PDB-2r0z: PFA1 FAB complexed with GripI peptide fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r0z

タイトル

PFA1 FAB complexed with GripI peptide fragment

要素

GripI peptide fragment
IgG2a Fab fragment heavy chain, Fd portion
IgG2a Fab fragment light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

immunoglobulin (抗体) /

Alzheimer disease (アルツハイマー病) /

amyloid (アミロイド)

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.096 Å

データ登録者

Gardberg, A.S. / Dealwis, C.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Molecular basis for passive immunotherapy of Alzheimer's disease
著者: Gardberg, A.S. / Dice, L.T. / Ou, S. / Rich, R.L. / Helmbrecht, E. / Ko, J. / Wetzel, R. / Myszka, D.G. / Patterson, P.H. / Dealwis, C.

履歴

登録	2007年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2r0z.cif.gz	96.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2r0z.ent.gz	76.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2r0z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/2r0z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/2r0z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2iptC 2ipuC 2iq9C 2iqaC 2r0wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1cl7-d 1dbm-d 5myk-d 3ifn-d 4evn-8 2w65-2 2w60-d 3dgg-2 1ifh-d 4c83-1 6fab-d 1him-2 2w65-1 1dbj-d 1him-1 3mlt-3 3ifl-d 3kym-5 4nuj-d 3nz8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: IgG2a Fab fragment light chain

H: IgG2a Fab fragment heavy chain, Fd portion

Q: GripI peptide fragment

ヘテロ分子

49.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.467, 112.243, 43.174
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.430, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	IgG2a Fab fragment light chain 分子量: 24203.863 Da / 分子数: 1 / 断片: light chain / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A2NHM3
#2: 抗体	IgG2a Fab fragment heavy chain, Fd portion 分子量: 24003.918 Da / 分子数: 1 / 断片: Fd portion of heavy chain / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド	GripI peptide fragment / glutamate receptor interacting protein 1 分子量: 775.875 Da / 分子数: 1 / 断片: hexapeptide / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.9 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
2	100	1
1		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極			RIGAKU	1	1.54178
シンクロトロン	APS	14-BM-C		2	0.9

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RIGAKU RAXIS IV	1	IMAGE PLATE	2006年7月28日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2006年8月11日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.54178	1
2	0.9	1

反射

解像度: 2.096→40 Å / Num. obs: 20023 / % possible obs: 87.6 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.162 / Χ²: 1.259 / Net I/σ(I): 9.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.096-2.18	2.8	0.223	1513	1	1,2	65.6
2.18-2.26	2.9	0.22	1527	1.279	1,2	68
2.26-2.37	2.9	0.205	1672	1.101	1,2	73.8
2.37-2.49	2.9	0.179	1818	1.219	1,2	79.7
2.49-2.65	3.6	0.296	2045	1.276	1,2	90.3
2.65-2.85	5.9	0.376	2284	1.313	1,2	99.9
2.85-3.14	6	0.263	2290	1.252	1,2	100
3.14-3.59	5.8	0.205	2288	1.464	1,2	99.9
3.59-4.52	4.8	0.131	2269	1.165	1,2	99.2
4.52-40	5.9	0.106	2317	1.195	1,2	99.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
Crystal	Clear	データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.096→33.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 18.867 / SU ML: 0.236 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.38 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. KABAT NUMBERING SCHEME IMPOSED FOLLOWING REFINEMENT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.261	1000	5 %	RANDOM
R_work	0.201	-	-	-
obs	0.204	19995	86.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.002 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.58 Å²	0 Å²	0.15 Å²
2-	-	-3.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.096→33.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3386	0	12	113	3511

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	3489
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.169	1.954	4753
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.166	5	439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.789	23.684	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.835	15	551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.931	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	541
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2604
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	2287
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.169	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.113	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.421	1.5	2257
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.712	2	3572
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.035	3	1433
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.59	4.5	1179

LS精密化シェル

解像度: 2.096→2.151 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	52	-
R_work	0.262	907	-
all	-	959	-
obs	-	-	56.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.316	0.6854	-1.0833	3.3577	-1.5001	2.5055	-0.0363	0.022	0.1101	-0.1903	0.097	-0.122	0.1264	0.0753	-0.0607	-0.1073	0.0393	-0.0426	-0.0445	0.015	-0.0914	11.842	18.383	20.195
2	1.5035	0.0732	-0.1132	5.4485	0.9751	3.3997	0.1467	0.0265	-0.1133	0.5208	0.0255	0.0558	0.3124	-0.0587	-0.1722	-0.133	0.0032	-0.0675	-0.1075	0.0497	-0.0905	3.37	2.861	33.46
3	0.6981	0.716	0.1513	6.4781	1.4466	2.0251	0.04	0.0403	0.0774	-0.3035	-0.0954	0.1548	0.1046	-0.1012	0.0554	0.0545	0.0255	0.0086	-0.0977	0.0016	-0.1741	25.425	-9.204	0.858
4	2.3145	1.0541	-1.8819	4.1613	-1.5632	4.8394	-0.1297	0.0311	-0.0306	-0.0885	-0.0444	-0.2536	0.0282	0.3016	0.1741	0.0252	0.0099	-0.0681	-0.0851	-0.0044	-0.126	31.102	-15.76	14.52

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	A	1 - 111	1 - 117
2	X-RAY DIFFRACTION	2	H	B	1 - 123	1 - 133
3	X-RAY DIFFRACTION	3	L	A	112 - 213	118 - 219
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	B	124 - 213	134 - 223

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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