PDB-2o5z: Crystal structure of the 1E9 LeuH47Trp/ArgH100Trp Fab 5-beta-andr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2o5z

タイトル

Crystal structure of the 1E9 LeuH47Trp/ArgH100Trp Fab 5-beta-androstane-3,17-dione complex

要素

(chimeric antibody Fab 1E9-DB3) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

immunoglobulin (抗体) / chimeric Fab /

antibody engineering (モノクローナル抗体) / evolution of ligand recognition

機能・相同性

抗体 /

Immunoglobulin-like /

サンドイッチ / Mainly Beta / 5-BETA-ANDROSTANE-3,17-DIONE

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / rigid body refinement / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Verdino, P. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Closely related antibody receptors exploit fundamentally different strategies for steroid recognition.
著者: Verdino, P. / Aldag, C. / Hilvert, D. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2006年12月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2013年12月25日	Group: Non-polymer description / Refinement description
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2o5z.cif.gz	107.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2o5z.ent.gz	82.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2o5z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/2o5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/2o5z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2o5xC 2o5yC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qg7-d 6dca-4 3o2w-d 4r7n-7 4ouu-1 6rlm-3 2ajx-d 1emt-d 1a0q-d 5cgy-2 5l9d-d 4odu-2 5bk3-3 5cp7-3 1s3k-d 7lka-3 4hdi-2 4k23-d 4odu-1 1rur-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: chimeric antibody Fab 1E9-DB3

H: chimeric antibody Fab 1E9-DB3

ヘテロ分子

51.1 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

L: chimeric antibody Fab 1E9-DB3

H: chimeric antibody Fab 1E9-DB3

ヘテロ分子

L: chimeric antibody Fab 1E9-DB3

H: chimeric antibody Fab 1E9-DB3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

H: chimeric antibody Fab 1E9-DB3

ヘテロ分子

H: chimeric antibody Fab 1E9-DB3

ヘテロ分子

L: chimeric antibody Fab 1E9-DB3

ヘテロ分子

L: chimeric antibody Fab 1E9-DB3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.328, 127.328, 91.963
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-301- SO4

#1: 抗体	chimeric antibody Fab 1E9-DB3 分子量: 24143.002 Da / 分子数: 1 / 断片: light chain / 変異: G63S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 属: Mus, Homo / 生物種: , / 株: , / プラスミド: p4xH-1E9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP2
#2: 抗体	chimeric antibody Fab 1E9-DB3 分子量: 24425.525 Da / 分子数: 1 / 断片: heavy chain / 変異: L47W, M87T, R100W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 属: Mus, Homo / 生物種: , / 株: , / プラスミド: p4xH-1E9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP2
#3: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-ANO / 5-BETA-ANDROSTANE-3,17-DIONE / 5β-アンドロスタン-3,17-ジオン / エチオコランジオン分子量: 288.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₈O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.79 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.15 M sodium citrate, 0.01% PEG 20000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.05966 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.05966 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 33879 / Num. obs: 33845 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 54.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / R_sym value: 8.5 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / R_sym value: 52.9 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
BOS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	位相決定

精密化

構造決定の手法: rigid body refinement / 解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 12.7 / SU ML: 0.148 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2163	1562	5 %	RANDOM
R_work	0.17145	-	-	-
all	0.17374	32190	-	-
obs	0.17374	29534	91.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.053 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.25 Å²	1.62 Å²	0 Å²
2-	-	3.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3349	0	136	174	3659

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	3642
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.574	1.99	4994
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.536	5	459
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.907	24.786	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.282	15	572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.481	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	541
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2684
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	1406
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	2407
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	213
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.23	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.176	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.795	3	2253
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.127	5	3616
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.757	8	1556
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.753	11	1369

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.464 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	87	-
R_work	0.26	1795	-
obs	-	-	76.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9269	0.5747	-0.0174	2.9891	2.7928	9.3151	0.0441	0.14	0.111	-0.0701	0.0357	-0.2001	-0.4052	0.1726	-0.0798	-0.0526	0.0828	0.002	-0.3781	0.001	-0.1087	59.1385	-6.484	-32.7076
2	3.7803	1.851	-2.9142	4.1779	-2.4479	6.5299	0.0967	0.0618	-0.0115	-0.1136	0.055	0.768	0.0523	-1.1842	-0.1517	-0.2432	0.0344	-0.0638	0.0735	-0.0108	-0.0531	40.9889	-30.4822	-41.7693
3	1.1221	1.8201	0.7954	9.4787	0.2913	3.3651	-0.0457	-0.0473	-0.0401	0.3632	-0.0134	-0.4747	-0.0984	0.1168	0.0591	-0.1052	0.0471	-0.0667	-0.3261	-0.0093	-0.1009	65.7857	-21.3755	-17.5888
4	2.3691	0.1345	2.7993	1.8097	-0.8436	11.9901	-0.1098	0.3702	-0.1154	-0.5305	0.0151	0.0854	0.7846	-0.4246	0.0947	-0.0634	-0.171	0.0164	-0.1563	-0.0529	-0.1348	48.4711	-44.818	-42.9529
5	215.0684	142.8622	119.2586	131.8515	85.7154	67.2727	-1.1719	-2.5691	1.9889	1.0539	0.3073	-1.772	-2.5758	-3.1928	0.8646	0.1576	0.0769	-0.0796	0.0119	-0.0536	0.0754	67.5993	-3.041	-20.8054

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	H	B	1 - 113	1 - 119
2	X-RAY DIFFRACTION	2	H	B	114 - 227	120 - 219
3	X-RAY DIFFRACTION	3	L	A	1 - 108	1 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	L	A	109 - 213	114 - 218
5	X-RAY DIFFRACTION	5	H	Z	501	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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