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- PDB-6mgg: Succinyl-CoA synthase from Francisella tularensis, phosphorylated... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mgg | |||||||||
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Title | Succinyl-CoA synthase from Francisella tularensis, phosphorylated, in complex with CoA | |||||||||
![]() | (Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit ...) x 2 | |||||||||
![]() | LIGASE / Succinyl-CoA synthase / structural genomics / CPX_02187_02692 / IDP02187 / IDP02692 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | |||||||||
Function / homology | ![]() succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Jedrzejczak, R. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Succinyl-CoA synthase from Francisella tularensis Authors: Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Jedrzejczak, R. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 526.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 430 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6pfnC ![]() 1jkjS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 31029.562 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: A85V, H247NEP Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: H247 is phosphorylated Source: (gene. exp.) ![]() Strain: SCHU S4 / Schu 4 / Gene: sucD, BZ14_337 / Plasmid: pMCSG92 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0A0G2RQ73, UniProt: Q5NHF4*PLUS, succinate-CoA ligase (ADP-forming) #2: Protein | Mass: 41620.633 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: A69T Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: SCHU S4 / Schu 4 / Gene: sucC, FTT_0504c / Plasmid: pMCSG92 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q5NHF3, succinate-CoA ligase (ADP-forming) |
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-Non-polymers , 4 types, 1084 molecules ![](data/chem/img/COA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris buffer, 16% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jul 25, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.78→38.18 Å / Num. obs: 134691 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 1.439 / Net I/av σ(I): 23.6 / Net I/σ(I): 10.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1JKJ Resolution: 1.78→38.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 5.323 / SU ML: 0.084 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.116 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 85.31 Å2 / Biso mean: 26.803 Å2 / Biso min: 12.04 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.78→38.18 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.782→1.828 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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