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- PDB-6jq2: Crystal Structure of H2-Kb in complex with a DPAGT1 self-peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jq2
タイトルCrystal Structure of H2-Kb in complex with a DPAGT1 self-peptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • DPATG1 antigen SIIVFNLV
  • H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC complex / antigen / H-2 / Kb
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Biosynthesis of the N-glycan precursor (dolichol lipid-linked oligosaccharide, LLO) and transfer to a nascent protein / UDP-N-acetylglucosamine-dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase / UDP-N-acetylglucosamine-dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase activity / UDP-N-acetylglucosamine-lysosomal-enzyme N-acetylglucosaminephosphotransferase activity / UDP-N-acetylglucosamine metabolic process / dolichol-linked oligosaccharide biosynthetic process / natural killer cell lectin-like receptor binding / TAP2 binding / TAP1 binding ...: / Biosynthesis of the N-glycan precursor (dolichol lipid-linked oligosaccharide, LLO) and transfer to a nascent protein / UDP-N-acetylglucosamine-dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase / UDP-N-acetylglucosamine-dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase activity / UDP-N-acetylglucosamine-lysosomal-enzyme N-acetylglucosaminephosphotransferase activity / UDP-N-acetylglucosamine metabolic process / dolichol-linked oligosaccharide biosynthetic process / natural killer cell lectin-like receptor binding / TAP2 binding / TAP1 binding / cis-Golgi network membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / DAP12 signaling / cellular response to iron(III) ion / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / glycosyltransferase activity / inner ear development / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / regulation of membrane depolarization / CD8 receptor binding / MHC class Ib protein complex / TAP binding / endoplasmic reticulum exit site / T cell differentiation in thymus / MHC class I protein binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / T cell receptor binding / Neutrophil degranulation / 14-3-3 protein binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / iron ion transport / negative regulation of neuron projection development / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / HFE-transferrin receptor complex / MHC class I peptide loading complex / transferrin transport / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to iron ion / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / protein refolding / MHC class I protein complex / negative regulation of epithelial cell proliferation / cellular response to nicotine / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / cellular response to lipopolysaccharide / protein-folding chaperone binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / early endosome membrane / defense response to Gram-negative bacterium / antibacterial humoral response / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / early endosome / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / immune response / receptor ligand activity / external side of plasma membrane / Golgi membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
UDP-GlcNAc-dolichyl-phosphate GlcNAc phosphotransferase / : / DPAGT1 insertion domain / Glycosyl transferase, family 4 / Glycosyl transferase family 4 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains ...UDP-GlcNAc-dolichyl-phosphate GlcNAc phosphotransferase / : / DPAGT1 insertion domain / Glycosyl transferase, family 4 / Glycosyl transferase family 4 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / UDP-N-acetylglucosamine--dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bai, P. / Yin, L.
引用ジャーナル: Oncoimmunology / 年: 2021
タイトル: Immune-based mutation classification enables neoantigen prioritization and immune feature discovery in cancer immunotherapy.
著者: Bai, P. / Li, Y. / Zhou, Q. / Xia, J. / Wei, P.C. / Deng, H. / Wu, M. / Chan, S.K. / Kappler, J.W. / Zhou, Y. / Tran, E. / Marrack, P. / Yin, L.
履歴
登録2019年3月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
P: DPATG1 antigen SIIVFNLV
B: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2133
ポリマ－44,2133
非ポリマー00
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.240, 69.420, 70.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.79, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain


分子量: 31648.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01901
#2: タンパク質・ペプチド DPATG1 antigen SIIVFNLV


分子量: 904.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P42867*PLUS
#3: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.16 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 4% v/v Tacsimate (pH 573 7.0), 12% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→57.76 Å / Num. obs: 19013 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.02281 / Net I/σ(I): 14.38
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.1159 / Num. unique obs: 1886 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→57.76 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2747 1899 10 %
Rwork0.2206 --
obs0.2261 18982 95.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→57.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2999 0 0 105 3104
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0594187
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7771823
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006540
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4002-2.46020.38681350.29261208X-RAY DIFFRACTION95
2.4602-2.52670.36261370.26751231X-RAY DIFFRACTION98
2.5267-2.60110.37741390.26491258X-RAY DIFFRACTION98
2.6011-2.6850.38241360.26181224X-RAY DIFFRACTION98
2.685-2.7810.34751390.26021244X-RAY DIFFRACTION98
2.781-2.89240.3171400.25291253X-RAY DIFFRACTION98
2.8924-3.0240.32691350.25411227X-RAY DIFFRACTION97
3.024-3.18340.33021350.24361213X-RAY DIFFRACTION96
3.1834-3.38290.28321260.23121136X-RAY DIFFRACTION90
3.3829-3.64410.30161260.22541135X-RAY DIFFRACTION90
3.6441-4.01070.2491390.20191253X-RAY DIFFRACTION98
4.0107-4.5910.22081380.18041242X-RAY DIFFRACTION98
4.591-5.78370.20911360.18641219X-RAY DIFFRACTION94
5.7837-68.43710.22451380.20881240X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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