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万見
- PDB-5h5z: Crystal structure of bony fish MHC class I, peptide and B2m II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h5z
タイトルCrystal structure of bony fish MHC class I, peptide and B2m II
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • peptide chain
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / MHC / IMMUNOLOGY / IMMUNE SYSTEM-TRANSRERASE COMPLEX / PEPTIDE BINDING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / MHC class I protein complex / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm ...NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / MHC class I protein complex / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / immune response / external side of plasma membrane / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / GTPase activity / extracellular space / ATP binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, rhabdovirus / : / Virus-capping methyltransferase, connector domain / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase ...RNA-directed RNA polymerase, rhabdovirus / : / Virus-capping methyltransferase, connector domain / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile. / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Beta-2-microglobulin / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Ctenopharyngodon idella (ソウギョ)
Spring viraemia of carp virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Chen, Z. / Zhang, N. / Qi, J. / Li, X. / Chen, R. / Wang, Z. / Gao, F.G. / Xia, C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
the State Key Program of the National Natural Science Foundation of China31230074 中国
the 973 Project of the China Ministry of Science and Technology2013CB835302 中国
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2020
タイトル: The Mechanism of beta 2m Molecule-Induced Changes in the Peptide Presentation Profile in a Bony Fish.
著者: Li, Z. / Zhang, N. / Ma, L. / Zhang, L. / Meng, G. / Xia, C.
履歴
登録2016年11月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2017年11月22日ID: 5CNZ
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: peptide chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8553
ポリマ－43,8553
非ポリマー00
水6,323351
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area18350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.350, 50.650, 90.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 129.37, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31449.723 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 17-291 / 変異: E45K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ctenopharyngodon idella (ソウギョ)
遺伝子: UAA106 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q65XY8
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11315.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ctenopharyngodon idella (ソウギョ)
遺伝子: B2m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6L7B0
#3: タンパク質・ペプチド peptide chain


分子量: 1089.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Spring viraemia of carp virus (ウイルス)
参照: UniProt: Q91DR9*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→50 Å / Num. obs: 42201 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.74→1.79 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0071精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4E0R

4e0r


解像度: 1.74→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 6.272 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.106
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20449 2140 5 %RANDOM
Rwork0.17101 ---
obs0.17266 40283 98.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.855 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.28 Å20 Å21.16 Å2
2---6.58 Å2-0 Å2
3---1.45 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.74→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3083 0 0 351 3434
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0193185
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0481.9284324
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6165387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.60625.404161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.615543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.829159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2932.6831539
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3134.0231923
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2813.0721645
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.48224.3575250
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.8533184
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free23.329592
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded30.54153360
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.785 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 168 -
Rwork0.242 2945 -
obs--98.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.12360.01250.03310.00770.00140.03780.0062-0.0005-0.00040.0029-0.005-0.00020.0047-0.0108-0.00120.0247-0.0014-0.00810.0448-0.00070.004823.31641.217712.2796
20.40830.18820.33980.17010.21810.36630.00130.00270.0226-0.0081-0.02120.0118-0.0185-0.05980.020.02230.0055-0.00550.07070.00330.00328.024914.121223.42
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 276
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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