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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5iff | ||||||
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Title | Crystal structure of R.PabI-nonspecific DNA complex | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE/DNA / Restriction enzyme / DNA glycosylase / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | Restriction endonuclease, type II, Pab1 / R.Pab1 restriction endonuclease / DNA / DNA (> 10) / Restriction endonuclease type II Pab1 domain-containing protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, D. / Miyazono, K. / Tanokura, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Tetrameric structure of the restriction DNA glycosylase R.PabI in complex with nonspecific double-stranded DNA. Authors: Wang, D. / Miyazono, K.I. / Tanokura, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 220 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 171.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 439.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 444.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 18.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 26.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2dvyS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 25254.086 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 8-226 / Mutation: R32A, E63A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: DNA chain | | Mass: 6133.979 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2M calcium acetate, 0.1M imidazole (pH 8.0), 10% PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Nov 2, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→43.62 Å / Num. obs: 49388 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 36.77 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 28.5 / Num. measured all: 685056 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2DVY Resolution: 1.9→43.619 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 27.83
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 170.78 Å2 / Biso mean: 60.99 Å2 / Biso min: 25.51 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→43.619 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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