Jedrzejczak, R. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: to be published Title: Succinyl-CoA synthase from Campylobacter jejuni Authors: Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Jedrzejczak, R. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mel.cif.gz | 272.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6mel.ent.gz | 218 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mel.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6mel_validation.pdf.gz | 442.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6mel_full_validation.pdf.gz | 443.5 KB | Display | |
Data in XML | 6mel_validation.xml.gz | 29.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6mel_validation.cif.gz | 44 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/6mel ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/6mel | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1jkjS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30851.773 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Campylobacter jejuni (Campylobacter) / Gene: DDV82_04720, DDV86_02895 / Plasmid: pMCSG92 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A2U0Q9D2, UniProt: Q0PAY2*PLUS |
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#2: Protein | Mass: 41803.152 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Campylobacter jejuni (strain RM1221) (Campylobacter) Strain: RM1221 / Gene: sucC, CJE0637 / Plasmid: pMCSG92 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q5HVN3, succinate-CoA ligase (ADP-forming) |
#3: Chemical | ChemComp-CL / |
#4: Chemical | ChemComp-CIT / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.42 Å3/Da / Density % sol: 72.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 1.0 M sodium citrate, 0.1 M cacodylate buffer |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 28, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.06→50 Å / Num. obs: 80196 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 1.435 / Net I/av σ(I): 28.4 / Net I/σ(I): 6.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1JKJ Resolution: 2.06→48.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 5.087 / SU ML: 0.07 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.099 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 111.01 Å2 / Biso mean: 46.019 Å2 / Biso min: 30.18 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.06→48.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.056→2.109 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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