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- PDB-2dvy: Crystal structure of restriction endonucleases PabI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dvy
タイトルCrystal structure of restriction endonucleases PabI
要素Restriction endonuclease PabI
キーワードHYDROLASE / Restriction endonuclease
機能・相同性Restriction endonuclease, type II, Pab1 / R.Pab1 restriction endonuclease / Restriction endonuclease type II Pab1 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Miyazono, K. / Watanabe, M. / Kamo, M. / Sawasaki, T. / Nagata, K. / Endo, Y. / Tanokura, M. / Kobayashi, I.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007
タイトル: Novel protein fold discovered in the PabI family of restriction enzymes
著者: Miyazono, K. / Watanabe, M. / Kosinski, J. / Ishikawa, K. / Kamo, M. / Sawasaki, T. / Nagata, K. / Bujnicki, J.M. / Endo, Y. / Tanokura, M. / Kobayashi, I.
履歴
登録2006年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Restriction endonuclease PabI
B: Restriction endonuclease PabI
C: Restriction endonuclease PabI
D: Restriction endonuclease PabI
E: Restriction endonuclease PabI
F: Restriction endonuclease PabI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,3006
ポリマ－156,3006
非ポリマー00
水00
1
A: Restriction endonuclease PabI
B: Restriction endonuclease PabI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1002
ポリマ－52,1002
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area22230 Å2
手法PISA
2
C: Restriction endonuclease PabI
D: Restriction endonuclease PabI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1002
ポリマ－52,1002
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area21850 Å2
手法PISA
3
E: Restriction endonuclease PabI
F: Restriction endonuclease PabI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1002
ポリマ－52,1002
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area21820 Å2
手法PISA
4
A: Restriction endonuclease PabI
B: Restriction endonuclease PabI
C: Restriction endonuclease PabI
D: Restriction endonuclease PabI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,2004
ポリマ－104,2004
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9340 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area41190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.570, 113.956, 89.173
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Restriction endonuclease PabI


分子量: 26050.012 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 解説: wheat-germ-based cell-free protein synthesis system / 参照: UniProt: Q9V2B6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 5% PEG 6000, 0.1M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.5 % / Av σ(I) over netI: 17.8 / 数: 251759 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 2.6 / D res high: 2.9 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 33524 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.192099.810.0546.0987.3
4.946.1910010.0634.0197.5
4.324.9410010.0643.6857.5
3.934.3210010.0732.9937.5
3.653.9310010.092.3987.5
3.443.6510010.1031.9977.6
3.263.4410010.1231.6697.6
3.123.2610010.1621.2997.6
33.1210010.2211.0497.6
2.9310010.280.9047.6
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 30368 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.766 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3-3.113.40.28329271.08296.7
3.11-3.233.50.21130051.13698.2
3.23-3.383.50.15230041.31599.2
3.38-3.553.60.11130611.47899.9
3.55-3.783.60.10630112.00699.9
3.78-4.063.60.08130771.87499.9
4.06-4.473.60.0630492.2599.9
4.47-5.113.50.05330362.41699.9
5.11-6.43.80.05130942.081100
6.4-203.80.03531041.8799.8

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set
ID最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_12.919.8900324851112
ANO_12.919.891.4070324730
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_110.95-19.890048855
ISO_18.4-10.950071555
ISO_17.07-8.40088855
ISO_16.23-7.0700103251
ISO_15.62-6.2300112649
ISO_15.17-5.6200126448
ISO_14.81-5.1700137957
ISO_14.51-4.8100146050
ISO_14.27-4.5100153349
ISO_14.06-4.2700167758
ISO_13.88-4.0600176855
ISO_13.72-3.8800185153
ISO_13.58-3.7200191358
ISO_13.45-3.5800200856
ISO_13.34-3.4500206760
ISO_13.23-3.3400211961
ISO_13.14-3.2300220659
ISO_13.05-3.1400226062
ISO_12.97-3.0500232658
ISO_12.9-2.9700240563
ANO_110.95-19.894.2604830
ANO_18.4-10.953.40907130
ANO_17.07-8.43.48608850
ANO_16.23-7.073.329010310
ANO_15.62-6.232.948011250
ANO_15.17-5.622.656012640
ANO_14.81-5.172.313013790
ANO_14.51-4.812.003014600
ANO_14.27-4.511.738015330
ANO_14.06-4.271.471016770
ANO_13.88-4.061.209017680
ANO_13.72-3.881.008018510
ANO_13.58-3.720.882019130
ANO_13.45-3.580.727020080
ANO_13.34-3.450.616020670
ANO_13.23-3.340.512021190
ANO_13.14-3.230.451022060
ANO_13.05-3.140.379022600
ANO_12.97-3.050.327023260
ANO_12.9-2.970.3024050
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1-16.22877.23766.206SE84.660.83
2-18.17150.72678.92SE86.40.8
3-10.67740.49345.48SE85.080.71
4-19.01876.79470.878SE77.140.7
5-16.997109.82179.821SE79.90.65
622.23357.43877.989SE81.320.62
723.40994.08442.767SE90.410.67
837.65210.69260.091SE82.950.54
9-8.54344.47342.537SE81.510.6
10-20.74355.05476.933SE79.490.62
1133.7026.93658.762SE91.750.64
1259.03734.24248.079SE130.10.51
13-21.8733.82778.321SE120.010.47
14-6.88320.59973.708SE100.620.4
1529.02494.49542.251SE88.120.52
1649.98317.59852.001SE118.720.47

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1513632.66 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.318 3044 10 %RANDOM
Rwork0.247 ---
all0.247 ---
obs0.247 30318 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.2274 Å2 / ksol: 0.308197 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 66.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.63 Å20 Å216.84 Å2
2---1.41 Å20 Å2
3----4.22 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.58 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.61 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10623 0 0 0 10623
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 519 10.3 %
Rwork0.342 4500 -
obs-5019 99.4 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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