PDB-2vob: TRYPANOTHIONE SYNTHETASE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vob

タイトル

TRYPANOTHIONE SYNTHETASE

要素

TRYPANOTHIONE SYNTHETASE

キーワード

LIGASE

機能・相同性

機能・相同性情報

trypanothione synthase / trypanothione synthase activity / ligase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Fyfe, P.K. / Oza, S.L. / Fairlamb, A.H. / Hunter, W.N.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Leishmania Trypanothione Synthetase-Amidase Structure Reveals a Basis for Regulation of Conflicting Synthetic and Hydrolytic Activities.
著者: Fyfe, P.K. / Oza, S.L. / Fairlamb, A.H. / Hunter, W.N.

履歴

登録	2008年2月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vob.cif.gz	260.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vob.ent.gz	210.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vob.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vob_validation.pdf.gz	430.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vob_full_validation.pdf.gz	447.9 KB	表示
XML形式データ	2vob_validation.xml.gz	49.5 KB	表示
CIF形式データ	2vob_validation.cif.gz	71.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/2vob ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/2vob	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vpmC 2vpsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mg0-1 3rr1-d 6pfn-2 2fm6-d 3jzd-2 1ukv-d 3rra-d 6yll-d 3kf4-d 5iff-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (1) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TRYPANOTHIONE SYNTHETASE

B: TRYPANOTHIONE SYNTHETASE

ヘテロ分子

149 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TRYPANOTHIONE SYNTHETASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TRYPANOTHIONE SYNTHETASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.120, 127.710, 88.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.56, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	TRYPANOTHIONE SYNTHETASE 分子量: 74530.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア) 株: FRIEDLIN / プラスミド: PET15B-TEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q711P7, trypanothione synthase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % 解説: FOR DETAILS OF THE MOLECULAR REPLACEMENT MODEL SEE MANUSCRIPT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97548
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97548 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 65387 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0027	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 8.327 / SU ML: 0.159 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.314 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	3304	5 %	RANDOM
R_work	0.19	-	-	-
obs	0.193	62766	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.14 Å²	0 Å²	0.71 Å²
2-	-	-0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9669	0	2	603	10274

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	10158
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6957
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.377	1.934	13805
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.901	3	16819
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.421	5	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.471	23.816	532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.348	15	1652
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.438	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11497
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2217
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	1894
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	7238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	4779
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	5254
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	622
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.038	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.172	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.21	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.117	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.936	1.5	7862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.14	1.5	2433
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.089	2	9766
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.548	3	4943
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.218	4.5	4039
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	242	-
R_work	0.207	4599	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2195	-1.9666	-0.6569	1.2846	0.8002	2.0423	0.0568	0.1277	0.1515	-0.0467	-0.1013	-0.0471	-0.1519	0.0047	0.0445	-0.2787	-0.0329	-0.0158	-0.1929	0.0055	-0.1979	8.771	-43.29	-21.68
2	0.505	0.2983	-0.3251	2.5731	-0.3667	1.8446	0.0297	-0.0547	0.0829	0.191	-0.0863	0.0339	-0.2854	-0.0752	0.0566	-0.1493	0.0449	-0.0372	-0.1807	-0.0459	-0.1905	-11.731	-17.697	-5.46
3	5.7698	-2.1979	1.8373	2.6745	-0.7338	3.634	-0.1553	-0.442	-0.2686	0.413	0.1666	-0.0485	0.2768	0.4292	-0.0113	-0.0389	-0.0237	-0.0621	-0.0913	-0.0279	-0.0836	1.837	-29.98	2.37
4	2.8789	-1.5105	0.4662	2.1654	-0.6262	1.7519	0.005	0.0306	-0.1727	-0.1853	0.0338	0.25	0.2336	-0.1683	-0.0388	-0.2425	-0.055	-0.0052	-0.1518	0.0191	-0.1592	-40.977	7.901	16.012
5	0.3896	0.2646	0.1259	2.0892	1.1526	3.1467	-0.0667	-0.1434	-0.1941	0.4152	0.0215	0.1586	0.6681	-0.1321	0.0451	0.1065	0.0403	0.0808	-0.0733	0.0644	-0.1187	-28.615	-18.303	37.287
6	3.5171	0.1506	0.5984	1.3049	0.6317	2.419	-0.1571	-0.3189	0.0771	0.3584	0.0863	0.5081	-0.0089	-1.0084	0.0707	0.1099	0.0572	0.1608	0.1839	0.0137	0.0796	-41.397	-6.473	43.337

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 214
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	215 - 586
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	587 - 652
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	5 - 214
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	215 - 586
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	587 - 652

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