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- PDB-6lbe: Crystal structure of bony fish MHC class I binding beta2M-2 for 2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lbe
タイトルCrystal structure of bony fish MHC class I binding beta2M-2 for 2.6 angstrom
要素
  • 9-mer peptide from RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE L
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin-like / MHC class I / Peptide-binding protein / Antigen presentation
機能・相同性
機能・相同性情報


NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / MHC class I protein complex / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / immune response ...NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / MHC class I protein complex / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / immune response / external side of plasma membrane / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / GTPase activity / extracellular space / extracellular region / ATP binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, rhabdovirus / : / Virus-capping methyltransferase, connector domain / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase ...RNA-directed RNA polymerase, rhabdovirus / : / Virus-capping methyltransferase, connector domain / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile. / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / MHC class I antigen / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Ctenopharyngodon idella (ソウギョ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Li, Z.B. / Xia, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of ChinaGrant 31572653 中国
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2020
タイトル: The Mechanism of beta 2m Molecule-Induced Changes in the Peptide Presentation Profile in a Bony Fish.
著者: Li, Z. / Zhang, N. / Ma, L. / Zhang, L. / Meng, G. / Xia, C.
履歴
登録2019年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: MHC class I antigen
D: Beta-2-microglobulin
E: 9-mer peptide from RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE L
F: 9-mer peptide from RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,8706
ポリマ－87,8706
非ポリマー00
水3,045169
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
E: 9-mer peptide from RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9353
ポリマ－43,9353
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area17910 Å2
手法PISA
2
C: MHC class I antigen
D: Beta-2-microglobulin
F: 9-mer peptide from RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9353
ポリマ－43,9353
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.190, 65.270, 69.710
Angle α, β, γ (deg.)64.94, 75.67, 73.61
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31449.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ctenopharyngodon idella (ソウギョ)
遺伝子: UAA106 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q65XY8
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11395.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ctenopharyngodon idella (ソウギョ)
遺伝子: b2m-b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3G2VUI3
#3: タンパク質・ペプチド 9-mer peptide from RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE L


分子量: 1089.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q91DR9*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月24日
放射モノクロメーター: LN2-cooled DCM with Si(111) crystals
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→62.459 Å / Num. obs: 20364 / % possible obs: 82.09 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.0134 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 17.177
反射 シェル解像度: 2.03→2.03 Å / Num. unique obs: 20364 / CC1/2: 0.08

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Y91

5y91


解像度: 2.6→62.459 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 27.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2543 933 4.58 %
Rwork0.1692 --
obs0.1731 20356 82.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→62.459 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6104 0 0 169 6273
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086268
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9338510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.0263681
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051893
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061109
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.73710.32661410.19852733X-RAY DIFFRACTION81
2.7371-2.90860.3231380.20762629X-RAY DIFFRACTION78
2.9086-3.13310.34261190.20062880X-RAY DIFFRACTION85
3.1331-3.44840.28391110.18642874X-RAY DIFFRACTION85
3.4484-3.94730.22411260.16012737X-RAY DIFFRACTION81
3.9473-4.97290.2151500.13472872X-RAY DIFFRACTION85
4.9729-62.4590.21161480.15892698X-RAY DIFFRACTION81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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