[日本語] English
万見
- PDB-3g2d: Complex of Mth0212 and a 4 bp dsDNA with 3'-overhang -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g2d
タイトルComplex of Mth0212 and a 4 bp dsDNA with 3'-overhang
要素
  • 5'-D(*CP*CP*TP*GP*UP*GP*CP*GP*AP*T)-3'
  • 5'-D(*CP*GP*CP*G*CP*AP*GP*GP*C)-3'
  • Exodeoxyribonuclease
キーワードHYDROLASE/DNA / protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / dsDNA with 3'-overhang / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / エキソデオキシリボヌクレアーゼIII / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease activity / DNA修復 / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / デオキシリボ核酸 / DNA uridine endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lakomek, K. / Dickmanns, A. / Ficner, R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure Analysis of DNA Uridine Endonuclease Mth212 Bound to DNA
著者: Lakomek, K. / Dickmanns, A. / Ciirdaeva, E. / Schomacher, L. / Ficner, R.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: The Methanothermobacter thermautotrophicus ExoIII homologue Mth212 is a DNA uridine endonuclease
著者: Georg, J. / Schomacher, L. / Chong, J.P.J. / Majernik, A.I. / Raabe, M. / Urlaub, H. / Muller, S. / Ciirdaeva, E. / Kramer, W. / Fritz, H.-J.
履歴
登録2009年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月12日Group: Derived calculations
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 285CRYST1 THE DEPOSITOR CONFIRM THE REPORTED SPACE GROUP P 1 21 1 DESPITE OF THE BETA ANGLE OF 90.0 ...CRYST1 THE DEPOSITOR CONFIRM THE REPORTED SPACE GROUP P 1 21 1 DESPITE OF THE BETA ANGLE OF 90.0 DEGREE. THE STRUCTURE COULD NOT BE REFINED IN A PRIMITIVE ORTHORHOMBIC SPACE GROUP - MOST LIKELY DUE TO SOME DISORDER IN THE CRYSTAL OR TWINNING. HOWEVER, THERE WAS NO INDICATION OF TWINNING. THE PRESENCE OF PEG MOLECULES IN ONLY ONE OF THE TWO PROTEIN MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT (ASU) AT EQUIVALENT POSITIONS (IN SPACE GROUP P21) AND DIFFERENCES IN THE DOUBLE-STRANDED DNA HELICES (DIFFERENT LENGTH OF ONE STRAND) BOUND BY THE TWO MOLECULES IN THE ASU E.G. ARGUED AGAINST MODEL BUILDING IN AN ORTHORHOMBIC SPACE GROUP. HOWEVER, THE USE OF A TWIN LAW MIGHT HAVE BEEN AN ADVANTAGE, BUT WAS NOT TAKEN INTO ACCOUNT DUE TO THE RESOLUTION OF 2.3A PREVENTING REFINEMENT WITH SHELXL AND DNA RESTRAINTS IN CNS LESS SUITABLE THAN THE RESTRAINTS USED BY REFMAC5 FOR EXAMPLE. THE STRUCTURE COULD BE REFINED TO REASONABLE R VALUES EVEN WITHOUT THE APPLICATION OF A TWIN LAW. THUS, THE REFINEMENT WAS CONTINUED IN THE SPACE GROUP P21.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Exodeoxyribonuclease
B: Exodeoxyribonuclease
G: 5'-D(*CP*GP*CP*G*CP*AP*GP*GP*C)-3'
K: 5'-D(*CP*CP*TP*GP*UP*GP*CP*GP*AP*T)-3'
H: 5'-D(*CP*GP*CP*G*CP*AP*GP*GP*C)-3'
I: 5'-D(*CP*CP*TP*GP*UP*GP*CP*GP*AP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,09320
ポリマ－74,3876
非ポリマー1,70614
水5,639313
1
A: Exodeoxyribonuclease
G: 5'-D(*CP*GP*CP*G*CP*AP*GP*GP*C)-3'
K: 5'-D(*CP*CP*TP*GP*UP*GP*CP*GP*AP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,61415
ポリマ－37,1933
非ポリマー1,42012
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12750 Å2
手法PISA
2
B: Exodeoxyribonuclease
H: 5'-D(*CP*GP*CP*G*CP*AP*GP*GP*C)-3'
I: 5'-D(*CP*CP*TP*GP*UP*GP*CP*GP*AP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4805
ポリマ－37,1933
非ポリマー2862
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.603, 81.301, 97.091
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: 1

Dom-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1LEULEUAA2 - 2572 - 257
2GLUGLUBB2 - 2562 - 256

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Exodeoxyribonuclease / / Mth0212


分子量: 31429.666 Da / 分子数: 2 / 変異: T2A, D151N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
株: Delta H (DSM 1053) / 遺伝子: mth0212, MTH212, MTH_212 / プラスミド: pET_B_001-mth212 (D151N) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL
参照: UniProt: O26314, エキソデオキシリボヌクレアーゼIII

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 GHKI

#2: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*G*CP*AP*GP*GP*C)-3'


分子量: 2741.800 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*TP*GP*UP*GP*CP*GP*AP*T)-3'


分子量: 3021.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 4種, 327分子

#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

構成要素の詳細THE 3'-OVERHANG OF THE DNA COMPRISES 4 AND 5 NUCLEOTIDES, RESPECTIVELY, ADJACENT TO THE TWO DOUBLE- ...THE 3'-OVERHANG OF THE DNA COMPRISES 4 AND 5 NUCLEOTIDES, RESPECTIVELY, ADJACENT TO THE TWO DOUBLE-HELICES OF THE ASYMMETRIC UNIT. ALL DNA OLIGONUCLEOTIDES USED FOR CRYSTALLIZATION HAVE BEEN PARTIALLY DEGRADED OR CONTAIN ONE OR MORE DISORDERED NUCLEOTIDES.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: reservoir: 5% (w/v) PEG 4000, 50mM KCl, 50mM MES pH 5.8, 10mM MgCl2 ; complex solution: 240mM NaCl, 8mM HEPES-KOH pH 7.6, 4mM DTT, 2mM MgCl2, 1mM KH2PO4/K2HPO4 pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: reservoir: 5% (w/v) PEG 4000, 50mM KCl, 50mM MES pH 5.8, 10mM MgCl2 ; complex solution: 240mM NaCl, 8mM HEPES-KOH pH 7.6, 4mM DTT, 2mM MgCl2, 1mM KH2PO4/K2HPO4 pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1NaCl塩化ナトリウム11
2HEPES-KOH11
3DTT11
4MgCl211
5KH2PO4/K2HPO411
6H2O11
7PEG 400012
8KCl12
9MES12
10MgCl212
11H2O12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.815 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.815 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 29120 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 0.191 / % possible all: 76.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FZI

3fzi


解像度: 2.3→48.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.787 / SU B: 7.971 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.445 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27938 1470 5.1 %RANDOM
Rwork0.21421 ---
obs0.21747 27632 93.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 107.75 Å2 / Biso mean: 28.354 Å2 / Biso min: 9.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.79 Å20 Å20.12 Å2
2---2.51 Å20 Å2
3---4.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4262 501 109 313 5185
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4182.0926867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5095511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.34822.78241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.77415759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4291546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2685
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213703
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5651.52542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.06224098
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4532497
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2914.52768
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2122 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.020.05
tight thermal0.080.5
LS精密化 シェル解像度: 2.296→2.356 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 92 -
Rwork0.256 1601 -
all-1693 -
obs--73.26 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る