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万見
- PDB-2p8e: Crystal structure of the serine/threonine phosphatase domain of h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p8e
タイトルCrystal structure of the serine/threonine phosphatase domain of human PPM1B
要素PPM1B beta isoform variant 6
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


N-terminal protein myristoylation / negative regulation of defense response to virus / peptidyl-threonine dephosphorylation / negative regulation of interferon-beta production / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein dephosphorylation / ISG15 antiviral mechanism ...N-terminal protein myristoylation / negative regulation of defense response to virus / peptidyl-threonine dephosphorylation / negative regulation of interferon-beta production / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein dephosphorylation / ISG15 antiviral mechanism / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / manganese ion binding / 核小体 / magnesium ion binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Protein serine/threonine phosphatase 2C, C-terminal / Phosphatase 2C, C-terminal domain superfamily / Protein serine/threonine phosphatase 2C, C-terminal domain / PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain ...Protein serine/threonine phosphatase 2C, C-terminal / Phosphatase 2C, C-terminal domain superfamily / Protein serine/threonine phosphatase 2C, C-terminal domain / PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein phosphatase 1B / Protein-serine/threonine phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.816 Å
データ登録者Bonanno, J.B. / Freeman, J. / Bain, K.T. / Lau, C. / Xu, W. / Smith, D. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2007
タイトル: Structural genomics of protein phosphatases.
著者: Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. ...著者: Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. / Ragumani, S. / Patskovsky, Y. / Alvarado, J. / Ramagopal, U.A. / Faber-Barata, J. / Chance, M.R. / Sali, A. / Fiser, A. / Zhang, Z.Y. / Lawrence, D.S. / Burley, S.K.
履歴
登録2007年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.52021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
Remark 300 BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ... BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). AUTHORS STATE THAT A MONOMER IS PROBABLY THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS POLYPEPTIDE. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PPM1B beta isoform variant 6
B: PPM1B beta isoform variant 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6594
ポリマ－68,6112
非ポリマー492
水7,764431
1
A: PPM1B beta isoform variant 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3302
ポリマ－34,3051
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PPM1B beta isoform variant 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3302
ポリマ－34,3051
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.399, 92.315, 118.713
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細probable monomer

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要素

#1: タンパク質 PPM1B beta isoform variant 6 / Protein phosphatase 2C isoform beta / PP2C-beta


分子量: 34305.309 Da / 分子数: 2 / 断片: serine/threonine phosphatase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPM1B / プラスミド: modified pET26 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q4J6C0, UniProt: O75688*PLUS, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.2 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 100mM Hepes pH 7.5, 20% PEG 4000, 10% Isopropanol, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97958 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月15日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97958 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.816→72.932 Å / Num. all: 49509 / Num. obs: 49509 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Rsym value: 0.184 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.816→1.91 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.842 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 6430 / Rsym value: 0.842 / % possible all: 84.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1A6Q

1a6q


解像度: 1.816→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 3.224 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 2523 5.1 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.189 49432 93.8 %-
all-49432 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.186 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å20 Å20 Å2
2--1.33 Å20 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.816→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4438 0 2 431 4871
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0214532
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5031.9396138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9645568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.08524.188234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.5715770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1261534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2659
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023506
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.22084
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.23094
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.20.2391
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0391.52868
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57824480
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.68931899
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0394.51651
LS精密化 シェル解像度: 1.816→1.863 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 158 -
Rwork0.271 3038 -
obs-3196 83.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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