+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6pfn | |||||||||
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Title | Succinyl-CoA synthase from Francisella tularensis | |||||||||
Components | (Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit ...) x 2 | |||||||||
Keywords | LIGASE / Succinyl-CoA synthase / structural genomics / CPX_02187_02692 / IDP02187 / IDP02692 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | |||||||||
Function / homology | Function and homology information succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Francisella tularensis subsp. tularensis (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.76 Å | |||||||||
Authors | Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Jedrzejczak, R. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: to be published Title: Succinyl-CoA synthase from Francisella tularensis Authors: Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Jedrzejczak, R. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6pfn.cif.gz | 492.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6pfn.ent.gz | 403.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6pfn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6pfn_validation.pdf.gz | 895.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6pfn_full_validation.pdf.gz | 909.7 KB | Display | |
Data in XML | 6pfn_validation.xml.gz | 52.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6pfn_validation.cif.gz | 77.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/6pfn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/6pfn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6mggSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 30950.594 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: A85V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Francisella tularensis subsp. tularensis (strain SCHU S4 / Schu 4) (bacteria) Strain: SCHU S4 / Schu 4 / Gene: sucD, BZ14_337 / Plasmid: PMCSG92 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: A0A454XSD0, UniProt: Q5NHF4*PLUS, succinate-CoA ligase (ADP-forming) #2: Protein | Mass: 41620.633 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: A69T Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Francisella tularensis subsp. tularensis (strain SCHU S4 / Schu 4) (bacteria) Strain: SCHU S4 / Schu 4 / Gene: sucC, FTT_0504c / Plasmid: pMCSG92 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q5NHF3, succinate-CoA ligase (ADP-forming) |
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-Non-polymers , 4 types, 806 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-ACT / | #5: Chemical | ChemComp-EDO / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M bis-tris 5.5, 17% polyethylene glycol 10,000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 13, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.76→49.65 Å / Num. obs: 138572 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 1.114 / Net I/av σ(I): 18.6 / Net I/σ(I): 6.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6MGG Resolution: 1.76→49.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 5.096 / SU ML: 0.081 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.11 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 92.78 Å2 / Biso mean: 32.992 Å2 / Biso min: 14.94 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.76→49.65 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.763→1.809 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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